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标题: 求助；硼酸分子拓扑文件的相关问题 [打印本页]

作者
Author: tym1999 时间: 2023-3-31 15:16
标题: 求助；硼酸分子拓扑文件的相关问题
本帖最后由 tym1999 于 2023-3-31 15:16 编辑

采用sobtop工具中参数完全基于GAFF并结合Multiwfn的RESP电荷的标准生成方法产生了B(OH)3的结构和拓扑文件，然后试着跑了下B(OH)3分子的动力学模拟，发现不能正常完成，检查B(OH)3的拓扑文件
1.发现拓扑文件中的[ dihedrals ]部分存在些问题(图片中红色框住部分），是不是表明此处获得的B(OH)3拓扑文件不能用于动力学模拟？
2.如果B(OH)3拓扑文件存在问题，怎样获得B(OH)3拓扑文件缺失的参数或者还有其他方法获得完整的B(OH)3的拓扑文件吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-1 09:05
做势能面扫描，拟合成周期势，把参数补进bonded_param.dat后再产生拓扑文件

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