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标题: NAMD计算问题 [打印本页]

作者
Author:
wenhuidou    时间: 2016-6-24 21:42
标题: NAMD计算问题
刚接触到这个软件,希望获得指导
1.如何计算蛋白质中每一个残基的有效电荷
2.如何得到某一蛋白质链的partial charge和bond order

作者
Author:
liu_tiao    时间: 2016-6-24 22:50
本帖最后由 liu_tiao 于 2016-6-24 22:51 编辑

题目稍微写具体一点,虽然你选择了分类,最好在内容中把你要用的软件也写出来。让大神一眼看出来你的问题。。。。

作者
Author:
sobereva    时间: 2016-6-24 23:05
残基当中原子电荷是力场直接给定的。不同蛋白质力场定义的残基的原子电荷也不同。
没听说过蛋白质链还有partial charge。如果你要得到一个片段的净电荷,你就把片段里包含的原子的原子电荷都加和即可。
用于蛋白质的力场里一般没有键级这个概念。而且一般键级是对两个原子之间成键而言的,没法对蛋白质链而言。

感觉你对很多基本概念还不清晰。
作者
Author:
ruanyang    时间: 2016-6-25 08:07
NAMD有非常丰富的教程,你提到的“蛋白质中每一个残基的有效电荷”这个是可以直接在力场中指定的(除了那些比较特殊的残基)。建议你把NAMD官网上的教程都看!http://www.ks.uiuc.edu/Training/Tutorials/ ,想用好NAMD必须先学好VMD  http://www.ks.uiuc.edu/Research/vmd/




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