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标题: 请问一下大家grompp过程中出现 Unknown bond_atomtype CG2O2该怎么办 [打印本页]

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Author: Cruise 时间: 2023-3-29 20:34
标题: 请问一下大家grompp过程中出现 Unknown bond_atomtype CG2O2该怎么办
问题报错如下：跑蛋白质与配体结合，grompp过程出现Unknown bond_atomtype CG2O2。转而试过多个力场（GROMOS96 54a7；AMBER03；AMBER03）皆出现该问题。看评论说要添加力场文件中ffbonded/ffnonbonded的定义，但不知道如何添加（菜鸟刚入门，巨佬们见谅）。
ERROR 1 [file cpt.prm, line 4]:
Unknown bond_atomtype CG2O2

There was 1 note

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Program: gmx grompp, version 2020.3-MODIFIED
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\toppush.cpp (line 762)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-30 00:06
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了，以后注意

作者
Author: Cruise 时间: 2023-3-30 08:46

sobereva 发表于 2023-3-30 00:06
不要自己在标题里手写[求助]这种标签，http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的sob老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-3-30 09:35
你说的那几个力场根本就不涉及cpt.prm文件，也根本没有CG2O2原子类型，因此根本就不会有这种报错。有这种报错显然拓扑文件完全不对，和你描述的也根本不符
如果缺乏常识连正确描述当前的实际计算设置都做不到的话，直接上传拓扑文件让别人给你看

作者
Author: Cruise 时间: 2023-3-30 10:49
老师您好，耽误您时间了。top文件大小超过限制已首尾截图上传，cpt.prm为配体文件的附加参数（是根据Justin教程5相关步骤)。
今天试用sobtop生成小分子itp和gro，但是不知道如何生成配体参数文件，而未添加进topol文件导致atom type 未找到。若问题过于幼稚， (, 下载次数 Times of downloads: 14) (, 下载次数 Times of downloads: 11) 请见谅

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