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标题: 周期性边界处理问题 [打印本页]

作者
Author: 小伟伟 时间: 2023-3-23 16:19
标题: 周期性边界处理问题
老师好，我在进行一个蛋白质模拟时，蛋白质含有一条链，我想要获得其random结构，就将温度设置为380K进行模拟，但是在最后获得结构位于盒子外面，如下图左图所示。我便使用gmx trjconv -s md_0_1.tpr -f md_0_1.xtc -o md_0_1_noPBC.xtc -pbc mol -center命令进行处理，选择system组居中，后来得到下图右图所示结构，显示链为断裂状态，我想请问是周期边界问题还是我参数设置导致的呢?应该如何处理呢？ (, 下载次数 Times of downloads: 3) (, 下载次数 Times of downloads: 2)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-24 01:14
用 -pbc mol 先搞一次，观看轨迹确认蛋白确实完整了，然后对此轨迹再结合-center搞一次。不要试图一次性搞完

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