计算化学公社

标题: 关于gromacs模拟随机性问题 [打印本页]

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2023-4-5 11:21
标题: 关于gromacs模拟随机性问题
大家好，我一直理解不了为什么gromacs的模拟结果随机性很强，如果完全按照牛顿方程来算的话，应该是可以有精确值的，随机性强的原因是否因为①初速度的大小和方向是随机的？②恒温器和恒压器的影响?

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-5 14:01
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

不是GROMACS随机性强，而是动力学本来就有混沌效应，随机因素极其容易被放大。上文专门说了

作者
Author: 大头攒毛 时间: 2023-4-5 16:06
谢谢sob老师

作者
Author: 观火lsy 时间: 2023-4-11 11:19

sobereva 发表于 2023-4-5 14:01
数值误差对计算化学结果重现性的影响
http://sobereva.com/88

sob老师好，关于混沌性我想请教一下，我对一个蛋白体系进行了5次200ns模拟，发现其存在两种区别很大的变构方式，请问我应该怎么去判断哪一种更可能是真实存在的方式呢？
另外由于我的体系是360K，200bar的高温高压条件下进行的，我不确定高压会不会导致初速度对后续轨迹的影响更显著。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 09:51

观火lsy 发表于 2023-4-11 11:19
sob老师好，关于混沌性我想请教一下，我对一个蛋白体系进行了5次200ns模拟，发现其存在两种区别很大的变 ...

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