计算化学公社

标题: amber力场下对氨基酸残基末端封闭问题 [打印本页]

作者
Author: 小伟伟 时间: 2023-3-29 17:22
标题: amber力场下对氨基酸残基末端封闭问题
老师，我想在amber力场下对蛋白质链末端进行封端使之成为中性，但是pdb2gmx命令下的-ter选项不支持amber力场，应该怎么办呢？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-30 09:22
不用AMBER力场，要么在搞清楚pdb2gmx运行规则前提下自己改写力场相关文件（r2b、rtp）

作者
Author: 小伟伟 时间: 2023-3-30 16:35
如果不对末端封闭，直接用amber默认的规则，对模拟结果会不会有很大影响呢？我模拟的是一种激素与蛋白质的相互作用

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