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标题: pyscf如何载入外部的分子轨道积分 [打印本页]

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Author: banxia 时间: 2023-3-23 16:24
标题: pyscf如何载入外部的分子轨道积分
本帖最后由 banxia 于 2023-3-23 22:18 编辑

各位老师好，我想知道pyscf如何导入使用外部，比如其他软件计算得到的分子轨道积分。通过查阅教程，我目前只看到了pyscf可以通过hdf5文件载入储存在其中的双电子积分，那么单电子积分是否有办法读入并使用呢

作者
Author: zjxitcc 时间: 2023-3-23 16:31
为啥要这样？还不如从别的程序传进来分子轨道，然后使用PySCF的积分。

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-3-23 16:50
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2023-3-23 16:51 编辑

可以的。看这个例子 https://github.com/pyscf/pyscf/b ... zing_hamiltonian.py

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-3-23 16:53

zjxitcc 发表于 2023-3-23 16:31
为啥要这样？还不如从别的程序传进来分子轨道，然后使用PySCF的积分。

有时是有意义的，例如读入某种模型哈密顿所需的积分。但是如果是pyscf本身就能算的积分的话，就没什么意义了。

作者
Author: banxia 时间: 2023-3-23 16:57

hebrewsnabla 发表于 2023-3-23 16:50
可以的。看这个例子 https://github.com/pyscf/pyscf/blob/master/examples/scf/40-customizing_hamiltonia ...

好的，非常感谢！

作者
Author: banxia 时间: 2023-3-23 18:25

hebrewsnabla 发表于 2023-3-23 16:50
可以的。看这个例子 https://github.com/pyscf/pyscf/blob/master/examples/scf/40-customizing_hamiltonia ...

麻烦请问一下，我看scf和mcscf两个目录下给出的这种，都是针对开始的hf读入的单双电子积分等信息，假如我做casci，想使用我自己的积分，我是应该在casci这一步中替换成我自己的积分吗？我试着这样做了一下，看输出感觉和之前pyscf直接做casci没什么区别。我在想是不是我利用
mycas.get_h1cas = lambda *args: oei,constant；
mycas.get_h2cas = lambda *args: tei
这里写的有问题，导致没有读入

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-3-23 19:02
本帖最后由 hebrewsnabla 于 2023-3-23 19:19 编辑

banxia 发表于 2023-3-23 18:25
麻烦请问一下，我看scf和mcscf两个目录下给出的这种，都是针对开始的hf读入的单双电子积分等信息，假如我 ...

如果你按照这个来写 https://github.com/pyscf/pyscf/b ... zing_hamiltonian.py
相当于你提供所有的AO积分，然后pyscf来完成ao2mo。这样casscf的耗时步骤（假设活性空间不大的话）确实和原来没什么区别，但是是确实用上了你提供的AO积分的。

如果你想要的是提供MO积分，那是另一回事。

mycas.get_h1cas = lambda *args: oei,constant；
mycas.get_h2cas = lambda *args: tei
这里写的有问题，导致没有读入

复制代码

应该是get_h1eff get_h2eff

不过要注意h1eff 和通常的MO积分是不同的，需要吸收一部分活性空间外的积分。

作者
Author: banxia 时间: 2023-3-23 22:17

hebrewsnabla 发表于 2023-3-23 19:02
如果你按照这个来写 https://github.com/pyscf/pyscf/b ... zing_hamiltonian.py
相当于你提供所有的AO ...

那老师您最后一句话的意思是说，假如我仅仅提供了活性空间内的积分（这部分是您说的通常的MO积分吗），想要利用get_h1eff是不行的，还得需要活性空间外的部分积分，那请问活性空间外的积分是还要包括哪些轨道呢。
还有老师我查阅了casci这部分定义的函数，get_h1eff和get_h1cas好像是一样的，不知道是不是我哪里理解的还不到位。这两个函数的定义截图我修改放在了主楼

pyscf也是刚接触，这部分也了解不是很多，问题比较多，麻烦老师啦，谢谢老师！

作者
Author: hebrewsnabla 时间: 2023-3-24 00:09

banxia 发表于 2023-3-23 22:17
那老师您最后一句话的意思是说，假如我仅仅提供了活性空间内的积分（这部分是您说的通常的MO积分吗），想 ...

get_h1eff和get_h1cas好像是一样的，

是一样的，但是casci计算调用的是get_h1eff。而修改get_h1cas应该不会改变get_h1eff。

，想要利用get_h1eff是不行的，还得需要活性空间外的部分积分，那请问活性空间外的积分是还要包括哪些轨道呢。

是的。看一下h1e_for_cas的写法就知道了。这个是一种通用策略，各种程序的FCI/DMRG接口都是这样的。

作者
Author: banxia 时间: 2023-3-25 10:34

hebrewsnabla 发表于 2023-3-24 00:09
是一样的，但是casci计算调用的是get_h1eff。而修改get_h1cas应该不会改变get_h1eff。

好的，老师我先看一下。有问题再请教，非常感谢老师！！！

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