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标题: 求助：利用Amber和orca进行QM/MM模拟 [打印本页]

作者
Author: 阿志 时间: 2023-3-28 15:35
标题: 求助：利用Amber和orca进行QM/MM模拟

各位老师，我利用Amber和orca对蛋白质配体复合物进行QM/MM模拟，在开始的最小化出现了问题，没有报错，只是过了一天，它一步都没有动，我不知道是为啥，所以想问问看各位老师，有没有可能是我哪步做错了，图是我的输入文件，麻烦老师帮忙看看是否有问题。

我的Amber和orca安装应该是没有问题的，Amber我一直在用；orca的安装是按照卢老师的安装步骤来的，然后我在终端输入orca，它显示让我输入ORCA XX.INT，所以我觉得应该是安装好了。

作者
Author: casea 时间: 2023-3-29 08:23
1. qmmm区域选择的原子过多，你这应该是选择了1-251位残基，肯定算起来特别慢（如果计算资源充足，当我没说）。
2. 应该是num_threads把

作者
Author: 阿志 时间: 2023-3-29 09:29

casea 发表于 2023-3-29 08:23
1. qmmm区域选择的原子过多，你这应该是选择了1-251位残基，肯定算起来特别慢（如果计算资源充足，当我没说 ...

谢谢您的回复，主要是有点太慢了，所以怕自己弄错了。我去把参数改了

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