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标题: 请问一下大家grompp过程中出现 Unknown bond_atomtype CG2O2该怎么办 [打印本页]

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Cruise    时间: 2023-3-29 20:34
标题: 请问一下大家grompp过程中出现 Unknown bond_atomtype CG2O2该怎么办
问题报错如下:跑蛋白质与配体结合,grompp过程出现Unknown bond_atomtype CG2O2。转而试过多个力场(GROMOS96 54a7;AMBER03;AMBER03)皆出现该问题。看评论说要添加力场文件中ffbonded/ffnonbonded的定义,但不知道如何添加(菜鸟刚入门,巨佬们见谅)。
ERROR 1 [file cpt.prm, line 4]:
  Unknown bond_atomtype CG2O2



There was 1 note

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Program:     gmx grompp, version 2020.3-MODIFIED
Source file: src\gromacs\gmxpreprocess\toppush.cpp (line 762)

Fatal error:
There was 1 error in input file(s)


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sobereva    时间: 2023-3-30 00:06
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你改了,以后注意
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Cruise    时间: 2023-3-30 08:46
sobereva 发表于 2023-3-30 00:06
不要自己在标题里手写[求助]这种标签,http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html里明确说了。这次给你 ...

好的sob老师
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sobereva    时间: 2023-3-30 09:35
你说的那几个力场根本就不涉及cpt.prm文件,也根本没有CG2O2原子类型,因此根本就不会有这种报错。有这种报错显然拓扑文件完全不对,和你描述的也根本不符
如果缺乏常识连正确描述当前的实际计算设置都做不到的话,直接上传拓扑文件让别人给你看

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Cruise    时间: 2023-3-30 10:49
老师您好,耽误您时间了。top文件大小超过限制已首尾截图上传,cpt.prm为配体文件的附加参数(是根据Justin教程5相关步骤)。
今天试用sobtop生成小分子itp和gro,但是不知道如何生成配体参数文件,而未添加进topol文件 导致atom type 未找到。若问题过于幼稚, (, 下载次数 Times of downloads: 14) (, 下载次数 Times of downloads: 11) 请见谅




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