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标题: 识别对比不同计算级别下相应的振动模式 [打印本页]

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2016-6-24 15:30
标题: 识别对比不同计算级别下相应的振动模式
我做分子力学参数(amber)，衡量结果的标准是对比QM与MM计算所得频率并作差求和。即sum(abs(QMfreq-MMfreq))
显然，作差应该是对相同的振动模式而言。
但是用Gaussian做振动分析，最终结果会按照频率由低到高排序，因此QM与MM分别得到的振动模式顺序并不相同。

例如，下图是苯分子QM的前几个频率：
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以3和4为例，它们是degenerate的，对应苯环平面内的扭动。

而MM里，大概力常数不是那么好，求得的频率变高，这一振动模式跑到了5和6上去。
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即QM里的3-4对应MM的5-6。

即，QM和MM对振动模式的排序不同。
请问应该如何通过程序自动判断对应关系？（样本很多，无法人工一一观看振动动画核对）

现在的想法是通过对比这一段内容：
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考虑 min(sum(QMcoords-MMcoords)^2)，sum是对所有原子xyz的位移，不知道是否可行。

此外，Gaussian的输出里还有一段"Coord Atom Element"，不知道是什么意思，能否使用它做判据？

如果用不同的QM方法，是否也会出现这种振动模式排序不同的情况？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-24 16:07
不同QM方法，对于本身振动频率相差不大的模式，也可能顺序不同。

只能按照振动矢量来判断了。

Coord Atom Element里面coord表示X,Y,Z分量，Atom是原子序号，Element是元素序号，这判断不了什么。

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2016-6-24 17:31

sobereva 发表于 2016-6-24 16:07
不同QM方法，对于本身振动频率相差不大的模式，也可能顺序不同。

只能按照振动矢量来判断了。

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振动模式下面的5位小数即是振动矢量吧？
对每个振动模式，考虑其对应的3N维矢量，寻找另一方法的与其夹角最小的另一矢量，这样是否可行？感觉找最小夹角比找总最小分量差更合理一点。

作者
Author: KiritsuguPapa 时间: 2016-6-24 17:51

KiritsuguPapa 发表于 2016-6-24 17:31
振动模式下面的5位小数即是振动矢量吧？
对每个振动模式，考虑其对应的3N维矢量，寻找另一方法的与其 ...

试了一下，因为都是归一化的，cos夹角=两向量点乘接近1就可以了试验了一下得到0.996，works！
谢谢老师解答

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-24 18:11

KiritsuguPapa 发表于 2016-6-24 17:31
振动模式下面的5位小数即是振动矢量吧？
对每个振动模式，考虑其对应的3N维矢量，寻找另一方法的与其 ...

是，可行

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