计算化学公社

标题: 为什么把金属团簇模型放到水分子球中跑omd，最后团簇都缩在一起 [打印本页]

作者
Author: TaylorS 时间: 2023-3-31 16:30
标题: 为什么把金属团簇模型放到水分子球中跑omd，最后团簇都缩在一起
第一张是跑之前的模型，第二张是跑完之后水分子球内部的团簇都缩在一起。

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-3-31 19:26
是不是这个金属团簇本来就对水不稳定，或者你没有用氢饱和金属团簇的边界

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-1 09:08
认真把体系和计算设置交代清楚
别人连你算的体系里有什么元素都不知道，图片里连体系结构都看不清楚

作者
Author: TaylorS 时间: 2023-4-3 08:52

sobereva 发表于 2023-4-1 09:08
认真把体系和计算设置交代清楚
别人连你算的体系里有什么元素都不知道，图片里连体系结构都看不清楚

好的sob老师。团簇是α-FeOOH。
temp = 298.15
time = 50
dump = 100.0
step = 1.0
velo = false
nvt = true
hmass = 1
shake = 0
sccacc = 2.0
这是in文件的参数设置，已经尝试过将shake改为0、1、2但都无济于事。 (, 下载次数 Times of downloads: 15) (, 下载次数 Times of downloads: 11) 图中白色为H，红色为O，粉色为Fe。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-4 05:29

TaylorS 发表于 2023-4-3 08:52
好的sob老师。团簇是α-FeOOH。
temp = 298.15
time = 50

说明用的xtb里具体什么理论方法
只做几何优化看是否能维持住基本形态

作者
Author: TaylorS 时间: 2023-4-4 15:38

sobereva 发表于 2023-4-4 05:29
说明用的xtb里具体什么理论方法
只做几何优化看是否能维持住基本形态

用的gfn-xtb。也尝试着不加水分子球，只对团簇做几何优化，团簇最后能够维持住基本的形态。将优化完的团簇加水分子球再去跑动力学，out文件显示md不稳定跑不出结果。 (, 下载次数 Times of downloads: 15)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-5 06:48

TaylorS 发表于 2023-4-4 15:38
用的gfn-xtb。也尝试着不加水分子球，只对团簇做几何优化，团簇最后能够维持住基本的形态。将优化完的团 ...

一点点变化任务和结构，不要一次变多个条件
显然现在先应该试的是在真空下跑团簇的动力学，没问题之后再说水球的事

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