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标题: 关于高斯固定优化 [打印本页]
作者Author: ter20 时间: 2016-6-24 13:19
标题: 关于高斯固定优化
本帖最后由 ter20 于 2016-6-24 13:27 编辑
自己有点不清楚，希望Sob指点。此贴只是抛砖引玉，希望Sob大神有空时写一篇系统的关于高斯如何做固定优化的介绍
一、如何固定某些原子
1. 如Sob所说：
优化过程冻结笛卡尔坐标：冻结的写-1，其它为0，例如：
C 0 2.10451556 1.30476920 0.00000000
C 0 1.53972704 2.37591121 -0.60408756
C 0 0.04292261 2.47139369 -0.52690516
C -1 -0.71631194 1.32920531 0.11350514
O -1 -1.77102370 1.50011168 0.62389092
问题：关键字只需要Opt，不用加modredundant之类的？
2. 关键字Opt=ModRedundant，坐标格式无所谓是笛卡尔还是内坐标，然后坐标下面空一行加：
原子编号1 F
原子编号2 F
…
3. 关键字Opt=ReadFreeze
....
C 0 2.10451556 1.30476920 0.00000000
C 0 1.53972704 2.37591121 -0.60408756
C 0 0.04292261 2.47139369 -0.52690516
C -1 -0.71631194 1.32920531 0.11350514
O -1 -1.77102370 1.50011168 0.62389092
空行
noatoms atoms=1,3,4 （固定1，3，4原子，高斯手册写的是1-4，我猜测不连续的原子应该是用逗号隔开）
二、如何固定某个几何参数，比如键长B4
1. 使用Opt＝Z-Matrix，另外高斯手册提到这里Opt需要改为POpt，才能进行部分优化，不知道是不是如此（手册上没有具体关于Fopt和Popt的说明）。具体如下：
#p B3LYP/3-21G Opt=Z-Matrix Freq
Title: Z-Matrix
0 1
C
H,1,B1
H,1,B2,2,A1
H,1,B3,3,A2,2,D1 0
C,1,B4,3,A3,2,D2 0
….
Variables:
B1=1.09331724
B2=1.09103427
B3=1.09270253
…..
Constants:
B4=1.0
2. Opt=ModRedundant，但我不确定哪个对
第一种：
#p B3LYP/3-21G Opt=ModRedundant Freq
Title: ModRedundant
0 1
C
H,1,B1
H,1,B2,2,A1
H,1,B3,3,A2,2,D1 0
C,1,B4,3,A3,2,D2 0
….
Variables:
B1=1.09331724
B2=1.09103427
B3=1.09270253
…..
空行
4 5 1.0 F
第二种：
#p B3LYP/3-21G Opt=ModRedundant Freq
Title: ModRedundant
0 1
C
H,1,B1
H,1,B2,2,A1
H,1,B3,3,A2,2,D1 0
C,1,B4,3,A3,2,D2 0
….
Variables:
B1=1.09331724
B2=1.09103427
B3=1.09270253
B4=1.0
…..
空行
B4 F
作者Author: Mikasa 时间: 2016-6-24 14:09
老师的培训上有讲～很详细
作者Author: ter20 时间: 2016-6-24 14:25
请问培训的资料在哪儿能找到？谢谢！
作者Author: sobereva 时间: 2016-6-24 16:21
一
1 不用加
2 是的
3 noatoms atoms=1,3,4代表的是优化1,3,4而不是固定它们。固定它们直接写notatoms=1,3,4
二
1 是。用不着写popt、fopt这些，就写opt=z-matrix
2 写4 5 F。目前版本不能这里直接写初值。
培训讲义只有参加基础量化培训的学员才能拿到，里面是专门介绍了限制性优化的各种用法
作者Author: ter20 时间: 2016-6-25 15:24
明白了，多谢Sob!
作者Author: ter20 时间: 2017-6-23 13:22
本帖最后由 ter20 于 2017-6-23 13:30 编辑
再次请教Sob，关于如何固定某些原子，今天做了一个算例(histidine)，运用帖子开头所述的头两种方法计算得到的能量和结构都完全一致，但是频率分析得到的零点能和振动模式不一样，请问该选择哪种方法得到的结果？谢谢！计算文件在附件
关键字如下：
1. # M062X/6-31G(d) Opt Freq
N -1 0.03048781 0.06097561 0.00000000
C -1 0.18948781 0.55397561 -1.36200000
C 0 1.34148781 1.53097561 -1.54400000
O 0 2.12760499 1.40239300 -2.51819549
C 0 -1.12351219 1.20597561 -1.81700000
......
2. # M062X/6-31G(d) Opt=modredundant Freq
N 0.03048781 0.06097561 0.00000000
C 0.18948781 0.55397561 -1.36200000
C 1.34148781 1.53097561 -1.54400000
O 2.12760499 1.40239300 -2.51819549
.....
(空行)
1 F
2 F
作者Author: sobereva 时间: 2017-6-23 15:55
第1种方法，程序会在hessian矩阵中把被冻结的原子与其它原子之间的非对角元，以及冻结的原子对应的对角元设成0以去除被冻结的原子的影响。而第二种方法，估计程序不会这么做，因此得到的振动频率是不同的。
作者Author: ter20 时间: 2017-6-23 17:09
那请问应该选哪种方法得到的结果呢？谢谢
作者Author: sobereva 时间: 2017-6-23 18:17
第1种虽然也不严格，但意义比第2种稍好点
作者Author: ter20 时间: 2017-6-23 22:04
好的，就用第一种了，感谢Sob解答！
作者Author: 314549393 时间: 2018-12-13 13:20
老师您好，我想在opt=z-matrix field=y+10的情况下，进行限制性优化，可以直接使用内坐标优化吗？
作者Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-4-14 16:11
老师您好，请问老师像原子后跟0或-1，noatoms 1,...,X 1 F 这些固定原子的方法，有没有方法能按原子类型来固定，对于大体系一个个的去输入标号很麻烦，有没有办法直接将一类一类的原子进行固定。另外noatoms atoms=1,3,4表示优化1,3,4号原子，那没有写在这个之后的原子在没有其他固定的方式下是优化了还是没有优化呢？
作者Author: sobereva 时间: 2019-4-15 09:59
Gaussian本身不支持原子类型固定，但可以在gview里通过一些技巧直接将某些原子类型的原子设为冻结状态（需要活用原子列表编辑器）
其它原子不被优化
作者Author: cqu_xiaoq 时间: 2019-4-15 10:09
好的，感谢老师耐心答疑
作者Author: GreenlandRose 时间: 2020-3-1 15:42
请问opt=readopt和opt=modredundant可以同时使用吗？
在输入文件开头这样写：
opt=(readopt,modredundant)
……
……
末尾这样写：
notatoms=C,11-15
B 8 9 F
是正确的吗？
作者Author: 交大小周 时间: 2023-8-2 14:44
老师您好，固定原子对于单独频率计算有影响吗，还是只影响了opt过程，我先在固定原子的条件下优化，然后单独进行freq计算，在用Multiwfn获取输出模型的时候发现单独频率计算是无法进行固定原子的，所以想问一下老师。
作者Author: sobereva 时间: 2023-8-2 23:22
Gaussian里振动分析时可以固定原子，此时被冻结的原子自身之间，以及这部分与其它原子之间的Hessian矩阵元都当成0
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