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标题: 我生成的纤维素top文件中，一些原子的电荷为0，我想知道这是否会对模拟造成影响？ [打印本页]

作者
Author: huashang 时间: 2023-3-30 18:40
标题: 我生成的纤维素top文件中，一些原子的电荷为0，我想知道这是否会对模拟造成影响？
本帖最后由 huashang 于 2023-3-30 18:40 编辑

我使用ambertools中的tleap模块，生成了基于glycam力场的纤维素top文件，然后使用acpype脚本将其转化为gromacs所能够使用的形式。但是，我发现转化得到的top文件中一些原子的电荷为零。我的问题是：1.我是否可以直接用这个top文件进行动力学模拟？
2.我是否需要重新为其计算电荷？
希望各位老师可以为我解答。

作者
Author: Lacrimosa 时间: 2023-3-30 19:32
1.可以用，如果不放心，你可以找出glycam力场的电荷确认一下那些氢的电荷。
2.这个可能取决于当前电荷对纤维素性质的重现性好不好

作者
Author: huashang 时间: 2023-4-4 20:30

Lacrimosa 发表于 2023-3-30 19:32
1.可以用，如果不放心，你可以找出glycam力场的电荷确认一下那些氢的电荷。
2.这个可能取决于当前电荷对纤 ...

感谢，去确认了一下glcam的电荷，没有问题。

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