计算化学公社

标题: 想询问一下，关于模拟复合物体系分子构建的方法 [打印本页]

作者
Author: wad 时间: 2023-3-31 00:50
标题: 想询问一下，关于模拟复合物体系分子构建的方法
各位大佬、社长好。
我目前有两个小分子的结构，我想要跑它们连接起来的复合物的结构。想问问用什么方式比较好？
我目前的想法是用gaussview将它们连接起来，然后优化构型，生成top文件，最后用amber力场跑。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-1 09:38
如果是共价键相连，恰当修改单体分子结构，在gview里摆好相对位置，然后做结构优化。之后sobtop产生拓扑文件，结合Multiwfn算的RESP或RESP2(0.5)原子电荷。分清楚AMBER和GAFF力场的关系，没有任何理由用AMBER

作者
Author: wad 时间: 2023-4-1 14:52

sobereva 发表于 2023-4-1 09:38
如果是共价键相连，恰当修改单体分子结构，在gview里摆好相对位置，然后做结构优化。之后sobtop产生拓扑文 ...

谢谢sob老师！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)