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标题: 求助用cp2k跑MD，平衡阶段的温度偏高 [打印本页]

作者
Author: chen0201 时间: 2023-3-24 11:17
标题: 求助用cp2k跑MD，平衡阶段的温度偏高
请问各位老师，我用cp2k跑的是含有几百个水分子的体系，热浴全程采用CSVR，预平衡阶段设置参数TIMECON 50，使得体系快速达到平衡，平衡阶段设置参数TIMECON 200，使得体系保持298.15K的温度，但是我跑了接近10ps后发现，温度整体偏离设置温度298.15大约20K左右（320K附近震荡），不知道此时体系算不算是298.15度下的合理平衡过程？如果不合理，是否该降低参数TIMECON 150/100 重新跑平衡过程呢？附件为输入文件和平衡阶段温度能量曲线。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-25 04:01
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100

作者
Author: chen0201 时间: 2023-3-26 10:34

sobereva 发表于 2023-3-25 04:01
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100

谢谢老师指点，已经更改参数重新跑正式模拟阶段

作者
Author: chen0201 时间: 2023-3-30 20:24
本帖最后由 chen0201 于 2023-3-30 20:26 编辑

sobereva 发表于 2023-3-25 04:01
尝试正式模拟阶段用TIMECON 100

请问老师，正式模拟阶段我已经更改为TIMECON 100 跑了接近八千步，前面温度平衡，后面又开始偏高（~10K），请问老师，这样合理吗？怎么解决呢？C:\Users\chen\Desktop\图片1.png

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-1 05:28

chen0201 发表于 2023-3-30 20:24
请问老师，正式模拟阶段我已经更改为TIMECON 100 跑了接近八千步，前面温度平衡，后面又开始偏高（~10K） ...

继续跑

可能诸如发生了反应而放热之类，导致温度暂时性升高

作者
Author: chen0201 时间: 2023-4-1 09:20

sobereva 发表于 2023-4-1 05:28
继续跑

可能诸如发生了反应而放热之类，导致温度暂时性升高

谢谢老师耐心解答，我现在已经把10ps跑完了，最后温度还是持续偏高（~20K），请问老师，还是再继续跑吗？还是换成 Nose–Hoover thermostat继续跑，或者重新跑呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-2 04:38

chen0201 发表于 2023-4-1 09:20
谢谢老师耐心解答，我现在已经把10ps跑完了，最后温度还是持续偏高（~20K），请问老师，还是再继续跑吗？ ...

用NOSE不会有任何额外好处，而且NOSE不太适合未达到平衡状态的模拟是众所周知的
先观察模拟体系的特征，考虑是否有什么可能令动能增加的因素
10 ps才跑了没多久，可以再跑跑。
另外值得一提的是，你的预平衡阶段跑得其实还不是很充分，其实温度还没充分平衡

作者
Author: chen0201 时间: 2023-4-11 09:15
本帖最后由 chen0201 于 2023-4-11 09:16 编辑

sobereva 发表于 2023-4-2 04:38
用NOSE不会有任何额外好处，而且NOSE不太适合未达到平衡状态的模拟是众所周知的
先观察模拟体系的特征， ...

谢谢老师耐心回复，我观察系统，发现温度最开始上升的点，就是因为有个原子突出壳层结构了。在以前的10ps基础上我又跑了10ps，仍然是CSVR，参数 100,温度仍然偏高15K~。但是我发现我没有设置压力。请问老师，是否应该在结构开始变化的时候重新控制温度？或者说20ps以后的结构还是合理的吗？还是应该设置压力为常压下呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-11 09:53

chen0201 发表于 2023-4-11 09:15
谢谢老师耐心回复，我观察系统，发现温度最开始上升的点，就是因为有个原子突出壳层结构了。在以前的10ps ...

平均温度距离参考温度差15K通常不会造成有什么实际问题，如果研究的问题对温度不是很敏感的话可以不用管

跟压力没直接关系

作者
Author: chen0201 时间: 2023-4-11 19:08

sobereva 发表于 2023-4-11 09:53
平均温度距离参考温度差15K通常不会造成有什么实际问题，如果研究的问题对温度不是很敏感的话可以不用管
...

谢谢老师耐心回复，现在是因为计算模拟的结构突出很多，和实验稳定性相悖，因此想控制很好的温度。另外请问老师，我需要控制压力在1bar情况下吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 09:48

chen0201 发表于 2023-4-11 19:08
谢谢老师耐心回复，现在是因为计算模拟的结构突出很多，和实验稳定性相悖，因此想控制很好的温度。另外请 ...

这种现象不会是这么点温度差异能造成的了的

控压的必要性没具体体系没法说。如果初始结构密度偏离实际太大，就开开控压

作者
Author: chen0201 时间: 2023-4-13 15:16

sobereva 发表于 2023-4-12 09:48
这种现象不会是这么点温度差异能造成的了的

控压的必要性没具体体系没法说。如果初始结构密度偏离实际 ...

谢谢老师耐心回复，已经了解了，后续会继续监控的，谢谢老师

作者
Author: 护卫天使 时间: 2023-5-10 10:03
您好，请问一下预平衡这一步是如何操作的？

作者
Author: chen0201 时间: 2023-5-10 15:25

护卫天使发表于 2023-5-10 10:03
您好，请问一下预平衡这一步是如何操作的？

预平衡阶段设置参数TIMECON 50

作者
Author: 护卫天使 时间: 2023-5-10 16:50

chen0201 发表于 2023-5-10 15:25
预平衡阶段设置参数TIMECON 50

感谢您的回复。也就是说相同的理论方法要跑两次吗？只是更改TIMECON的参数？

作者
Author: chen0201 时间: 2023-5-10 16:57

护卫天使发表于 2023-5-10 16:50
感谢您的回复。也就是说相同的理论方法要跑两次吗？只是更改TIMECON的参数？

我是这样的

作者
Author: chen0201 时间: 2023-5-11 09:21

护卫天使发表于 2023-5-10 16:50
感谢您的回复。也就是说相同的理论方法要跑两次吗？只是更改TIMECON的参数？

是的

作者
Author: ljh123 时间: 2024-10-31 15:39

chen0201 发表于 2023-5-10 15:25
预平衡阶段设置参数TIMECON 50

可以请问下，您是与平衡阶段最后一帧作为初猜，来跑平衡阶段吗

作者
Author: chen0201 时间: 2024-11-1 09:36

ljh123 发表于 2024-10-31 15:39
可以请问下，您是与平衡阶段最后一帧作为初猜，来跑平衡阶段吗

是的

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