计算化学公社

标题: Ubuntu下G16安装遇到问题 [打印本页]

作者
Author: JohnZhang 时间: 2023-4-3 11:58
标题: Ubuntu下G16安装遇到问题
在ubuntu下安装g16遇到一下问题，看了论坛里的常见报错帖子，但是不知道该怎么归类这个错误，请大家帮我看看，非常感谢！

log文件：
Entering Gaussian System, Link 0=g16
Input=1H.gjf
Output=1H.log
No executable for file l1.exe.

Search path GAUSS_EXEDIR is "/root/g16/bsd:/root/g16"

终端：

root@lzflab-X11DPi-N-T:~# g16 1H.gjf &
[1] 14982
root@lzflab-X11DPi-N-T:~#  Unable to open input file "1H.gjf" or "1H.gjf".
Error: segmentation violation
rax 0000000000000000, rbx 0000000000000006, rcx 0000145b4fc053db
rdx 0000000000000000, rsp 00007ffc2c3e7618, rbp 00007ffc2c3eeb50
rsi 000000000000000b, rdi 0000000000003a86, r8  0000000000000000
r9  0000000000000000, r10 fffffffffffff509, r11 0000000000000206
r12 ffffffffffffffff, r13 00007ffc2c3eec60, r14 0000000000000000
r15 0000000000000000
  /lib/x86_64-linux-gnu/libpthread.so.0(+0x14420) [0x145b4ff17420]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(kill+0xb) [0x145b4fc053db]
  g16() [0x4067e0]
  g16() [0x4049ad]
  g16() [0x40455b]
  /lib/x86_64-linux-gnu/libc.so.6(__libc_start_main+0xf3) [0x145b4fbe6083]
  g16(sched_setaffinity+0xb9) [0x404469]
cd /home/lzflab/data

bashrc文件：

export g16root=/home/lzflab
export GAUSS_SCRDIR=/home/lzflab/g16/scratch
source /home/lzflab/g16/bsd/g16.profile

作者
Author: 冰释之川 时间: 2023-4-3 12:55
环境变量没设好：
(, 下载次数 Times of downloads: 14)

作者
Author: JohnZhang 时间: 2023-4-3 14:32

冰释之川发表于 2023-4-3 12:55
环境变量没设好：

非常感谢，我对照了好几遍，但是没找到哪里有问题

export g16root=/home/lzflab
export GAUSS_SCRDIR=/home/lzflab/g16/scratch
source /home/lzflab/g16/bsd/g16.profile

作者
Author: mfdsrax2 时间: 2023-4-3 14:53
Search path GAUSS_EXEDIR is "/root/g16/bsd:/root/g16"

你写的路径根本就没有读进去，看一下
export g16root=/home/lzflab
有没有写错，.bashrc文件有没有执行

最后再看一下g16.profile有没有被人改过

作者
Author: 啊不错的飞过海 时间: 2023-4-3 19:30
可能是.bashrc文件没source?重新开一个shell或者重启一下试试，Ubuntu默认用的应该是bash shell；也不排除用的是国产麒麟桌面之类默认不用bash终端的桌面环境，重启没用的话运行"echo $shell"看看输出是不是/bin/bash

作者
Author: JohnZhang 时间: 2023-4-3 20:49
谢谢三位老师的解答！我找了别组的师兄师姐，已经解决了！

作者
Author: paramecium86 时间: 2023-4-3 22:05
提示Uable to open input file, 可能是输入文件找不到，文件名错没放对位置或者怎么样的

作者
Author: Justinwu 时间: 2023-9-25 19:46

JohnZhang 发表于 2023-4-3 20:49
谢谢三位老师的解答！我找了别组的师兄师姐，已经解决了！

请问问题出在哪里了，能告知一下吗？

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)