标题: 求助：amber非标准残基参数化时出现bond parameter缺失问题 [打印本页] 作者Author: tetrazine 时间: 2023-3-25 19:46 标题: 求助：amber非标准残基参数化时出现bond parameter缺失问题 想用amber模拟带有非标准残基的蛋白，该非标准残基是先用Gauss做了结构优化，然后在Discovery Studio当中手动添加上去的。我参考了网上的教程来对其进行参数化，利用antechamber构建了ac文件，用prepgen和主链文件mc生成了prepin文件，最后利用parmchk2生成frcmod文件，利用tleap导入到lib中，随后导入蛋白，在check pro时输出：
Checking for bond parameters.
Could not find bond parameter for: C - NT
Checking for angle parameters.
Could not find angle parameter: O - C - NT
Could not find angle parameter: C - NT - H
Could not find angle parameter: C - NT - CT
Could not find angle parameter: CX - C - NT
There are missing parameters.
check: Warnings: 12
Unit is OK.
这里的NT是该非标准残基的氨基N原子，C应该是与之相连的上一个氨基酸的C原子，所有找不到的angle parameters也是围绕着这两个原子衍生出来的，不太明白是什么原因，恳请大佬解惑。 (, 下载次数 Times of downloads: 1)