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标题: 关于使用xtb在GFN0-xTB下跑动力学化学键断开的问题 [打印本页]

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Author: xsc6 时间: 2023-3-25 22:31
标题: 关于使用xtb在GFN0-xTB下跑动力学化学键断开的问题
各位老师大家好!我参考sob老师的教程http://bbs.keinsci.com/thread-16255-1-1.html对我的一个分子使用xtb在GFN0-xTB下跑动力学。初始结构如下图。但是分子开跑以后，原本的羧基会变成CO2离去（有些帧甚至跑的很远），不知道这样的问题该如何解决（由于此时羧基是未质子化的，所以是COO-的形式，我不知道这种情况是否需要设置电荷或者其他呢？我的md.inp文件完全是按照sob老师教程里的），或者这样子断开是否会影响第二步（用Molclus调用xtb在GFN0-xTB下做批量优化）呢？谢谢 (, 下载次数 Times of downloads: 23) (, 下载次数 Times of downloads: 24)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-26 02:31
本来也没很多需要明确考虑的可旋转的键，根本没必要用xtb跑动力学产生初始构象，按下文做才是最好最方便的
gentor：扫描方式做分子构象搜索的便捷工具
http://bbs.keinsci.com/thread-2388-1-1.html

作者
Author: xsc6 时间: 2023-3-26 11:28

sobereva 发表于 2023-3-26 02:31
本来也没很多需要明确考虑的可旋转的键，根本没必要用xtb跑动力学产生初始构象，按下文做才是最好最方便的
...

谢谢sob老师，我学习一下

作者
Author: xsc6 时间: 2023-3-26 12:33
本帖最后由 xsc6 于 2023-3-26 22:21 编辑

gentor生成构象后优化羧基仍然以CO2形式离去

作者
Author: xsc6 时间: 2023-3-26 21:51
本帖最后由 xsc6 于 2023-3-26 22:19 编辑

xsc6 发表于 2023-3-26 12:33
老师好！我学习使用gentor后，我发现我的分子即使只旋转一个键，所有构象也都无法通过check“All conform ...

可能是半经验方法不够准确，我使用gentor产生了1600个构象后，无论是调用xtb进行优化还是MOPAC，羧基又变成CO2离去了

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-27 00:52

xsc6 发表于 2023-3-26 21:51
可能是半经验方法不够准确，我使用gentor产生了1600个构象后，无论是调用xtb进行优化还是MOPAC，羧基又变成 ...

对其中一个会离去的初始结构，用DFT做优化看看什么情况

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Author: xsc6 时间: 2023-3-27 00:57

sobereva 发表于 2023-3-27 00:52
对其中一个会离去的初始结构，用DFT做优化看看什么情况

好的，谢谢sob老师，我试试

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Author: wzkchem5 时间: 2023-3-27 01:02
必须设置电荷。如果不设置电荷，默认电荷为0，那样你算的就不是羧酸负离子而是羧基自由基，因此很容易自发脱羧

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Author: xsc6 时间: 2023-3-27 13:38

wzkchem5 发表于 2023-3-27 01:02
必须设置电荷。如果不设置电荷，默认电荷为0，那样你算的就不是羧酸负离子而是羧基自由基，因此很容易自发 ...

非常感谢，之前可能也考虑到这样的问题，但不是很确定，我加入了charge=-1后，MOPAC跑出来几个结构我看了一眼都正常了谢谢！

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