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标题: 请问老师Amber建立溶剂盒子后怎么看溶剂盒子的长宽是多少埃呀？ [打印本页]

作者
Author: jiahui 时间: 2023-3-30 19:51
标题: 请问老师Amber建立溶剂盒子后怎么看溶剂盒子的长宽是多少埃呀？
请问老师Amber建立溶剂盒子后怎么看溶剂盒子的长宽是多少埃呀？或者有没有能看到溶剂盒子长宽的软件？

.tleap 文件如下
#tleap
source leaprc.ff14SB
source leaprc.gaff
CY=loadmol2 a.mol2
loadamberparams frcmod.ionsjc_tip3p
loadamberparams a.frcmod
solvatebox CY TIP3PFBOX 15.0
charge CY
addions CY Cl- 1
check CY
savepdb CY a.pdb
saveamberparm CY a.prmtop a.inpcrd
quit

溶剂盒子如下：
(, 下载次数 Times of downloads: 6)

作者
Author: rpestana94 时间: 2023-3-30 23:07
In vmd if you load a.prmtop and a.inpcrd, you can write in the console where you open vmd: pbc box, and it will show you the edges

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-1 09:49
显示盒子按2L说的。获得盒子参数，载入VMD，输入molinfo top get {a b c alpha beta gamma}

作者
Author: jiahui 时间: 2023-4-4 11:22
问题已解决，谢谢老师们

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