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标题: Amber parameter database中GDP/ADP参数获取异常 [打印本页]

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Author: byqyb 时间: 2023-3-28 22:45
标题: Amber parameter database中GDP/ADP参数获取异常
想请教一下使用amber进行MD过程中，GDP/ADP参数获取的问题：我从amber parameter database里下载了GDP的prep和frcmod文件，想要根据prep转成的mol2、或pdb文件修改我自己的GDP分子的原子名和原子顺序。但是prep生成的结构非常异常：
(, 下载次数 Times of downloads: 23) pdb结构 (, 下载次数 Times of downloads: 24) mol2结构

我同样也尝试了该数据库ATP/GTP,GDP的参数，发现ATP/GTP结构均正常可以使用，但ADP和GDP一样显示异常。
请问各位老师有什么解决方案吗？或者有其他的途径可以获取GDP、ADP的参数吗？

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Author: rpestana94 时间: 2023-3-29 00:28
This is weird because I just tried with ATP from the files from http://amber.manchester.ac.uk/ and it work and leap manage to create the parm7 and rst7 file for ATP, and looks fine.

I use:
antechamber -fi prepi -i atp.prep -fo mol2 -o atp.mol2 -at gaff -pf y

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Author: byqyb 时间: 2023-3-29 10:24

rpestana94 发表于 2023-3-29 00:28
This is weird because I just tried with ATP from the files from http://amber.manchester.ac.uk/ and i ...

我也是用的该命令，做ATP/GTP的确是正常的，但GDP/ADP异常

作者
Author: byqyb 时间: 2023-3-30 17:17
该问题已解决，引入frcmod进行结构导出，再对照修改自己的文件。命令如下：
source leaprc.protein.ff14SB
source leaprc.gaff
loadamberparams frcmod.phos
loadamberprep GDP.prep
GDP = sequence { gdp }
list
savepdb GDP GDP.pdb

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Author: 分子模拟冲冲冲 时间: 2024-10-18 15:19

byqyb 发表于 2023-3-30 17:17
该问题已解决，引入frcmod进行结构导出，再对照修改自己的文件。命令如下：
source leaprc.protein.ff14SB ...

您好！我的体系中需要处理ADP分子后进行蛋白-小分子复合物体系的MD，请问存为ADP.pdb文件后使用pymol查看结构如您上述GDP的突变一样不合理，该如何进行处理？

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