公社群聊Q&A整理：2016.06.14 11 ~ 2016.06.16 01 Concate - 计算化学公社

2016.06.14 10:26:13
Q:
对磁耦合体系用对称性破缺方法(BS-DFT)计算耦合常数，不能通过自旋加减确定的BS态能不能在输入文件里面写入自旋多重度？或者不能加减确定的态本身就不能称为BS态？
比如三角形三核Mn(III)化合物，S1=S2=S3=2，两种耦合常数并且都为负值(反铁磁耦合)，耦合后总自旋St有可能是0,1,2三种情况，取决于耦合常数之间的比例。
如果出现了St=1的自旋基态(通过磁性测试数据和磁化率拟合猜测)，参考Sob大神的教程《谈谈片段组合波函数与自旋极化单重态》，用片段组合波函数计算，在电荷多重度那一行整个分子的是0 1，St=1的基态自旋值不能通过三个S=2互相加减得到，但确实是存在的。这样的话后面三个Ni(II)分成三个fragment，自旋多重度的正负号怎么写？
不好意思，手误，最后一句话的 Ni(II)应该是 Mn(III)
A:
那只能设想一些情况，比如一个Mn自旋为0，其它两个Mn相反，或者三个自旋都是0之类，要不然怎么也凑不出整体为0
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2016.06.14 16:24:12
Q:
老师，我想问一下，在做过渡态验证虚频的时候出现了2个，这个小的能忽略吗？[图片]
那我需要重新设置精度调整，是吧@糖
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
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2016.06.14 16:29:11
Q:
请问暑期培训班是什么时候啊
A:
看官网www.keinsci.com的通知
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2016.06.14 17:07:37
Q:
老师，做ELF等值线图，可以导出一个plane.txt，是不是可以用这个里面的坐标在其他软件里面画图的
A:
可以，在sigmaplot里画尤为容易
Q:
我就是用的sigmaplot，好像不行，是不是画等高线图，我导入后有6列数据。
A:
每一列数据什么含义屏幕上显示了，用相应的列
Q:
可以了，谢谢，用后3列数据就可以了，前3列应该是空间坐标
老师，导出的plane.txt文件里面的等值线图，等值线比较少，是否可以修改的。
[图片]
A:
自己改等值线设定即可
Q:
老师，我在[图片]3里面修改了line，然后-1，得到的图确实密度大了很多[图片]，但是有个问题，就是我用-6，导出的plane.txt文件里面的点还是没有增加，最后用sigmplot画出的结果[图片]，等值线还是比较稀疏。
A:
plane.txt和这没关系，等值线的疏密取决于你用的作图程序里的设定。sigmaplot作图选项里可以自己设等值线设定
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2016.06.14 17:14:55
Q:
sob老师，问一个一直有的问题，假如说我想研究偶氮苯分子的光致（不是热致）顺反异构过程（反式到顺式），那么我需要的研究过程怎样？
我的理解：反式激发到激发态，再隙间窜越回顺式基态，所以应先优化反式基态，反式激发态和顺式基态的几何，然后呢？
A:
然后优化反式激发态看看
Q:
是的，sob老师，我就是说，分别优化反式基态，反式激发态和顺式基态的几何以后呢？如何确定交叉点构型？这是我的问题所在
A:
高斯CASSCF就能确定。
exploring那书里也有例子
Q:
恩，我没做过CASSCF，有个疑问，两个偶氮苯这样大小的体系（也就是dimer），是否可以做动？
A:
费劲。高斯的话极难
Q:
如果计算有机分子的紫外-可见吸收光谱，我一定要在B3LYP、B3P86、B3PW91中选一个（用于和其他如PBE0以及PBE38作比较），你推荐哪个？
A:
B3LYP
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2016.06.14 17:31:58
Q:
北京科音自然科学研究中心将于2016年7月16日至19日于北京开办“2016北京科音量子化学基础暑期班”，以使得量子化学研究者以最好、最快的方式掌握量子化学应用性研究所需要的各方面理论知识和计算技巧，并熟练掌握主流量子化学程序的使用。此培训讲授者为卢天博士（网名Sobereva，北京科音自然科学研究中心主任、思想家公社群群主、计算化学公社论坛创始人、Multiwfn程序开发者）。本次培训详情、内容和报名方式参
社长，动力学班又要延迟了？
什么时候动力学班？主要内容是什么？
A:
一直都是说今年下半年开，时间待定
动力学班预计内容
[图片]
Q:
[表情]
A:
7月的量化班内容
[图片]
Q:
箭头的是简略讲述，叉的是一笔带过
[图片]这些主要讲理论吗？实际用什么软件？[图片]？
[表情]
7月量化班已经开始报名啦嘛？
A:
开始了
Q:
/鼓掌
[表情]
A:
gmx动力学班当然是用gmx
Q:
好的，7月几号啊？
A:
>的是选讲，X的是略过
看通知，群公告里
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2016.06.14 17:31:58
Q:
像我这种用了GAUSSIAN十年的（虽然用的还不是很好，惭愧），您觉得有必要去听听课吗？
A:
有
可以出个量化考卷，90分以下的都应该听
随便出一题，哪些半经验方法是专门用来算激发能的？
PM3、AM1、MINDO、ZINDO、RM1、INDO/X、TNDO
Q:
ZINDO
ZINDO
ZINDO我也觉得是
/偷笑
A:
娃娃没好好学
Q:
哈哈
A:
正确答案：ZINDO、INDO/X
Q:
我只记住了ZINDO
A:
下一题：
哪个基组是专门给计算NMR化学位移设计的？
pc系列、def2系列、pcseg系列、pcS系列、EPR系列、pcJ系列、Sadlej系列
Q:
pcS系列
A:
不错（如果没马上翻讲义的话）
Q:
/偷笑最后一个是用来算超极化率的
其实一共就记住这三个
看来我真的要学习了
A:
下一题比较简单：
没虚频的就是极小点结构，此话正确否？如果不正确，原因何在？
Q:
肯定不正确，根据我多年临考经验
不正确，极小点的周围也可能没有虚频
A:
“周围”怎么确切来说？
Q:
而且对于大的柔性分子，势能面较为平缓，出现没有虚频的点有很多，并不代表极小点
极靠近极小点的一些点
A:
此题10分给个8分吧
Q:
追问一句，如果你说的正确，那怎么得到极小点呢？
A:
严格说法：“周围”是指极小点附近二次区域以内，或者说在附近势能面拐点以内
Q:
首先，理论方法要足够精确，至少能够半定量地描述势能面，二，要有足够的基组，至少不能低于6-31G*，这种基础描述电子的基组，换言之，就是基函数要足够，才能较为精准找到极小点
我对势能面还是缺乏图像理解力
不听个三五遍的,怎么可能不被社长吊打
A:
最后一题，将DFT计算时以下基组耗时排序
aug-cc-pVTZ、may-cc-pVTZ、cc-pVTZ、def2TZVP、STO-4G、daug-cc-pVTZ、def-TZVP、6-311G**、cc-pVDZ、def2SV(P)、3-21G
Q:
STO-4G这个最少，呵呵
我只能回答,讲义61页
daug-cc-pVTZ>aug-cc-pVTZ>may-cc-pVTZ>cc-pVTZ>def2TZVP>def-TZVP>cc-pVDZ>6-311G**>def2SV(P)>3-21G
>STO-4G
daug-cc-pVTZ>aug-cc-pVTZ>may-cc-pVTZ>cc-pVTZ>def2TZVP>def-TZVP>cc-pVDZ>6-311G**>def2SV(P)>3-21G
>STO-4G
估计错了不少
A:
cc-pVDZ应当和6-311G**对调，其它没错
Q:
哦，忘记了，3-zeta基组耗时高于2-zeta的
不错哦
/偷笑社长大人教得好
七月再听一次就95分了
[表情]
A:
回去多复习讲义就好
讲义起码从头复习2遍
Q:
每当我看不下去文献，做不动科研的时候，就重新翻一遍讲义
对于C，
cc-pvtz: (10s,5p,2d,1f) -> [4s,3p,2d,1f]
def2-tzvp: (11s,6p,2d,1f) -> [5s,3p,2d,1f]
为什么cc-pVTZ>def2TZVP
看清提干，对于DFT而言
A:
cc-pVTZ用的是广义收缩
或者确切一点，半广义收缩
Q:
高角动量的基组对于DFT很亏
高角动量的基组对于DFT很亏
A:
[图片]
而且cc-pVTZ对于H极化到d，def2TZVP只到p。cc-pVTZ和def2TZVPP在一档
Q:
算单点积分只要算一次，dft的计算取决于基组的维度吧
A:
一般都是direct方式做SCF，做几轮迭代双电子积分就算几次
DFT计算看的是GTF数，高角动量对耗时增加得更高
维数（基函数数目）主要决定的是后HF的时间
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2016.06.14 17:47:41
Q:
老师：您好！请问在pbe1pbe/def2tzvp下进行优化的结构，可以在其他基组和方法下进行NICS分析吗？谢谢··@Sobereva
A:
可
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2016.06.14 17:56:52
Q:
量化班和动力学班一起搞吧，你就辛苦点，呵呵
A:
没这个必要，而且一起搞，同时参加的人也很少，毕竟跨度一个多星期，而且内容不同
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2016.06.14 18:19:43
Q:
老师：如果用其他的基组和方法，会不会由于结构的不同，有误差呢？因为在不同的方法和基组条件下，优化的结构存在差异·····。我的方法和基组是：pbe1pbe/def2tzvp“，在进行[图片]时，输出的提示是”不能进行NLMO分析“.采用版本是D.01版本；如果要替换方法和基组,进行分解计算，老师的建议的合适的方法和基组是？元素是Au 和 Sb... 谢谢····/抱拳@Sobereva
A:
没误差
Au和Sb用SDD
Q:
老师：我发现用pbe1pbe/sdd或者是b3lyp/sdd 用于NICS分解，同样提示说不能进行NLMO分析。 ,版本是高斯D.01 . 请问该怎样处理呢？谢谢···@Sobereva
A:
看具体提示
Q:
老师：您好！错误提示都是：[图片]@Sobereva
A:
不要同时在论坛和群里发问同一个问题
Q:
恩没有下次了，老师：这个是输入文件行：[图片]，您刚刚说更换NBO版本，可是我们没有购买单独NBO程序，我刚刚尝试了LANl2dz，也不行。请问还可以怎样呢？谢谢···
A:
错误提示是最高占据数的NBO不在最前头，自行尝试调整原子顺序，让最高占据数的出现在前头。
Q:
老师：您的意思是说，让原子序数大的调整在最前面。是吗？@Sobereva
A:
不是序数，是占据数最大的NBO涉及到的原子放在前头
Q:
老师：您好！我这里一共只有两种元素，Au和Sb. Au3Sb6" . 抱歉 [表情] 我还是不明白您说的“占据数最大的NBO涉及到的原子放在前头”是什么意思? 我的理解是“在所有NBO轨道中，由参与形成NBO轨道最多的原子，放在前面”是吗？[表情]@Sobereva
A:
NBO轨道都有占据数，每个NBO牵扯1~3个原子
Q:
老师:您好！我查看nbo轨道后，发现NBO占据数最多有2个原子，修改后，还是出现之前的错误提示，[图片]，请问该怎么处理呢？@Sobereva
A:
“NBO占据数最多有2个原子”这种描述完全错误。占据数和涉及几个原子根本无关
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2016.06.14 18:20:37
Q:
请问如何选择溶剂化方法
A:
没特殊情况就用SMD
Q:
什么时候用cpcm
A:
甭管CPCM，先看此文了解常识
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
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2016.06.14 18:27:46
Q:
说实话，举办两年量化基础班了，应该到别的地方办一次了，最起码上海武汉这样的城市可以走一走
A:
麻烦
Q:
合肥人民发来贺电
A:
当然以后是有计划的
Q:
/擦汗上海还是可以去的，等我要是去了，可以帮你练习场地
/强来成都
[表情]来成都
合肥也应该去，中科大需要基础培养
川大的古正做量化的
川大的古正做量化的
A:
候选地优先级：上海>广州>成都
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2016.06.14 18:29:35
Q:
Journal of Theoretical and Computational Chemistry
这货还是SCI吗？
4以上呢
A:
[图片]
Q:
别胡扯
/偷笑
你都把社长吓找了
[图片]
A:
应该还是
Q:
JPC L居然8.5了难得纯物理化学的杂志能这么高
JPCL去年才7.45……
A:
赶上当年JACS了
Q:
sob老师今年还会就最新if和分区专门撰文对适合理论化学的期刊进行点评么@Sobereva
A:
等下载到带有ISSN的IF表我再写点评帖子，要不然搜索期刊太麻烦
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2016.06.14 19:19:25
Q:
Sob ，请查收@Sobereva
A:
/OK中午工作人员会回复
[表情]中午工作人员会回复
Q:
我是发到你支付宝了
A:
收到
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2016.06.14 19:21:37
Q:
sob老师您好，做态密度时，使用def2tzvpp基组可以吗？
A:
可
不过一般没必要这么大基组，def-TZVP或6-311G**都绰绰有余
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2016.06.14 19:40:20
Q:
请问，计算弱相互作用时，色散校正会影响计算构型吗？我有一组m06-2x的opt freq的数据，现在想加色散校正，是需要重新计算一遍呢？还是直接在关键里写D3校正的关键词在优化的基础上计算单点能就可以了？
A:
M062X已经能表现色散作用，不用加D3再优化
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2016.06.14 19:43:22
Q:
请问，计算原子电荷需要多高的计算级别，b3lyp/6-31G*可以么
A:
可以
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2016.06.14 20:11:44
Q:
老师，我之前用gaussian模拟振动分辨的电子光谱（基态分别用了hf和b3lyp,激发态对应是CIS和tdb3lyp），提示错误积分小于10∧-4，看过你的博文，构形变化太大FC不适用了。可这和我实验矛盾啊，实验有很强的0-0带吸收，这是否说明我优化过的构形不正确呢？谢谢～
A:
你先看看构型差异，如果确实差异大，没准是这个问题
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2016.06.14 21:03:44
Q:
老师，从分子轨道图里能不能看出哪些是孤对电子占据的分子轨道？
A:
能
里面有图例
图解电子激发的分类
http://sobereva.com/284
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2016.06.14 21:28:55
Q:
请问下各位，高斯软件能不能计算出以下图中所写的参数啊？多谢赐教！
[图片]
A:
用Multiwfn
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
电子定域性的图形分析
http://sobereva.com/63
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
手册第四章一堆例子
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2016.06.14 21:37:22
Q:
请问老师，水分子有属于C2点群的构象吗？
A:
要么C2v（对称）要么Cs（不对称）
Q:
好的，谢谢老师，再求教一个问题，文献中[图片]给的水分子振动是三种对称性的，可是我用C2v的水分子算的时候，出现的是[图片]这三种对称性的，这是哪里错了呢？
A:
不是错，朝向问题而已
[图片]
Q:
意思是结果是一样的吗？
A:
y
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2016.06.14 22:26:59
Q:
[图片]
老师，我计算的磷酸的原子电荷，其中右上角的氧（-0.651）负电荷最多，我可以认为这羟基反应性最强，即最容易给出质子么？用的基组是b3lyp/6-31G*，关键词用pop=npa和pop=hirshfeld得到的结果一样。谢谢！
A:
gview的charge distribution可以选在图上显示哪种原子电荷
你选NBO就是NPA电荷
Q:
谢谢sob老师，忘了调整了，原来看的都是mulliken电荷，我说怎么都一样呢。但是用的pop=npa，只有NBO选项是可以点的，用pop=hirshfeld都是灰的，除了mulliken电荷，这是什么原因呢？
恩恩，那hirshfeld电荷呢
A:
hirshfeld电荷输出格式老变，gv判断不出很正常，我也不建议直接用高斯算的hirshfeld，用Multiwfn算的hirshfeld电荷更可靠
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2016.06.14 22:27:14
Q:
谢谢，我同时有casscf的计算结果，感觉那激发态构形变化不大，似乎能解释通实验。但是casscf几乎没怎么考虑动态相关，激发能结果比较高，根据经验来看，那构形和频率分析可信度高吗？而且用cas模拟电子振动光谱会出问题，log文件极大
A:
构型和频率还可以。
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2016.06.14 23:18:42
Q:
请教一个迫切的问题，我有一个水分子，H2O，是pdb格式，想采用gmx pdb2gmx -f water2.pdb -o water2.gro 生成一个top文件，但是一直都做不出top，说“Residue 'OW' not found in residue topology database”，那么我怎么修改rtp文件？
A:
不要用pdb2gmx，直接自己写top文件，把spce.itp给include进去就完了
Q:
但是posre.itp怎么得到？
A:
不若不打算做位置限制根本不需要这个
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2016.06.14 23:26:48
Q:
咨询一下sob老师，VMD中这个residue的数值(帖子中是residue 43)
同一个分子的晶体，不同位置的分子，数值有差别吗？
谢谢
A:
不同分子residue编号不同
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2016.06.14 23:35:12
Q:
请问一下
UV吸收图中左边纵坐标的epsilon是社么意思
A:
摩尔吸收系数
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2016.06.14 23:43:09
Q:
老师们，谁有CYLview 的手册啊，跪求
A:
叫“官网”的人有
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2016.06.14 23:45:38
Q:
求教：VMD中如何让远近的原子显示的大小一样
A:
用正交模式
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2016.06.14 23:46:37
Q:
求教：激发态下搜索过渡态搜不出来有什么技巧吗
A:
看振动模式动画
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2016.06.15 00:06:25
Q:
请教各位老师，Xe2这种稀有气体的簇合物其激发态该用什么方法算呢？
A:
还是看对精度的要求
EOM-CCSD、LR-CC3都可以考虑
Q:
多谢Sob老师，Xe周期数大，是不是可以考虑用赝势了
A:
是
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2016.06.15 00:15:17
Q:
咨询一下，高斯view打开一个晶体的cif文件，然后显示如下[图片]
如何才能把边缘的分子也补齐？因为单看这个单元，外面是裸露的。谢谢
A:
复制延展一下
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2016.06.15 00:40:36
Q:
请教一下，今年夏天的量化培训，不是学生和老师，失业人员一名，纯兴趣爱好，归到哪一类？能不能当做学生对待啊
我失业了，一家三口要养@OPERA
A:
算是学生。
但如果有正式工作就不算
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2016.06.15 01:06:27
Q:
刚才说的是cas的构型和频率还可以，那算0-0跃迁能的时候，可以直接将cas优化好(无虚频)的激发态构型，放到EOM-CCSD方法下，算一个单点能吗？用cas算激发态有个问题是，找不到激发态振子强度、CI系数那些数据。谢谢~
A:
看你用什么程序，高斯的话CASSCF的CI系数是有的
可以CASSCF的构型/频率 + EOM-CCSD的激发能
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2016.06.15 01:15:19
Q:
老师我在计算过渡态时发现得到了一个有两个虚频的TS 我就想消除另一个我不需要的但是试了很多种方法要不是两个全消失了要不反而是我需要的被消了。就是那个不需要的反而一直在，这是怎么回事
是我需要的
A:
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
算得动就先试calcall加opt=TS
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2016.06.15 01:21:39
Q:
各位老师我在结构优化和光谱计算时出现如下错误，请问怎么解决？
[图片]
[图片]谢谢
A:
看最后一步结构，以及频率，是否合理
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2016.06.15 01:24:41
Q:
老师，分子中含有两个有单电子的金属离子，彼此之间不存在磁耦合作用，在用Gaussian计算整个分子单点能的时候，总自旋多重度应该是 2*(S1+S2)+1 还是 (2*S1+1)+(2*S2+1)？
A:
2*(S1+S2)+1
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2016.06.15 01:28:53
Q:
老师们用高斯view 打开那个自旋密度不行咋回事
还有我用multiwfn 生成的cube文件在gaussview 也不显示？？
老师们可以告诉我吗？？还有就是那个软件还可以显示自旋密度图啊？？
A:
Multiwfn直接就能显示
格点数据算完了点-1直接就能看自旋密度等值面
Q:
老师，就是怎么看每个原子上边的自旋密度数值
A:
计算自旋布居。看Mulitiwfn手册4.A.2节
Q:
[图片] 老师，就是这个上边上面自旋数值，都能用自旋布局显示出来吗？
A:
能
Q:
[图片]老师电荷分布和自旋分布怎么看？？？
A:
gview-results-charge distribution里可以根据原子电荷数值大小来着色
色彩刻度条给你了，对照着看
Q:
老师电荷密度可以看，自旋密度没法看，打开时显示是灰色
用gaussview
A:
gv判断不出当前版本的格式
没辙
除非自己改格式
Q:
我从multiwfn 改成cube文件也不行
还是不可以
A:
和这有毛关系？
cube文件放gv里只能看等值面
Q:
老师哪还有其他软件看每个原子上自旋密度图的数值呢，除了gaussview multiwfn
A:
“原子上自旋密度图的数值”这种说法本身就是错的，看此文第六点
量子化学中的一些常见不良写法和用词
http://sobereva.com/298
Q:
老师们，每个原子的自旋密度值还有其他的软件可以显示吗？？
A:
果然没看博文
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2016.06.15 01:36:47
Q:
老师，找过渡态时可以冻结部分量么？
A:
可
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2016.06.15 01:41:24
Q:
老师，请教您一个问题。我看到一篇文献做的是关于ELF分析的，[图片]因此我有两个问题：1，这个图上的V(C12，C10)之间形成的盆是不是2.30e(因为没有支撑材料，所以不能重复) 2、我用Mulyiwfn软件重复example里面的C2H2 [图片]，得到这个[图片]如果我现在想看V（C1，C3）之间的盆，取值是不是取[图片]这个里面的盆2: （5.36 e）。谢谢！
A:
1 是
2 是
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2016.06.15 01:41:48
Q:
[图片]Sob老师，这是ALIE图（HNbN负离子的极小点是0.13 eV,C2H4的极小点是9.26 eV），请问此图可否说明C2H4与HNbN负离子发生反应时，Nb原子与双键相连
A:
有可能这么反应，但还是应当算算过渡态来确认
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2016.06.15 01:48:52
Q:
对，我用的是高斯，那要用#p能看到cas方法下的CI系数吧？之前没找到这个部分我再看看输出～
A:
诸如这些就是系数
( 1) EIGENVALUE -37.7010866317
( 2) 0.9886395 ( 14) 0.1503064 ( 4)-0.0000005 ( 11) 0.0000004 ( 1)-0.0000001 ( 16) 0.0000001 ( 6) 0.0000000
( 12) 0.0000000 ( 13) 0.0000000 ( 3) 0.0000000 ( 15) 0.0000000 ( 5) 0.0000000 ( 10) 0.0000000 ( 7) 0.0000000
( 9) 0.0000000 ( 8) 0.0000000 (
----------------------------------------------------
2016.06.15 01:54:00
Q:
Sobereva老师，QM不定义原子链接的话，没有力场也能跑起来,但奇怪的就是QM和MM链接部分的原子受力奇大无比..越算越大..百撕不得骑姐
A:
如果本身就是连接的那必须得定义两层之间的连接，否则边界部分就悬空了，就瞎了
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2016.06.15 02:09:04
Q:
[图片] 【传说】Sobereva 分享文件 18:09:04
"2015年SCI影响因子（2016年6月14号发布）.xls" 下载
A:
刚才传的这个比之前别人传的内容更充分，更便于检索
A:
IJQC太励志了
Q:
IJQC这是什么的缩写sob老师
A:
国际量化
Q:
国际量化因子大涨吗
jmm真是堕落了
A:
2.18了都，当年CPL也不过如此
Q:
真不错
A:
中国科学英文版也够狠的
2.4
现在叫中国科学:化学
中国很多刊物势头猛得很，化学学报都1.8了，几年前才这一半不到
Q:
JACS真牛，1年3000多篇，今年影响因子都13了。。PCCP比较稳定，今年和去年差别不大。我觉得一个杂志影响因子稳定，才是比较好
今年中国期刊上去的不少，nano scale，还有个综述杂志，科技扁平化了，，以后只要中国继续发达，各方面健全，相信会更好的
JMM当年影响因子超过4，后来水文太多，不过慢慢应该会上来
A:
MATCH-COMMUN MATH CO够骇人的，去年是1.466，今年飞到3.858
A:
TCA、JMM兵败如山倒
A:
此一时彼一时，风云变幻
Q:
不过我感觉计算类的杂志整体不行了
[图片]
直接就叫德国应化，顺口了
A:
非也，JPCA涨了
Q:
现在有很多影响因子高的杂志也接受计算类的文章，大家都投高影响因子的了
A:
只不过当年2.0左右的兄弟大多混得很惨淡，也有个别发达的
A:
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子（2016年公布）
http://sobereva.com/335
适合理论、计算化学投稿的期刊及其2015年影响因子（2016年公布）
http://sobereva.com/335
Q:
[图片]后面的额41.58和51.56是么东东
[表情]
A:
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.15 03:22:08
Q:
Mercury是一种软件吗？我试一下
[图片]恩，打开之后是这样的，我想知道能不能从中提取出清晰的分子结构图，
A:
是
----------------------------------------------------
2016.06.15 04:29:03
Q:
请问频率的纠正因子在那里查找
A:
谈谈谐振频率校正因子
http://sobereva.com/221
Q:
sob老师我用的基组是6-311++G(d,p) ，没找到相关的频率纠正因子
A:
找相近的
弥散函数基本不影响校正因子
----------------------------------------------------
2016.06.15 05:38:47
Q:
请问高斯输出文件里的电荷单位是什么啊？谢谢
A:
a.u.
----------------------------------------------------
2016.06.15 05:38:47
Q:
请问这个图是高斯做出来的吗[图片]
A:
一看就是计算化学水平很低的人写的
图题根本不对
Q:
啊？[图片]上发的。。
A:
发在Nature上错的依然是错的
谈何inorg chem
Q:
上面那三个不是电荷密度图吗
A:
那叫静电势投影的分子表面图
在GaussView里绘制分子表面静电势填色图的过程
http://sobereva.com/253
使用Multiwfn结合VMD分析和绘制分子表面静电势分布
http://sobereva.com/196
跟NPA半毛关系都没有
----------------------------------------------------
2016.06.15 05:47:23
Q:
sob老师暑期培训是七月16、17、18么？什么时候开始报名
A:
已经开始报名了
看www.keinsci.com上的通知
----------------------------------------------------
2016.06.15 06:52:27
Q:
优化分子做了一天了，突然断电，明天怎么可以接着开始做？网上查了有的说在输入文件中加上guess 和 geom两个关键字就可以接着做，还有的说用restart的，这是两种方法吧？
烦请知道的给指导下[表情]
？？
A:
打开输出文件，保存成新的输入文件，关键词照旧，继续算就完了
Q:
输出文件是log格式的
把log转换成gjf的，然后关键词依旧就可以了么？
A:
y
Q:
请问老师，“打开输出文件，保存成新的输入文件，关键词照旧，继续算就完了”，是在gaussview中打开log文件，还是在UE中打开？@Sobereva
A:
gv
----------------------------------------------------
2016.06.15 06:59:30
Q:
[图片] 【活跃】string 分享文件 22:59:30
"高斯使用指南-郭勇.pdf" 下载
A:
郭勇那个不看为宜，一搜5/13就知道是把初学者往火坑里推
----------------------------------------------------
2016.06.15 07:28:37
Q:
之前能量最小化就正常结束，但是跑NVT的时候报错，请问是什么问题？
Fatal error:
Group Protein referenced in the .mdp file was not found in the index file.
Group names must match either [moleculetype] names or custom index group
names, in which case you must supply an index file to the '-n' option
of grompp.
A:
你跑的如果不是蛋白，mdp里甭引用protein这个group，否则程序不知道这是啥
Q:
对，我跑一个小分子，没有蛋白，请问怎么关闭它？
A:
检查mdp
搜protein
Q:
tc-grps = Protein Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
tau_t = 0.1 0.1 ; time constant, in ps
ref_t = 300 300 ; reference temperature, one for each group, in K
改为
tc-grps = Non-Protein ; two coupling groups - more accurate
tau_t = 0.1 ; time constant, in ps
ref_t = 300 ; reference temperature, one for each group, in K
Non-Protein改为小分子名称，又报错
Fatal error:
2124 atoms are not part of any of the T-Coupling groups
A:
tc-grps设system
----------------------------------------------------
2016.06.15 08:11:55
Q:
请问各位老师，SMD溶剂模型计算激发和发射时，计算的基态能量是否要加上非极性大部分的能量
[图片]
还有，这里怎么显示错误？怪事
A:
不用管第一个箭头
非极性部分已经在scf done的能量里面了
----------------------------------------------------
2016.06.15 16:45:44
Q:
请问这个图上S1对应的振子强度不为0；S0-S1的跃迁结果振子强度为0。不太明白这一点
图里面的S0-S1的振子强度度数不为0，但是检查文件发现S0-S1的跃迁振子强度为0，请教一下老师
那他为什么不是收下来为0，像
图中红笔部分那样，谢谢 Lee@IAM
A:
八成是600nm部分有不止一个态，你输出文件里看到的是0，但是紧接着又有一个振子强度明显不是0的态，正是你图中看到的
----------------------------------------------------
2016.06.15 17:32:09
Q:
请问老师，高斯培训班除了有暑假的其他时间还有吗？@Sobereva
A:
除了暑假今年就没了，下次就是明年春季了
Q:
暑假连动力学一起办了呗
您辛苦点，省了我们路费
一个并行，一个串行
A:
没有什么好处
同时参加这两个班的人很少，方向差异很大
而且一次得9天，很少有人呆得了这么长时间
再加上每天讲课8小时+答疑1个多小时，8天吃不消
----------------------------------------------------
2016.06.15 17:32:09
Q:
老师，opt hf/6-31+g(d) 和 opt b3lyp/6-31+g(d)这两个哪个计算量大？
好的，老师，我后面几个分子有60多个原子，所以想在不减少精度的情况下能不能降低计算量
A:
凑合，加弥散有困难最好用3-zeta
----------------------------------------------------
2016.06.15 18:24:14
Q:
有人知道slater-koster files如何自己计算得到么？谢谢了
A:
MS的DFTB就带自行拟合参数功能可以关注下
----------------------------------------------------
2016.06.15 18:30:04
Q:
[图片]
这是cpu时间还是真实时间啊？
A:
就是wall time
----------------------------------------------------
2016.06.15 18:40:32
Q:
请问下，溶剂模型下计算激发态，出现这种错误，这样修改
[图片]
输入文件
#p cam-b3lyp/6-31g(d) td scrf(cpcm,externaliteration,read,solvent=n-hexane)
A:
都read什么了？
用默认的PCM再试
Q:
计算使用SS模型计算发射能，其他的态的计算我都计算成功了，只有这个计算错误@Sobereva
A:
有些可以控制溶剂场迭代的关键词，看看手册scrf部分尝试使用
----------------------------------------------------
2016.06.15 18:40:33
Q:
请问为何Molpro算的UDFT给出的NO还有能量？[图片]
A:
大抵是弄了个等效的哈密顿
----------------------------------------------------
2016.06.15 18:42:22
Q:
咨询一下，用pop=CHELPG计算出来的电荷是不是看这一部分？[图片]谢谢
A:
是
----------------------------------------------------
2016.06.15 18:47:35
Q:
Sob老师，B3LYP泛函有没有可以直接用的泛函库
A:
DFT交换相关泛函库的使用方法
http://sobereva.com/211
----------------------------------------------------
2016.06.15 18:48:37
Q:
Sob老师，我今年准备参加培训班，老板同意了！！
A:
/鞭炮
----------------------------------------------------
2016.06.15 18:53:56
Q:
高斯的输入文件中，分子说明部分，能指定某个原子的电荷和自旋多重度吗？
我也想知道
如果一指定，会引起许多不合理的事情。
可是不指定，又无法描述H负离子的行为。
还是看看文献，看文献中是如何处理的。
A:
量化计算时不能指定，想指定只能用CDFT，高斯不支持
谈谈约束性DFT (CDFT)
http://sobereva.com/271
Q:
[图片]那这样的结构如何模拟啊？
A:
实际算出来什么样就什么样，搞有机的净胡乱臆测电荷分布，很多连定性都不对
Q:
直接不考虑电荷，优化中性分子就好？
A:
纯粹搞有机的人脑子里往往没有电子离域的概念，就知道lewis式
对
----------------------------------------------------
2016.06.15 19:05:04
Q:
这个分子优化并计算光谱，I原子用什么基组较好？
A:
lanl08，更好点用lanl08(d)
Q:
其余的还是6-31G(d)（优化）和 6-311G(d) （激发），对吧
A:
y
Q:
[图片]优化的时候这个I原子放哪啊？sob老师，不需要I,C已经是4配位了啊@Sobereva
A:
边上随便放，也可以摆多次，看优化完最终哪种能量最低
Q:
了然
这要穷尽比较困难啊，有没有一个搜索的方法呢？@Sobereva
A:
不要想太复杂，就在甲基附近摆三四次就足够了
Q:
之前跟您讨论的另一相关分子，吸收光谱跟实验吻合很好（给您看过）
而上面这个分子，我之前优化的是不带I原子的带正电的离子，最大吸收比实验值大了100[表情]它500，我600
所以我想把I加上，您有什么comment@Sobereva
A:
加上先试试算算呗
----------------------------------------------------
2016.06.15 19:52:15
Q:
请问一下，选用溶剂化方法是看所用的溶剂吗，所用MeOH的话用什么方法？催化剂是Cu
A:
y
Q:
甲醇与底物一起，甲醇起诱导作用，诱导氢转移
CPM跟SMD有什么区别呢
A:
一律用SMD
这里说了
谈谈隐式溶剂模型下溶解自由能和体系自由能的计算
http://sobereva.com/327
Q:
我看不懂怎么选用
A:
字号不要超过12，看群共享里群规
看博文
----------------------------------------------------
2016.06.15 20:12:06
Q:
[图片]求问一下图中横线部分的校正是整么回事？不是一般校正加溶剂计算单点能就行了吗？
A:
[图片]
[图片]
第二个校正看文献25a
----------------------------------------------------
2016.06.15 20:16:31
Q:
请问高斯tddft，如何选择只计算某个特定轨道的激发呢？
A:
用window自行定义考虑电子相关时考虑哪些轨道
Q:
window是啥？
A:
搜手册
----------------------------------------------------
2016.06.15 20:25:01
Q:
请问E L F函数可以用来观看P I电子，如苯环的pi电子
A:
病句
Q:
[表情]
请问怎样用E L F函数图来表示离域的P i电子，如苯环的pi电子
A:
绘制ELF-pi图
Multiwfn手册4.5.3节有例子
----------------------------------------------------
2016.06.15 20:34:57
Q:
sob动力学班ppt可做好了？
A:
no
话说我也刚收着那个lammps培训班的通知，又是那个山寨公司，价格极黑
Q:
实话说，科音培训的确不算贵，不过还是希望多办几场
这几年才培训了400人太少了
A:
才两年而已
Q:
动力学培训班要啥时候，求报名
A:
下半年下半年下半年
Q:
最好暑假呢
暑假来不及了
A:
暑假对有些人方便对有些人不方便，所以不会特意凑暑假时候
Q:
[图片]
话说我也刚收着那个lammps培训班的通知
A:
也是qq邮箱收到的么？
Q:
我也收到了
是不是我们群里的人把群里人的QQ好提供给别人了
是的，扣扣邮箱
A:
我怀疑是，挨着个给群里每个人qq邮箱发
Q:
没收到..应该是开会或者其他的途径吧..
应该是发的群邮件吧
A:
如果谁能查出是群里哪个人，欢迎举报，待核实后奖励50元
Q:
[表情]
/鼓掌
/鼓掌+1
[图片] 倒是收到了这玩意...
[图片]
A:
大家一定要齐心抵制往qq邮箱里发的这类赚黑心钱的培训、会议！免得被坑！
Q:
坚决抵制~~
+1
[图片]
[emoji]估计是群发的。。
A:
太猖獗
公司名不见经传，3天要价3000，纯属商业动机驱使，质量哪可能有保障，坑一个是一个
甚至连个网站都找不着
宣传都偷偷摸摸的
Q:
可是我都没有收到这个邮件啊～
应该是这个公司，北京博宏科睿企业管理顾问有限公司。这个周恒的2个电话也出现在这个帖子里http://bbs.simol.cn/thread-145762-1-1.html
A:
2000人，一次性全都发做不到，应该是分批或者随机发，也可能过几天就轮到你了
Q:
没法赚５０块了～
/大哭
A:
还有机会，我是指举报是群里哪个成员
Q:
好难。。。
举报哪个人更本不可能的事。
没办法举证....
可以钓鱼
A:
某些人也许知道内情，举报不是不可能的
Q:
先通过邮件，查找对方ＩＰ，然后和ｑｑ群成员交叉对比，就能把范围缩小很多～
一般这种商业培训的ｑｑ都会是填写了具体地址的，这样更加可信么～
这种培训就是骗钱的
一次抵得上科音三次培训了
邮箱已经收到过n多封所谓的培训函了
A:
吴钩白发的帖子里有这么一条
[图片]
进http://www.cpt.gov.cn一看就是假的，信息根本没更新，首页下方没有备案号，网站版头的图压缩比例都失调。明显是骗钱
Q:
这个是野鸡机构
[图片]
A:
也是骗子会议，会议网站和公司网站进去基本就是个空壳
随便找个模板添点信息就放上去
Q:
[图片]
也收到
我也收到了这个人是谁啊
发了好几次了
A:
公害
Q:
也发信给我了
把每个人的邮箱都发了遍
这个我从研一收到现在。。。经常发
。。。这种东西收第一次就拉黑了
A:
就跟骚扰短信一样
对，收到后立刻拉黑
----------------------------------------------------
2016.06.15 20:40:53
Q:
各位老师~~请问怎么样用高斯看激发态到基态的跃迁偶极矩
A:
默认就输出
Q:
老师，用高斯能不能显示激发态到基态跃迁偶极矩的方向呢
A:
和基态到激发态是一码事
Q:
谢谢老师，就是也可以在高斯软件上显示出来跃迁偶极矩的方向是吧
A:
y
跃迁偶极矩箭头直接显示不出来，但你可以把矢量信息复制到偶极矩那一块，显示偶极矩箭头就等于显示跃迁偶极矩了
[图片]
----------------------------------------------------
2016.06.15 20:49:44
Q:
老师是复制到输出文件里面嘛？
A:
y
----------------------------------------------------
2016.06.15 22:32:57
Q:
老师，暑期有培训吗？期盼
A:
暑期就是基础量化，看科音官网www.keinsci.com，下学期预计有gmx培训，时间待定
Q:
报名时间：2016年6月14日至7月12日。是不是要提前到占个好位置/偷笑
A:
建议别拖到最后报。这次人数上限比5月少得多，免得最后人满了报不上了
Q:
报名费多少这次讲授分子动力学吗
A:
看www.keinsci.com上通知。
和动力学无关
----------------------------------------------------
2016.06.15 23:17:23
Q:
用6-311基组优化，然后def2tzvp算核磁化学位移，这样精度可以吗？
如果计算的化学位移与实验值偏差大，那是说明基组选的不够好吗？
计算值比实验值大了10几个ppm
A:
影响精度的因素还很多，基组只是其一。
6-311G**优化可以
Q:
老师，那算核磁的基组可以吗？
我算核磁用的是b972/def2tzvp
A:
可以
很多时候NMR和实验的明显差异是构型问题导致的
Q:
那就取决于我最初优化的结构
A:
比如实际中伸展的结构出现几率占主导，你算的是弯的极小点构型，可能就差很大了
----------------------------------------------------
2016.06.15 23:17:58
Q:
求教：vasp中ENCUT的物理意义是什么？谢谢！
A:
平面波截断能，越高结果越准，类似于用了越大的基组
----------------------------------------------------
2016.06.15 23:22:44
Q:
I原子用lanl08(d)基组如何设置？
I 0
lanl08(d)
****
H C N 0
6-31G(d)
*****
I 0
lanl08(d)
是这样？
A:
EMSL上拷定义
----------------------------------------------------
2016.06.15 23:26:46
Q:
老师好,我的分子共97个原子,96号原子用6-311+g(d)基组,其余用6-31g(d)基组,下面的写法正确吗?
1-95 97
6-31g(d)
****
96
6-311+g(d)
****
A:
正确
----------------------------------------------------
2016.06.15 23:30:22
Q:
老师好，您看我这个为什么会出现这样的错误？怎么解决？[图片]
A:
重算个单点再试
----------------------------------------------------
2016.06.15 23:35:57
Q:
! LANL08d EMSL Basis Set Exchange Library 6/15/16 12:29 AM
! Elements References
! -------- ----------
! Si P S Cl Ge As Se Br Sn Sb Te I Pb Bi: P.J. Hay and W.R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
! Si P S Cl Ge As Se Br Sn Sb Te I Pb Bi: L.E. Roy, P.J. Hay, and R.L. Martin, J. Chem. Theory Comput. 4, 1029 (2008).
! Si P S Cl Ge As Se Br Sn Sb Te I Pb Bi: C.E. Check, T.O. Faust, J.M. Bailey, B.J. Wright, T.M. Gilbert and L.S. Sunderlin, J Phys. Chem. A 105, 8111 (2001).
!
****
Cl 0
S 1 1.00
2.2310000 1.0000000
S
1 1.00
0.4720000 1.0000000
S 1 1.00
0.1631000 1.0000000
P 1 1.00
6.2960000 1.0000000
P 1 1.00
0.6333000 1.0000000
P 1 1.00
0.1819000 1.0000000
P 1 1.00
0.0467000 1.0000000
D 1 1.00
0.6480000 1.0000000
****
! Elements References
! -------- ----------
! Na - Hg: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 270 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 2
99 (1985).
!
CL 0
CL-ECP 2 10
d-ul potential
5
1 94.8130000 -10.0000000
2 165.6440000 66.2729170
2 30.8317000 -28.9685950
2 10.5841000 -12.8663370
2 3.7704000 -1.7102170
s-ul potential
5
0 128.8391000 3.0000000
1 120.3786000 12.8528510
2 63.5622000 275.6723980
2 18.0695000 115.6777120
2 3.8142000 35.0606090
p-ul potential
6
0 216.5263000 5.0000000
1 46.5723000 7.4794860
2 147.4685000
613.0320000
2 48.9869000 280.8006850
2 13.2096000 107.8788240
2 3.1831000 15.3439560
! LANL08d EMSL Basis Set Exchange Library 6/15/16 12:29 AM
! Elements References
! -------- ----------
! Si P S Cl Ge As Se Br Sn Sb Te I Pb Bi: P.J. Hay and W.R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
! Si P S Cl Ge As Se Br Sn Sb Te I Pb Bi: L.E. Roy, P.J. Hay, and R.L. Martin, J. Chem. Theory Comput. 4, 1029 (2008).
! Si P S Cl Ge As Se Br Sn Sb Te I Pb Bi: C.E. Check, T.O. Faust, J.M. Bailey, B.J. Wright, T.M. Gilbert and L.S. Sunderlin, J Phys. Chem. A 105, 8111 (2001).
!
****
Cl 0
S 1 1.00
2.2310000 1.0000000
S 1 1.00
0.4720000 1.0000000
S 1 1.00
0.1631000 1.0000000
P 1 1.00
6.2960000 1.0000000
P 1 1.00
0.6333000 1.0000000
P 1 1.00
0.1819000 1.0000000
P 1 1.00
0.0467000 1.0000000
D 1 1.00
0.6480000 1.0000000
****
! Elements References
! -------- ----------
! Na - Hg: P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 270 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 284 (1985).
! P. J. Hay and W. R. Wadt, J. Chem. Phys. 82, 299 (1985).
!
CL 0
CL-ECP 2 10
d-ul potential
5
1 94.8130000 -10.0000000
2 165.6440000 66.2729170
2 30.8317000 -28.9685950
2 10.5841000 -12.8663370
2 3.7704000 -1.7102170
s-ul potential
5
0 128.8391000 3.0000000
1 120.3786000 12.8528510
2 63.5622000 275.6723980
2 18.0695000 115.6777120
2 3.8142000 35.0606090
p-ul potential
6
0 216.5263000 5.0000000
1 46.5723000 7.4794860
2 147.4685000 613.0320000
2 48.9869000 280.8006850
2 13.2096000 107.8788240
2 3.1831000 15.3439560
我就想知道那个基组如何输入，没有过啊
A:
详解Gaussian中混合基组、自定义基组和赝势基组的输入
http://sobereva.com/60
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2016.06.15 23:37:07
Q:
各位老师好，计算分子的体积，怎么在gaussianview中输入关键词，我找来找去没找到与volume相关的词
A:
谈谈分子体积的计算
http://sobereva.com/102
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2016.06.15 23:56:22
Q:
[图片]
请问这是为什么呢
[图片]
这是输入文件
A:
MeOH写成methanol
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2016.06.16 00:12:23
Q:
请问老师，我在对结构进行优化时做了限制性优化，opt及freq都是四个YES结束，但出现了-19.08的虚频，请问这样优化好的结构可信吗
A:
否
Gaussian中几何优化收敛后Freq时出现NO或虚频的原因和解决方法
http://sobereva.com/278
Q:
老师，我看讲义上写的在优化中人为进行限制必定得不到真正的极小点结构，故发现有虚频也是正常的不可以理解为限制优化可以存在虚频吗？
A:
既然是限制性优化，应该你心里有数
Q:
老师，刚接触限制性优化，还不是很了解。优化出来是我要的结构以及和参考文献中也一致，这样就是正确结构了吧
A:
如果是靠谱的文献，算是达到目的了
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2016.06.16 00:23:24
Q:
老师们好，优化分子过程中出现
Petite list used in FoFCou.
Requested convergence on RMS density matrix=1.00D-08 within 128 cycles.
Requested convergence on MAX density matrix=1.00D-06.
Requested convergence on energy=1.00D-06.
No special actions if energy rises.
半天没反应，这是什么情况？
A:
等着
急性子就该用#P
Q:
额，知道老师，但是在网上看到有人把这当错误信息在问，所以想问下各位老师
A:
所以少在网上看乱七八糟讨论
Q:
没有错误，但是看到一个论坛里都在把这个当错误讨论
A:
菜鸟论坛
Q:
小木虫
A:
忘掉这个论坛便是
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2016.06.16 00:27:07
Q:
请教及各位老师，使用molclus程序前的动力学模拟（amber）过程中（一步一步按照sob老师教程贴来的），出现了如下错误提示，请问该如何解决？我的分子为带一个正电荷的有机分子，含有50个原子。
md1.out错误提示信息：
[图片]
A:
可能原因太多了，模拟参数不对、力场不合理等等
看看轨迹判断
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2016.06.16 00:27:49
Q:
咨询一下，类似于这个图像[图片]，怎样把自己的分子也加上个这样的外套来表示这个PCM模型？谢谢
A:
它想表达什么？PCM用的孔洞模型？
Q:
恩，就是个示意图。
ok
A:
用scrf=read，并且输入文件后面空一行写GeomView，就会在scratch目录下输出points.off，里面就是分子孔洞表面顶点坐标，可以改改格式用VMD查看。也可以用GeomView程序尝试打开。
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2016.06.16 00:42:43
Q:
老师您好，我是该下载哪一个[图片]
A:
[图片]
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2016.06.16 00:46:22
Q:
[图片]
请问一下f这是什么意思，如果换了cu做金属催化剂，这些用换吗
这个是fe的f数据
A:
f极化函数。
对Cu是不同的
Q:
您的博文里面是不有呢
A:
不会搞就直接到EMSL上拷完整的定义
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2016.06.16 00:59:46
Q:
请问qcisd方法可以续算吗？
A:
可以，有rwf和chk就可以
Q:
只有chk可以吗
应在怎么输入关键字呢？老师
A:
只有chk不行
http://www.gaussian.com/g_blog/faq2.htm
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