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标题: 怎么用Gaussian09进行两个小分子间对接 [打印本页]

作者
Author: yll1991 时间: 2016-6-25 15:38
标题: 怎么用Gaussian09进行两个小分子间对接
怎么用Gaussian09进行两个小分子间对接，请大神指点！

作者
Author: ruanyang 时间: 2016-6-25 16:35
高斯可以做分子对接？

作者
Author: quora 时间: 2016-6-25 16:46
小分子对接，具体是什么啊？Dock？

作者
Author: yll1991 时间: 2016-6-25 16:49
就是模拟两个分子之间的相互作用，高斯应该可以吧，我看文献上有人用高斯做了，但不知道如何操作

是辣椒碱和甲基丙烯酸、丙烯酰胺一类的

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-25 18:27
高斯没法做对接。
如果用高斯等量化程序研究分子间相互作用，往往需要找到最稳定的结合构型，简单情况自己手动摆摆就行，大一点的体系需要做构型搜索，看此文的做法
使用molclus程序做团簇构型搜索和分子构象搜索
http://bbs.keinsci.com/forum.php?mod=viewthread&tid=577

作者
Author: ruanyang 时间: 2016-6-25 22:00

yll1991 发表于 2016-6-25 16:49
就是模拟两个分子之间的相互作用，高斯应该可以吧，我看文献上有人用高斯做了，但不知道如何操作

是辣椒 ...

妹子你是第一个用自已的免冠照片做头像的！

作者
Author: yll1991 时间: 2016-7-14 14:25

sobereva 发表于 2016-6-25 18:27
高斯没法做对接。
如果用高斯等量化程序研究分子间相互作用，往往需要找到最稳定的结合构型，简单情况自己 ...

我看文献上是先画出两个分子，接着进行构象优化，计算局部电荷，看看是否能形成非共价键（主要是氢键），然后构建两分子的复合物，计算能量变化，通过能量变化来判断相互作用的强弱。大致是这个过程，可是我不知道怎么操作啊，特别是过程中的一些参数设置。希望大家能帮帮我，感激不尽！

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-14 21:41

yll1991 发表于 2016-7-14 14:25
我看文献上是先画出两个分子，接着进行构象优化，计算局部电荷，看看是否能形成非共价键（主要是氢键）， ...

不同体系适合的处理方式不同，不要盲目效仿文献。通常情况molclus那个帖子的过程是最佳途径，仔细阅读理解

作者
Author: yll1991 时间: 2016-7-15 10:14

sobereva 发表于 2016-7-14 21:41
不同体系适合的处理方式不同，不要盲目效仿文献。通常情况molclus那个帖子的过程是最佳途径，仔细阅读理 ...

好的，我再仔细看看，不懂的再请教您！

作者
Author: yll1991 时间: 2016-7-15 12:15

sobereva 发表于 2016-7-14 21:41
不同体系适合的处理方式不同，不要盲目效仿文献。通常情况molclus那个帖子的过程是最佳途径，仔细阅读理 ...

老师，因为我不是做这方面的，所以很多东西都不太懂，我看您发过来的涉及到的软件比较多，对于我来说，操作有点难度啊。我能不能把我看到的文献发给您看一下，要是您有时间的话帮忙看一下，不然我觉得我可能说不清楚。拜托了！

作者
Author: yll1991 时间: 2016-7-28 13:08
咋没有人支个招呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-28 13:54

yll1991 发表于 2016-7-28 13:08
咋没有人支个招呢？

仔细看我给你的帖子，都写得很详细了。没有人会义务给你细致入微地讲明白怎么操作，最有这样义务的人也是你的导师和组里的同学。搞研究就要自己探索，不然就成别人给你搞科研了。

作者
Author: yll1991 时间: 2016-8-3 10:24
哦，好吧，谢谢老师了，也麻烦大家了。我自己研究哈，谢老师指点！

作者
Author: E-Min 时间: 2019-10-8 09:12
你好请问你现在会用高斯做两个小分子之间的对接吗？最近在接触这一方面，想请教您这个问题

作者
Author: zjxitcc 时间: 2019-10-8 09:18

E-Min 发表于 2019-10-8 09:12
你好请问你现在会用高斯做两个小分子之间的对接吗？最近在接触这一方面，想请教您这个问题

上面都说了单凭高斯不能做对接

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