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标题: 模仿动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索，orca的启动失败了 [打印本页]

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-3-29 17:11
标题: 模仿动力学模拟对瑞德西韦(Remdesivir)做构象搜索，orca的启动失败了
本帖最后由奶啵啵于 2023-3-30 09:28 编辑

这个地方是不是代表 (, 下载次数 Times of downloads: 3) orca的启动失败了
检查了一下，关键词报错， grid4，请问sob老师是否可以直接删除

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-29 19:26
grid4是只有orca 4.2.1及以前版本才有的关键词，从orca 5.0.0开始不支持了，应该删去

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-3-29 22:44

wzkchem5 发表于 2023-3-29 19:26
grid4是只有orca 4.2.1及以前版本才有的关键词，从orca 5.0.0开始不支持了，应该删去

好的，我看了一些对应的帖子，发现这个关键词也是有用的，那我需要补别的词么

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-30 00:02

奶啵啵发表于 2023-3-29 15:44
好的，我看了一些对应的帖子，发现这个关键词也是有用的，那我需要补别的词么

不需要。
grid4的作用是加大格点，老版本的orca默认格点是grid2，很多时候不太够，因此加到grid4。新版本orca默认格点是defgrid2，比grid4还大。所以对于大部分情况而言，不需要添加关键词增加格点。如果遇到数值误差导致scf/结构优化不收敛、频率计算有假虚频，或者做一些对核附近格点比较敏感的谱学计算，那么可以用defgrid3增加格点

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-3-30 09:05

wzkchem5 发表于 2023-3-30 00:02
不需要。
grid4的作用是加大格点，老版本的orca默认格点是grid2，很多时候不太够，因此加到grid4。新版 ...

好滴好滴，谢谢了，嗯。。。。。。还有就是，我一个结构，一百多个原子，按照文中的级别做单点能，一个gaussian+orca就算了一天。6个难道6天？（24核，24gb)

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-3-30 09:15

奶啵啵发表于 2023-3-30 09:05
好滴好滴，谢谢了，嗯。。。。。。还有就是，我一个结构，一百多个原子，按照文中的级别做单点能，一个ga ...

补个问题，在molclus界面显示调动了orca，可是没有开始计算
orca的out文件是空的
orca经过测试是安装成功的

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Author: sobereva 时间: 2023-3-30 09:17
好好把此文看了
谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
http://sobereva.com/604（http://bbs.keinsci.com/thread-23917-1-1.html）

别以为写@sob能令我接收到提醒，居然连名字都不打全。别打什么“哈哈”，下次删帖+扣分处理

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-30 09:19

奶啵啵发表于 2023-3-30 09:15
补个问题，在molclus界面显示调动了orca，可是没有开始计算
orca的out文件是空的
orca经过测试是安装成 ...

molclus在干什么、运行什么命令，在屏幕上写得清清楚楚，没有隐藏任何细节。凭常识解决

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-3-30 09:28

sobereva 发表于 2023-3-30 09:17
好好把此文看了
谈谈ORCA 5.0的新特性和改变
http://sobereva.com/604（http://bbs.keinsci.com/thread-2 ...

已对帖子进行修改

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-3-30 09:30

sobereva 发表于 2023-3-30 09:19
molclus在干什么、运行什么命令，在屏幕上写得清清楚楚，没有隐藏任何细节。凭常识解决

molclus给的提示是event manager：no focus 无焦点

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-30 09:54

奶啵啵发表于 2023-3-30 09:30
molclus给的提示是event manager：no focus 无焦点

截图说明

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-3-30 10:07
本帖最后由奶啵啵于 2023-3-30 10:09 编辑

sobereva 发表于 2023-3-30 09:54
截图说明

不好意思老师，我刚才把终端给关了，是这样的情况 (, 下载次数 Times of downloads: 4) 。
第一个结构调用高斯成功且正常结束，当调用orca时，“orca” orcaSP.inp > orcaSP.out
event manager no focus tail -f orcaSP.out监控也什么都没有，并且不报错
就一直卡在这里，我觉得可能是内存设置问题，就把inp 文件单独启动orca跑，发现也可以正常跑

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-30 15:58

奶啵啵发表于 2023-3-30 02:05
好滴好滴，谢谢了，嗯。。。。。。还有就是，我一个结构，一百多个原子，按照文中的级别做单点能，一个ga ...

如果嫌慢就降低理论级别

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-1 05:17

奶啵啵发表于 2023-3-30 10:07
不好意思老师，我刚才把终端给关了，是这样的情况。
第一个结构调用高斯成功且正常结束，当调用orca时， ...

不要在奇怪的环境下运行

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-4-1 10:05

sobereva 发表于 2023-4-1 05:17
不要在奇怪的环境下运行

嗯。。。。这个环境是指？
我昨天嗯。。。。我挺笨的，我用molclus调用高斯优化，得出来的结果，再一个个的自己用orca算单点。
再用Sherom统计能量。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-2 04:43

奶啵啵发表于 2023-4-1 10:05
嗯。。。。这个环境是指？
我昨天嗯。。。。我挺笨的，我用molclus调用高斯优化，得出来的结果，再一个 ...

我不知道你用的是虚拟机还是什么远程连接到图形终端。
标准Linux运行环境下没有这种事

作者
Author: 奶啵啵 时间: 2023-4-2 08:46

sobereva 发表于 2023-4-2 04:43
我不知道你用的是虚拟机还是什么远程连接到图形终端。
标准Linux运行环境下没有这种事

好的，明白了了，谢谢

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