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标题: （已解决）rocky linux中通过bashrc修改source配置Gaussian16运行环境问题 [打印本页]

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-10 23:26
标题: （已解决）rocky linux中通过bashrc修改source配置Gaussian16运行环境问题
本帖最后由 Excaliburyo 于 2023-4-11 19:24 编辑

如图，不知如何描述才好，首先就是在这个账户下需要调用Gaussian16得将‘#source’前面的‘#’去掉，通过‘source .bashrc’后可以正常运行；问题：在这个情况下我重启或者登出，就无法再进入该账户了(确定密码无误)，然后我只有通过root账号向该账号下的.bashrc里，即图中‘source’前加上‘#’才能成功登入(试了逐个把其它软件都给‘#’才试出来是Gaussian16环境配置的问题，图中gv也被我‘#’了但是gv可有可无，所以可以不管它)；看了一篇名为《linux环境变量导致无法登录,Linux 配置环境变量后无法登录的解决方案》文章，由于其提到的是关于PATH设定的问题，所以在下作为计算机菜鸟属实是不会弄也不知如何寻找解决之道，各位大佬有没有什么解决方案或者建议？请不吝赐教

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-10 23:42
把g16.profile这个文件的内容贴出来

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 00:05

wzkchem5 发表于 2023-4-10 23:42
把g16.profile这个文件的内容贴出来

感谢老师！文件已贴

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 00:07

wzkchem5 发表于 2023-4-10 23:42
把g16.profile这个文件的内容贴出来

为方便您看还是给出如下具体内容

#
# These commands set up for use of Gaussian 16.  They should be source'd
# into each Gaussian 16 user's .login file, after setting the following
# environment variable:
#
# g16root -- Directory which contains the g16 main directory.  Defaults
#          to users's home directory if not defined before entry.
#
# Top directories for the program:
#
gr=$HOME
if [ "$g16root" ]
  then gr=$g16root
  fi
export GAUSS_EXEDIR="$gr/g16/bsd:$gr/g16"
export GAUSS_LEXEDIR="$gr/g16/linda-exe"
export GAUSS_ARCHDIR="$gr/g16/arch"
export GAUSS_BSDDIR="$gr/g16/bsd"
export GV_DIR="$gr/gv"
if [ -e "$GV_DIR/gview.app" ]; then
  alias gv='open $GV_DIR/gview.app'
elif [ -e "$GV_DIR/gview.csh" ]; then
  alias gv="$GV_DIR/gview.csh"
else
  alias gv="$GV_DIR/gview.sh"
  fi
if [ "$PATH" ]; then
  export PATH="$PATH:$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
else
  export PATH="$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
  fi
if [ "$PERLLIB" ]; then
  export PERLLIB="$PERLLIB:$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
else
  export PERLLIB="$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
  fi
if [ "$PYTHONPATH" ]; then
  export PYTHONPATH="$PYTHONPATH:$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
else
  export PYTHONPATH="$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
  fi
export _DSM_BARRIER="SHM"
if [ "$LD_LIBRARY64_PATH" ]; then
  export LD_LIBRARY64_PATH="$GAUSS_EXEDIR:$GV_DIR/lib:$LD_LIBRARY64_PATH"
else
  if [ "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
# gv lib has to be at end for IA64 otherwise IA32 .so files there confuse things
export LD_LIBRARY_PATH="$GAUSS_EXEDIR:$LD_LIBRARY_PATH:$GV_DIR/lib"
  else
export LD_LIBRARY_PATH="$GAUSS_EXEDIR:$GV_DIR/lib"
fi
  fi
export G16BASIS="$gr/g16/basis"
alias sl="$gr/g16/tests/searchlog.csh"
mach="$(gau-machine)"
if [ "$mach" = "necsx" ] || [ "$mach" = "necsxace" ]; then
  export F_ERROPT1="0,999,1,1,1,1,2,2"
  export F_ERROPT2="270,271,2,1,2,2,2,2"
  export F_ERROPT3="250,253,2,1,2,2,2,2"
  export OMP_NUM_THREADS="1"
  export F_SYSLEN="1024"
  fi
if [ "$mach" = "ia64" ]; then
# The following is to avoid weirdness with Intel's MKL library on IA64:
  export KMP_STACKSIZE="20971520"
  export KMP_AFFINITY="disabled"
  place="`which dplace`"
  if [ "$?" == 0 ] ; then
export GAUSS_DPLACE="1"
fi
  fi
if [ "$mach" = "ibm_rs6k_aix" ]; then
  export XLFRTEOPTS=buffering=disable_preconn
  fi
if [ "$mach" = "ibm_rs6k_linux" ]; then
  export XLFRTEOPTS=buffering=disable_preconn
# fix LD_LIBRARY_PATH so that the Linda workers can start
# export LD_LIBRARY_PATH="/opt/ibmcmp/lib64:$LD_LIBRARY_PATH"
  fi
#if [ "$mach" = "amd64" ]; then
# export OMP_THREAD_LIMIT='256'
# fi
export PGI_TERM='trace,abort'
ulimit -c 0
ulimit -d hard
ulimit -f hard
ulimit -l hard
ulimit -m hard
ulimit -n hard
ulimit -s hard
ulimit -t hard
ulimit -u hard

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-11 09:08
一般学术问题别发到灌水与杂谈版块，这次给你移动了，下次直接删帖

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 09:25

sobereva 发表于 2023-4-11 09:08
一般学术问题别发到灌水与杂谈版块，这次给你移动了，下次直接删帖

抱歉也感谢sob老师，我下次一定注意

作者
Author: guoguoping199 时间: 2023-4-11 10:17
同问，在CentOS7.9上边安装的gaussian，本来使用的好好地，但是在某次重启的时候一不小心点到了好像是系统更新，然后就也遇到这个问题了，我之前用的解决方法是通过Xshell远程连接并进入root账户，然后删除.bashrc中的gaussian安装代码，然后重启就好了，然后再重新安装gaussian，虽说只要不重启，不断电就不影响使用，但是每次重启就得来这么一遭确实也有点麻烦

作者
Author: 万里云 时间: 2023-4-11 11:25
你的~/.bashrc除了图里贴出来的内容还有其它的吗？是不是把原有的内容删掉或者注释掉了？

if [ "$PATH" ]; then
export PATH="$PATH:$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
else
export PATH="$gr/gauopen:$GAUSS_EXEDIR"
fi
if [ "$LD_LIBRARY64_PATH" ]; then
export LD_LIBRARY64_PATH="$GAUSS_EXEDIR:$GV_DIR/lib:$LD_LIBRARY64_PATH"
else
if [ "$LD_LIBRARY_PATH" ]; then
# gv lib has to be at end for IA64 otherwise IA32 .so files there confuse things

复制代码

问题大概率出在这两个重要的逻辑判断上。~/.bash_profile, ~/.bashrc这几个文件会通过一连串眼花缭乱的操作调用/etc下面的profile和bashrc，用来初始化PATH、LD_LIBRARY_PATH等重要的环境变量。如果初始化失败，在高斯的初始化脚本中就走了第二个逻辑分支，导致环境变量里缺失了/usr/bin, /lib64等重要目录，自然就进不去系统了。

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 11:42

万里云发表于 2023-4-11 11:25
你的~/.bashrc除了图里贴出来的内容还有其它的吗？是不是把原有的内容删掉或者注释掉了？

问题大概率出 ...

感谢老师的回复，我能保证是在末尾行加上这些内容的，并且我也试过在/root目录下进行这个环境的配置，图片是/home普通用户的设定，这两个账户无一例外都出现这个问题。关于您给出的判断与解释，稍微能理解一些。所以我的一个想法是：有没有一种指令可以降低Gaussian16环境变量‘source’的优先级，从而让系统登录的调用命令先启动呢？

作者
Author: 乐平 时间: 2023-4-11 12:31
建议不要在 ~/.bashrc 里添加太多运行程序的环境变量，新手一不小心容易造成冲突，甚至像你提到的进不去系统了。运行程序的环境变量最好在作业调度脚本里添加。

所谓作业调度脚本就是 pbs 或者 slurm 这些脚本。

例如下面帖子里 20 楼的例子
http://bbs.keinsci.com/forum.php ... hlight=slurm&page=2

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 13:15
本帖最后由 Excaliburyo 于 2023-4-11 13:16 编辑

乐平发表于 2023-4-11 12:31
建议不要在 ~/.bashrc 里添加太多运行程序的环境变量，新手一不小心容易造成冲突，甚至像你提到的进不去系 ...

感谢老师的建议与指点

，正如您所说，我确实是在.bashrc里加了很多诸如MOPAC、xtb、packmol、orca、openmpi以及Gaussian、Gaussview的环境变量设置。最近在学着sob老师的博文进行Remdesivir的构象搜索，碰到这种系统配置问题就挺手足无措的，想着如果能解决就像本帖7楼兄台说的那样省些麻烦。当然我一定去学习脚本，未来也肯定用得上。

作者
Author: 万里云 时间: 2023-4-11 14:52

Excaliburyo 发表于 2023-4-11 11:42
感谢老师的回复，我能保证是在末尾行加上这些内容的，并且我也试过在/root目录下进行这个环境的配置，图 ...

可以用Environment Modules系统，需要的时候再加载设置。

也可以试下这个：https://gitee.com/yhli/misc/tree/master/bmod

作者
Author: 乐平 时间: 2023-4-11 15:15
本帖最后由乐平于 2023-4-11 15:17 编辑

Excaliburyo 发表于 2023-4-11 13:15
感谢老师的建议与指点，正如您所说，我确实是在.bashrc里加了很多诸如MOPAC、xtb、packmol、or ...

其实不是“学脚本”，而是提交计算任务的时候要用的 .pbs 或者 .slurm 任务管理脚本。

按你最开始的帖子描述的

首先就是在这个账户下需要调用

我重启或者登出，就无法再进入该账户了(确定密码无误)

不太好判断你是自己的小工作站？超算集群？

如果是超算集群的话，.pbs 或者 .slurm 计算任务脚本应该是必需的。
你直接在里面添加相应的程序环境变量就行了。

另外，管理较好的超算集群会用到 12 楼提到的 Environment Modules 来调用各种环境。这更方便也更安全。

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 17:39

万里云发表于 2023-4-11 14:52
可以用Environment Modules系统，需要的时候再加载设置。

也可以试下这个：https://gitee.com/yhli/mi ...

好的，感谢老师。我回头试试看

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 17:51

乐平发表于 2023-4-11 15:15
其实不是“学脚本”，而是提交计算任务的时候要用的 .pbs 或者 .slurm 任务管理脚本。

按你最开始的帖 ...

老师，这个是我自己的一台小工作站，平常用于一些DFT计算，装了一个带GUI的rocky linux。怪我太菜鸟了，不懂脚本相关的知识，让您见笑了。我是否可以将.pbs或者.slurm理解为类似于shell脚本的文件，然后用shell脚本也能完成这些工作。我唯一接触过用来提高效率的shell脚本是出自于sob老师的《使用Gaussian时的几个实用脚本和命令》

作者
Author: qlyfe 时间: 2023-4-11 18:15
以前CentOS7里有一种情况下GaussView会导致账户进不去，详见CentOS 虚拟机中 GaussView 花屏的解决方法，可以看看是不是也因为这个原因

作者
Author: 乐平 时间: 2023-4-11 18:36

Excaliburyo 发表于 2023-4-11 17:51
老师，这个是我自己的一台小工作站，平常用于一些DFT计算，装了一个带GUI的rocky linux。怪我太菜鸟了， ...

没有取笑你的意思，我们都是从不懂到懂这样走过来的。

.pbs 或者 .slurm 虽然类似于 shell 脚本，但不能直接用 shell 操作，需要各自的作业调度系统。

你是自己的小工作站，就算了，免得折腾了。

如果愿意了解一下，可以看论坛里的帖子

安装 pbs 作业调度系统
http://bbs.keinsci.com/thread-20943-1-1.html

安装 Slurm 作业调度系统

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... amp;highlight=slurm

http://bbs.keinsci.com/forum.php ... ht=slurm&page=1

【注意】上述两种作业调度系统只用安装其中之一就行，不必要两个都安装。

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 19:17
本帖最后由 Excaliburyo 于 2023-4-11 19:29 编辑

qlyfe 发表于 2023-4-11 18:15
以前CentOS7里有一种情况下GaussView会导致账户进不去，详见CentOS 虚拟机中 GaussView 花屏的解决方法，可 ...

天呐！真的是诶！我之前也是操作复制了gv文件里的MesaGL，我完全没想到。

yum install mesa-libGLU.x86_64后，我将本贴贴图的‘#’都去掉了，能重启登录账号、Gaussian16可调用、gv亦可正常打开，而且VMD打开背景就呈现透明的问题解决了！

（今日eV额度用尽，明天给您补上！

）

作者
Author: abin 时间: 2023-4-11 19:21
如果不想花时间，又没有能力自己搞定slurm
可以用鄙人捣鼓的傻瓜式自动配置工具。

相关信息请查阅本帖文签名信息。

作者
Author: Excaliburyo 时间: 2023-4-11 19:23

乐平发表于 2023-4-11 18:36
没有取笑你的意思，我们都是从不懂到懂这样走过来的。

.pbs 或者 .slurm 虽然类似于 shell 脚本，但不 ...

再次感谢老师的耐心解答，是我用词自嘲不够恰当

没有取笑你的意思，我们都是从不懂到懂这样走过来的。

在下回头尝试把这些学起来！

【注意】上述两种作业调度系统只用安装其中之一就行，不必要两个都安装。

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)