计算化学公社

标题: piaton的使用问题 [打印本页]

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-6-27 17:18
标题: piaton的使用问题
各位老师，我想用platon计算一下ππ堆积的弱相互作用等，第一次接触这个软件，看教程初步要导入cif文件，我想问一下这个文件是怎样形成的，是通过其他软件跑出来的吗？sob老师写的Multiwfn这个软件可以计算质心之间的距离，但我还不清楚是否可以计算ππ堆积的弱相互作用和二面角等，谢谢老师的指点

作者
Author: sobereva 时间: 2016-6-28 01:11
没听说过这个程序。
cif文件一般都是做X光衍射实验测到的，估计你这个程序是直接分析实际晶体结构里的pi-pi堆积
Multwifn分析pi-pi堆积强烈建议用RDG方法，看
使用Multiwfn图形化研究弱相互作用
http://sobereva.com/68
Multiwfn支持的弱相互作用的分析方法概览
http://sobereva.com/252

我不清楚你说的二面角具体是指什么，如果是芳香环平面的夹角，可参考
计算两个平面夹角的小程序
http://sobereva.com/302

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-6-28 08:25

sobereva 发表于 2016-6-28 01:11
没听说过这个程序。
cif文件一般都是做X光衍射实验测到的，估计你这个程序是直接分析实际晶体结构里的pi-p ...

谢谢sob老师，cif正是老师说的用X射线扫描得到的，应该是质谱分析，这个软件有专门算pi-pixi相互作用的模块，这几天看文章，研究弱相互作用还是用老师的Multiwfn比较多，我想两种方法都尝试一下

作者
Author: 三石草祭 时间: 2016-6-30 21:38

sobereva 发表于 2016-6-28 01:11
没听说过这个程序。
cif文件一般都是做X光衍射实验测到的，估计你这个程序是直接分析实际晶体结构里的pi-p ...

老师，我想问一下，pi-pi二聚体之间的距离是指质心距离还是几何中心的距离，我用Multiwfn计算了二者的质心距离和实验差距挺大

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-1 01:11

三石草祭发表于 2016-6-30 21:38
老师，我想问一下，pi-pi二聚体之间的距离是指质心距离还是几何中心的距离，我用Multiwfn计算了二者的质 ...

那你看实验测的是什么了，质心距离和几何中心距离都可以算，也都可以用。

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