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标题: 求助纳米金颗粒加入冰水混合物进行能量最小化后跑散的问题 [打印本页]

作者
Author: ysrhhhh 时间: 2023-4-11 00:22
标题: 求助纳米金颗粒加入冰水混合物进行能量最小化后跑散的问题
想观察冰水混合物加入纳米金颗粒后结冰的变化情况，目前已经实现纯水的结冰，利用packmol加入Au13团簇，但是在能量最小化之后，产生的em.gro文件发现Au13团簇已经跑散，查看之前相关的帖子，了解到团簇模型不需要键来维持，在合理参数内，可以以LJ势维持团簇状态，说是top文件的问题。这是纯水的模型： (, 下载次数 Times of downloads: 0)
这是加入纳米颗粒和跑散后的模型：
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由于加入了Au，所以在力场atomtype.atp下加入了AU 196.96650；在ffnonbonded.itp下加入AU 79 00.00 0.0000 A 2.62904e-01 2.21334e+01；
top文件如下：
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em.mdp文件：
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不知道是自己有什么地方没处理到，或者以上步骤有问题，麻烦大家指正以下。
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作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-11 12:14
具体文件我没时间看，你先看看真空下团簇结构能否维持。
实在不行就把团簇用sobtop产生拓扑文件，自动猜力场参数，使得团簇能维持刚性，然后把合适的LJ参数替换进去

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