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标题: 求助：使用Amber进行SASA分析出现负值 [打印本页]

作者
Author: 阿志 时间: 2023-4-6 20:24
标题: 求助：使用Amber进行SASA分析出现负值

各位老师好，我使用Amber对蛋白质配体复合物进行MD模拟，然后准备对轨迹进行SASA分析，然后出现了负值（-1），感觉这应该不是正常现象吧，想问老师们，我应该怎么办？

图分别是我的输入文件，以及得到的结果做的图。

麻烦各位老师了，谢谢

作者
Author: 腹肌除皱大师 时间: 2023-4-14 21:57
你好我也遇到了同样的问题请问解决了吗

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-15 01:05
结合轨迹图像判断是什么可能原因

如果轨迹本身看上去没问题，可以用VMD算各帧的SASA，肯定不会有这种问题

作者
Author: 阿志 时间: 2023-4-16 09:49

sobereva 发表于 2023-4-15 01:05
结合轨迹图像判断是什么可能原因

如果轨迹本身看上去没问题，可以用VMD算各帧的SASA，肯定不会有这种问 ...

谢谢老师的回答，我去试试

作者
Author: c00jsw00 时间: 2023-4-16 11:54
amber 計算SASA蠻有問題的建議使用FREESASA(https://freesasa.github.io/)

作者
Author: 阿志 时间: 2023-4-16 19:43

c00jsw00 发表于 2023-4-16 11:54
amber 計算SASA蠻有問題的建議使用FREESASA(https://freesasa.github.io/)

好嘞，谢谢您的建议，我去试试

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