计算化学公社
标题: 求助使用GAMESS对表面活性剂进行结构优化、电荷分布和分子结构的原子联合化 [打印本页]
作者Author: MELO 时间: 2023-3-28 15:03
标题: 求助使用GAMESS对表面活性剂进行结构优化、电荷分布和分子结构的原子联合化
在做表面活性剂的分子动力学模拟研究时，需要在ATB网站生成拓扑，在这之前需要用GAMESS对分子结构进行几何结构优化、电荷分布和分子结构的原子联合化的操作，处理生成的log文件。但是由于之前没有接触过GAMESS，且网上关于这方面的教程较少，所以希望这里的各位老师能够指点一二，谢谢！
附件为我的输入文件与输出文件，以及参考的文献截图：烷基苯磺酸盐型表面活性剂在油/水界面聚集行为的分子动力学模拟。
作者Author: Entropy.S.I 时间: 2023-3-28 19:38
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-3-28 19:40 编辑
2023年了，还在用联合原子力场？用联合原子力场和全原子力场相比也快不出1个数量级以上，在如今的计算条件下还有用的必要吗？
用sobtop制作全原子力场的拓扑文件直接模拟就行了，精度高得多，还方便。
正好我之前做了很多表面活性剂全原子MD模拟的工作，GAFF等广泛通用的力场并不能很好地描述某些结构较复杂的表面活性剂和非离子表面活性剂，甚至会得到定性错误的结果。如果要模拟这些表面活性剂，建议好好研究精度高的全原子力场，甚至自己拟合力场，不要太偷懒去抄一些现成的东西。当然，如果永远只模拟SDBS之类简单的离子型表面活性剂，你可以忽略最后这段话
作者Author: sobereva 时间: 2023-3-28 23:55
GAMESS-US如今已不算是主流量化程序。别说新人了，连内行人都普遍嫌GAMESS-US用起来复杂。别被一篇非主流文章的做法给带偏了。看下文弄清楚量子化学程序流行程度
2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
http://sobereva.com/599（http://bbs.keinsci.com/thread-23482-1-1.html）
如果没有特殊情况，一律优先用sobtop创建基于GAFF力场的拓扑文件，过程在主页http://sobereva.com/soft/Sobtop有详细描述。没有任何理由刻意用GROMOS之类的联合原子力场。
拓扑文件利用到的原子电荷通常用RESP2(0.5)，用下文的脚本结合Gaussian或ORCA量子化学程序去做，给你原子电荷的同时还把结构顺带优化了出来，简单至极，都用不着需要懂量化程序本身的使用
ORCA结合Multiwfn计算RESP、RESP2和1.2*CM5原子电荷的懒人脚本
http://sobereva.com/637（http://bbs.keinsci.com/thread-28178-1-1.html）
更多相关介绍看
RESP2原子电荷的思想以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/531（http://bbs.keinsci.com/thread-16190-1-1.html）
RESP拟合静电势电荷的原理以及在Multiwfn中的计算
http://sobereva.com/441（http://bbs.keinsci.com/thread-10880-1-1.html）
作者Author: MELO 时间: 2023-3-29 19:01
谢谢sob老师的指导
作者Author: xishaofan 时间: 2025-4-17 19:57
老师，对于表面活性剂AES，SDS，AEO这种含氧原子或者带负电的表面活性剂分子，在进行结构优化时在气相还是需要加溶剂？
作者Author: Entropy.S.I 时间: 2025-4-18 00:44
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2025-4-18 00:45 编辑
我加了SMD水（http://bbs.keinsci.com/thread-40359-1-1.html），不过一个弊端是容易出现优化难以收敛的情况
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