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标题: 如何简化编写输入文件data [打印本页]
作者
Author: zaqxs234    时间: 2023-3-30 15:08
标题: 如何简化编写输入文件data
本帖最后由 zaqxs234 于 2023-3-30 15:19 编辑

我在使用Gromacs时了解到，gromacs可以对每个分子生成itp文件，最后在top文件中逐一include，后面在【Molecules】中添加对应分子的数量，如此操作极大降低力场分配的识别原子类型的工作量。
  1. ; Created by Sobtop (http://sobereva.com/soft/sobtop) Version 1.0(dev2) on 2022-03-14
  2. [ defaults ]
  3. ; nbfunc        comb-rule       gen-pairs       fudgeLJ    fudgeQQ
  4.      1              2              yes            0.5       0.8333
  5. #include "Neoprene_40.itp"
  6. [ system ]
  7. Neoprene_40
  8. [ molecules ]
  9. ; Molecule      nmols
  10. Neoprene_40     1
复制代码

最近在使用LAMMPS，编写Data文件的时候思考，Lammps能不能也实现Gromacs的这种高效方法
否则对于聚合物大分子需要逐一识别原子类型以及逐一把每个键、角、二面角等参数再写一遍，实在是太过暴力且低效了！希望诸位有使用LAMMPS经验的老师、同学指导一下小弟
  1. # CH4 molecule.
  2. 5 atoms
  3. 4 bonds
  4. 6 angles
  5. Coords
  6. 1 -2.713754568     0.341746078     0.000420878
  7. 2 -3.095133952    -0.696266757     0.277336151
  8. 3 -3.093758964     0.621879479    -1.037232238
  9. 4 -3.092376235     1.101254757     0.761601155  
  10. 5 -1.573754499     0.340115085    -0.000022375   
  11. Types
  12. 1        1
  13. 2        2
  14. 3        2
  15. 4        2
  16. 5        2   
  17. Charges
  18. 1       -0.4
  19. 2        0.1
  20. 3        0.1
  21. 4         0.1
  22. 5         0.1
  23. Bonds
  24. 1   1      1      2
  25. 2   1      1      3
  26. 3   1      1      4
  27. 4   1      1      5
  28. Angles
  29. 1   1      2      1      3
  30. 2   1      2      1      4
  31. 3   1      2      1      5
  32. 4   1      3      1      4
  33. 5   1      3      1      5
  34. 6   1      4      1      5
复制代码




作者
Author: sobereva    时间: 2023-4-1 10:30
我不用lammps，但gromacs构建完拓扑文件后可以用https://github.com/shirtsgroup/InterMol转成lammps的



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