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标题: 求助，想用packmol构建冰水混合物，如何添加四点水模型？ [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-3-30 11:25
标题: 求助，想用packmol构建冰水混合物，如何添加四点水模型？
各位大佬，想请问一下，我在用packmol构建冰水混合物时，如何添加四点水模型。我先用genice构建了tip4p冰的pdb，然后不知道如何向盒子中添加四点水模型，如果先用packmol构建不带水的冰盒子再用gromacs solvate就会将整个盒子填满，没有真空区。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-3-30 13:03
把冰pdb文件打开，CRYSTL那一行写了盒子尺寸，把数值改大盒子尺寸就扩大了。然后用packmol往真空区里加水就好

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-3-30 16:34

Lacrimosa 发表于 2023-3-30 13:03
把冰pdb文件打开，CRYSTL那一行写了盒子尺寸，把数值改大盒子尺寸就扩大了。然后用packmol往真空区里加水就 ...

大佬，有个问题，把冰pdb的盒子变大，怎么用packmol加水，我没看到packmol有类似gmx solvate的功能

作者
Author: shadowcrystal 时间: 2023-3-30 18:04
如果你要真空区，添加水之后，再用gromacs editcof 改变盒子尺寸就可以了？

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-3-30 18:42

shadowcrystal 发表于 2023-3-30 18:04
如果你要真空区，添加水之后，再用gromacs editcof 改变盒子尺寸就可以了？

大佬，我主要想用packmol构建一个冰水混合溶液（水中有溶质），但是我想加入四点水模型的冰和水，冰已经用genice构建了，四点水模型的水分子不知道怎么加入。
不知道可不可以先用packmol构建冰区和溶质区，然后将pdb转为gro，再用gmx solvate填充tip4p的水分子？

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-3-30 19:24

非好汉发表于 2023-3-30 16:34
大佬，有个问题，把冰pdb的盒子变大，怎么用packmol加水，我没看到packmol有类似gmx solvate的功能

如果你不会用packmol，也可以用gmx solvate，填充完以后用VMD把加到冰里面的水分子删掉就好了

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-3-30 23:20

Lacrimosa 发表于 2023-3-30 19:24
如果你不会用packmol，也可以用gmx solvate，填充完以后用VMD把加到冰里面的水分子删掉就好了

大佬，packmol构建盒子时的水分子，我只知道用water.pdb，这是用高斯或者ms构建的三点水模型，但是我想加的是四点水模型，我不知道从哪加这个四点水分子模型，找了一圈没找到packmol有自带的类似gmx solvate这样的工具可以加四点水，所以想问大佬，怎么在packmol构建盒子时去加这个四点水的水分子？

作者
Author: 牧生 时间: 2023-3-31 09:05
https://link.springer.com/article/10.1007/s10553-022-01398-0

你看一下这篇文献最后给出的支撑文件，是个压缩包，里面有所有的输入文件。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-3-31 16:11

非好汉发表于 2023-3-30 23:20
大佬，packmol构建盒子时的水分子，我只知道用water.pdb，这是用高斯或者ms构建的三点水模型，但是我想加 ...

你把water.pdb替换成tip4p.pdb不就好了，在gmx安装路径下有tip4p.gro, 转换成pdb用啊

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-3-31 21:34

Lacrimosa 发表于 2023-3-31 16:11
你把water.pdb替换成tip4p.pdb不就好了，在gmx安装路径下有tip4p.gro, 转换成pdb用啊

大佬，试过了，没有成功，tip4p.gro是个有很多分子的文件，然后去尝试只留里面的1SOL，然后用openbabel转化，转化不出来；也尝试用把water.pdb先转化为gro，然后用https://zhuanlan.zhihu.com/p/75785937里的cat water.gro |awk '{print $0;if($2=="OW"){a=$1;b=$3;c=$4;d=$5;e=$6;}if($2=="HW2")printf("%8s MW %4d%8.3f%8.3f%8.3f\n",a,b,c,d,e)}' > water4.gro，也转化不出来，可能不能直接用这个命令。现在还在思考，还请大佬再指教我一下。

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-3-31 21:52

牧生发表于 2023-3-31 09:05
https://link.springer.com/article/10.1007/s10553-022-01398-0

你看一下这篇文献最后给出的支撑文件， ...

大佬，我这找不到这篇文献的支持信息，去科研通求助还被说官网不存在支持信息。

作者
Author: 牧生 时间: 2023-4-1 06:32
本帖最后由牧生于 2023-4-1 06:54 编辑

非好汉发表于 2023-3-31 21:34
大佬，试过了，没有成功，tip4p.gro是个有很多分子的文件，然后去尝试只留里面的1SOL，然后用openbabel转 ...

https://doi.org/10.5281/zenodo.6558623

知乎那个教程是对的。那个命令只能在linux使用，且总原子数不超过1万。如果想在win下使用，装个cmder使用。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-4-1 11:05

非好汉发表于 2023-3-31 21:34
大佬，试过了，没有成功，tip4p.gro是个有很多分子的文件，然后去尝试只留里面的1SOL，然后用openbabel转 ...

gmx editconf不就可以吗？？？建议你先把tip4p.gro转成pdb再删除其他原子

作者
Author: shadowcrystal 时间: 2023-4-2 15:15
本帖最后由 shadowcrystal 于 2023-4-2 15:16 编辑

非好汉发表于 2023-3-30 18:42
大佬，我主要想用packmol构建一个冰水混合溶液（水中有溶质），但是我想加入四点水模型的冰和水，冰已经 ...

我是这样做的：gmx solvate -cp ice.gro -cs tip4p -radius 0.2 -p topol.top -o ice_water.gro
如果需要四点水的top文件，我放附件里了

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-4-3 17:34
谢谢各位大佬的指导，最终使用gromacs文件夹下的tip4p.gro（删的只剩一个SOL（即四个原子））成功了，然后使用packmol构建的模型

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-23 12:57
楼主，看到你上面的问题，与我现在遇到的问题很相似，想请教一下您我的问题。我想构建0.9%nacl溶液的冰水混合物。目前我的想法是建立一个4.4nm的立方体，立方体的中间层为冰，上下两层为水（水中包含钠离子或氯离子）。因为牵扯到冰，想用TIP4P/ICE模型。看到其它的帖子要用packmol构建自己的模型。目前已有na.pdb，cl.pdb。但是TIP4P/ICE.pdb我一直没找到，看您是通过genice构建了tip4p冰的pdb，通过删除tip4p.gro得到tip4p水的pdb（不知道我理解的对不对）。如果是要水的pdb是只剩图红框中内容并另存为.pdb格式吗？（packmol的输入文件）

(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-11-23 18:27

Anbling 发表于 2023-11-23 12:57
楼主，看到你上面的问题，与我现在遇到的问题很相似，想请教一下您我的问题。我想构建0.9%nacl溶液的冰水混 ...

我是用tip4p.gro先删除多余分子单个四点水的gro，然后通过openbabel转化成pdb文件，最后删除盒子信息。也可以先转成pdb再删；或者用gmx solvate -cs tip4p.gro -maxsol 1 -box 1 1 1 -o box.gro填充单个分子再处理，抠出单个分子。

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 11:14

非好汉发表于 2023-11-23 18:27
我是用tip4p.gro先删除多余分子单个四点水的gro，然后通过openbabel转化成pdb文件，最后删除盒子信息。也 ...

感谢您的回复！您给了两种方案，我先尝试了一下第二种。因为回复我不会插入图片所以又在下方发了个帖子。

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 11:14
通过gmx solvate -cs tip4p.gro -maxsol 1 -box 1 1 1 -o box.gro我得到了下图内容，（1）之后是要删除1、2、7行得到单个分子吗？（2）删除后也只是.gro文件，是也要用openbabel转换为pdb文件吗？还请大佬再帮下忙。
(, 下载次数 Times of downloads: 7)

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 12:27
楼主您好，对于您回复我的两种方式，我都进行了尝试，想让您再帮忙看一下。
（1）用tip4p.gro先删除多余分子单个四点水的gro，然后通过openbabel转化成pdb文件，最后删除盒子信息。
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
（2）用gmx solvate -cs tip4p.gro -maxsol 1 -box 1 1 1 -o box.gro填充单个分子再处理，抠出单个分子。
(, 下载次数 Times of downloads: 7)
由于第一次回复，有些着急，前面重复的问题还请您谅解，希望您在有空时可以再帮我解答一下疑惑。感谢！

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-11-24 13:08

Anbling 发表于 2023-11-24 12:27
楼主您好，对于您回复我的两种方式，我都进行了尝试，想让您再帮忙看一下。
（1）用tip4p.gro先删除多余分 ...

我觉得第一种方式的pdb就可以了，第二种方式你把cryst1这行删了就可以了，在网上可以看一下pdb文件的格式。把单个水分子在可视化软件中打开看看，比如vesta。其次就是水分子的拓扑文件引用对就行，在这里应该是tip4p/ice.itp。在我看来，pdb文件就是提供原子坐标，itp文件提供键长键角等。

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-24 16:33
楼主您好。
第一种方式的pdb通过VMD得到下图。（1）我有点疑惑这个O原子为何像裂开了一样，是这个模型的水分子就是这样吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 6)
（2）还有个问题是，TIP4P冰的pdb您说是通过genice得到的，请问有什么教程指路吗，通过“genice使用”关键词在论坛或百度都没有搜到相关信息。
（3）最后，感谢楼主提醒tip4p/ice.itp文件！

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-11-27 10:33

Anbling 发表于 2023-11-24 16:33
楼主您好。
第一种方式的pdb通过VMD得到下图。（1）我有点疑惑这个O原子为何像裂开了一样，是这个模型的水 ...

1.这个图片，看起来确实有点怪，但是我用vesta看起来没有问题，不知道会不会是vmd的自动识别成键，这个问题我不能解释清楚，你需要问下大佬们
2.genice需要在linux系统里安装（windows里我没有安装成功），网页搜索genice（genice2）是可以搜出来的

作者
Author: 牧生 时间: 2023-11-27 12:44
本帖最后由牧生于 2023-11-27 13:15 编辑

非好汉发表于 2023-11-27 10:33
1.这个图片，看起来确实有点怪，但是我用vesta看起来没有问题，不知道会不会是vmd的自动识别成键，这个问 ...

哪里奇怪啊，四点水模型不就是这样的？？虚拟点和氧原子有部分重合，看起来就是这样的啊

genice可以在win下安装，不过要用conda。不仅麻烦，还有可能报错。。

在原生linux下，或者WSL，pip install genice即可安装好

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-29 15:12

非好汉发表于 2023-11-27 10:33
1.这个图片，看起来确实有点怪，但是我用vesta看起来没有问题，不知道会不会是vmd的自动识别成键，这个问 ...

谢谢您的详细解答。我在win下安装成功了，或许是下面大佬说的安装了conda的原因~

作者
Author: Anbling 时间: 2023-11-29 15:14

牧生发表于 2023-11-27 12:44
哪里奇怪啊，四点水模型不就是这样的？？虚拟点和氧原子有部分重合，看起来就是这样的啊

谢谢您的帮助！已在win下安装成功genice。

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