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标题: 求助：amber的nc轨迹文件、prmtop、inpcrd文件怎么转化成gromacs的xtc、top、gro文 [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-4-3 21:40
标题: 求助：amber的nc轨迹文件、prmtop、inpcrd文件怎么转化成gromacs的xtc、top、gro文
你好!

我想用amber的GAMD方法模拟一个膜蛋白和小分子的体系，本人完全是初学者，对amber软件还不太熟悉。所以想用amber跑模拟，之后用gromacs的模块分析。

请问有什么方法可以将的amber模拟生成的nc轨迹文件转化成gromacs的xtc文件以方便后续分析？

另外，amber手册中说的这个Python脚本amb2gro_top_gro.py可以把amber的prmtop、inpcrd文件转化成gromacs的top和gro文件，但是手册中没有列出这个脚本，请问哪里可以找到这个脚本？

非常感谢解答！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-4 06:16
凡是手册里没有明确说在哪里获取的工具，都去Amber安装目录下自己搜

另外ParmED、acpype也可以转格式

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-4-4 09:39
好，多谢卢老师答复！

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