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标题: 求助。Amber tleap加载CHARMM-GUI建立的pdb磷脂双层膜复合物氢原子无法识别报错 [打印本页]

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Author: Jmiyu 时间: 2023-3-31 19:37
标题: 求助。Amber tleap加载CHARMM-GUI建立的pdb磷脂双层膜复合物氢原子无法识别报错
本帖最后由 Jmiyu 于 2023-4-2 12:00 编辑

使用CHARMM-GUI 建立POPC膜pdb（含配体）复合物后，想要加载到Amber20 tleap里面生成拓扑和坐标文件结果出现下图样加载报错信息，初始蛋白是没问题，且经charmmgui建模后的step5_assembly.pdb用charmmlipid2amber.py处理过。目前尝试过：
1.pdb4amber去掉H---报错未顺利进行（TypeError: %c requires int or char）
2.直接使用charmmgui生成的README文件及其配套的拓扑和in文件在pmemd运行---中途中断
3.直接加载protein.pdb或用charmmgui里面准备的step1_pdbreader.pdb加载到membrane builder模块都尝试过---报错信息相同

难道是哪一步力场参数加载错误？新手小白求解答非常感谢！

$ charmmlipid2amber.py -i step5_assembly.pdb -c charmmlipid2amber.csv -o fix.pdb

$tleap
>source leaprc.lipid17
>source leaprc.protein.ff19SB
>source leaprc.water.tip3p
>com = loadpdb fix.pdb

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作者
Author: SiqiLee 时间: 2023-4-19 14:30
看你的截图，pdb原子类型后面不应该有数字，所以识别不了

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Author: Jmiyu 时间: 2023-4-19 16:19

SiqiLee 发表于 2023-4-19 14:30
看你的截图，pdb原子类型后面不应该有数字，所以识别不了

好的谢谢回复我注意一下确实是pdb文件里格式细节出了问题。我按照amber论坛里面相关问题修改了18列之间的空格有点效果了。

作者
Author: MrMr浩 时间: 2024-1-26 19:53
老哥，我想请教一下，从charmm-gui中获得装配好的pdb，在leap里怎么设置盒子信息呢，是在读取复合物之后，直接 set complex box { xxx, xxx, xxx }吗

作者
Author: boinboinxu 时间: 2024-3-5 10:44

MrMr浩发表于 2024-1-26 19:53
老哥，我想请教一下，从charmm-gui中获得装配好的pdb，在leap里怎么设置盒子信息呢，是在读取复合物之后， ...

需要使用VMD查看盒子大小再设置的

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