计算化学公社

标题: 请教不同力场加氢规则不一样，产生的gro文件为什么差异很大？ [打印本页]

作者
Author: lufenghxu 时间: 2023-4-9 00:35
标题: 请教不同力场加氢规则不一样，产生的gro文件为什么差异很大？
同一蛋白质在不同力场下生成的gro文件并不相同，原子个数并不一样。对比了不同立场的hdb文件，发现有些力场中氢原子补的比较全，有的好像把饱和碳上的氢都省略了，只有氮原子上的氢加的比较完整。为什么不同力场差异这么大？像这种情况对模拟结果有什么影响？模拟过程中它们之间有哪些区别（加氢多的是不是更加耗时）？谢过！

作者
Author: 喵星大佬 时间: 2023-4-9 02:16
只考虑蛋白的情况
全原子力场在不额外添加虚拟点的情况下应该是一样的原子数，amber系列，Charmm系列，opls系列包含在此列。
有些力场对于特定的位置会通过添加额外的点电荷虚拟作用点来描述静电作用，此时总“原子”数会更多，比如Amber-Glycam力场的某些版本在描述糖基化修饰的时候
对于联合原子力场，非极性氢会和C变成一个联合原子，比如αH，残基侧链的CH/CH2/CH3，N端乙酰基的CH3等，都是一个原子，因此原子数会少一些，常见的比如Gromos系列力场，Amber的某些版本
对于粗粒化力场，情况会更加复杂，几个非氢原子会被合并进一个珠子，因此最终结构中“原子”数量会更少，此类力场一般用于大尺度/长时间的模拟，常见的比如Martini，Sirah等
不考虑加速算法/周期性/截断等问题的情况下，计算量和原子数的平方成正比，因此原子多的必然更耗时
而对于模拟结果来说，还是看力场参数的合理性，开发力场的文章一般都有系统性的验证，对于不同的问题可能会有些差异

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-9 07:07
对于显式水中的蛋白质模拟问题，耗时的大头来自于对水分子的描述，蛋白质是全原子力场还是联合原子力场对耗时的影响不大，也没必要刻意用GROMOS、AMBER03UA之类联合原子力场。力场的基本特征在原文里都有说明，用任何力场都要对力场有基本的了解。

作者
Author: lufenghxu 时间: 2023-4-9 23:20
明白了，感谢解答！

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)