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标题: 请教各位应用VMD显示蛋白结构问题 [打印本页]

作者
Author: huhq 时间: 2023-3-26 10:49
标题: 请教各位应用VMD显示蛋白结构问题
应用PDB库中的数据显示1G1C蛋白结构如下： (, 下载次数 Times of downloads: 6)
蛋白在水环境中2ns动力学平衡后显示1G1C结构如下(已应用mol ssrecalc top渲染)：
(, 下载次数 Times of downloads: 8)
求教二级结构差别这么大的原因。谢谢了！

作者
Author: xsc6 时间: 2023-3-26 22:40
个人理解：1.数据库中的构象不一定完全正确的，如果都正确那还跑什么MD呢
2.对于自己跑MD，你得先确定你的力场是否合适体系模拟，同时你也要确定你是否到达平衡状态，且分子动力学平衡状态下构象也是在变化的，不是一直不变的

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-27 01:17
必须说清楚MD的模拟细节，否则此问题毫无意义

作者
Author: huhq 时间: 2023-3-27 10:05
多谢各位！

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