计算化学公社

标题: 求助，tip4p/ice水模型使用求助 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-3-25 11:47
标题: 求助，tip4p/ice水模型使用求助
在构建tip4p/ice水模型下的冰水混合物时有一些问题，想请教一下各位大佬。
1.三点水模型转四点水模型后多一个点，改了gro文件中的water总原子数（加上虚原子），但是需要给这个虚原子加序号吗，比如将图中的1SOL后面四列的序号的1 2 3 1改为1 2 3 4吗？
2.文章中的mdp中的 tc-grps = ICE SOL ，分成了两个组，但是图中的gro和top文件中都是SOL，如何区分它们，或者说如何构建索引文件呢？
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作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-25 12:03
1. 使用gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro理顺编号
2. 不是必须分成两个组，图方便的话，都直接使用SOL即可
3. 使用http://bbs.keinsci.com/thread-32973-1-1.html 第三楼的附件的水参数更好，结冰速度更快。

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-3-25 12:25

牧生发表于 2023-3-25 12:03
1. 使用gmx editconf -f newicebox.gro -o newicebox2.gro理顺编号
2. 不是必须分成两个组，图方便的话， ...

好的，谢谢大佬！

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