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标题: 空间分布函数图该怎么做 [打印本页]

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Author: 浅原问问 时间: 2016-6-30 16:20
标题: 空间分布函数图该怎么做
各位老师好，我是用Gromacs得到离子液体的ionicbox_GMX.gro 和 ionicbox_GMX.top文件后，利用gOpenMol软件来做空间分布函数图的，但是做的很垃圾。我想做一个阳离子周围，所有的阴离子的分布概率，从而得到阴阳离子的相对位置关系。可是我做的图中，阴离子一团一团的均匀的分布着，看不出来哪个位置多，哪个位置少。请问老师有什么好的方法利用Gromacs做出来可靠的空间分布函数图吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-1 00:40
参考
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14
Gromacs的g_spatial产生的格点文件分析工具gmxgrid v1.2
http://sobereva.com/38

你也要注意看看轨迹，是否本来当前体系中离子本来就没完全跑开（比如温度不够，没有真正达到液态，或者跑的时间太短，还没能充分扩散开），此时必然得到的是一团一团的，阴离子只能在初始位置附近运动。

作者
Author: wbn 时间: 2016-7-1 01:59
(, 下载次数 Times of downloads: 62)

你想做的是这种东西咩？

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-7-1 08:20

wbn 发表于 2016-7-1 01:59
你想做的是这种东西咩？

是的，是的！请问您这是怎么做的啊？能不能教教我？谢谢！谢谢！！

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-7-1 08:20

sobereva 发表于 2016-7-1 00:40
参考
VMD显示轨迹中粒子的空间密度分布的两种方法
http://sobereva.com/14

好的，谢谢老师

作者
Author: wbn 时间: 2016-7-1 22:47

浅原问问发表于 2016-7-1 08:20
是的，是的！请问您这是怎么做的啊？能不能教教我？谢谢！谢谢！！

没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效果好。程序怎么安装看manual
这个程序输入蛮多的，需要注意的是输入文件以后analyze 项选择sdf，选择reference molecule 里三个原子注意要从一个rigid 结构里选，就是这三个原子之间不能有自由的相对位移。最后的结果是gaussian cube file, 可以用vmd做图，结果就是number density 的数值。你还有什么不懂得就在这问

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-7-2 09:50

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

好的，太感谢您了！我先试试。。。

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-7-4 16:13

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

老师，我用travis运行到选择 Continue with molecule recognition anyways (y/n)? [yes] 。选y以后，它就一直停在那里不动了，我等了三个多小时，后来强行关了以后看log，看到下面的提示，我又重新运行加了 -i 命令，结果又是停在那个界面不动了，麻烦您帮我看一下这该怎么解决吧，谢谢老师！

作者
Author: wbn 时间: 2016-7-5 23:23

浅原问问发表于 2016-7-4 16:13
老师，我用travis运行到选择 Continue with molecule recognition anyways (y/n)? [yes] 。选y以后，它就 ...

molecular recognition 出问题了哎。你如果可以的话把pdb文件（只要一帧）和log文件传给我看一下，不行的话把log 之前的部分贴一下。

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-7-6 08:31
本帖最后由浅原问问于 2016-7-6 11:13 编辑

wbn 发表于 2016-7-5 谢谢老师！我又摸索之后现在可以做出图了，但是里面的阳离子一直调不出来。我的阳离子是1-乙基吡唑，我选择 reference molecule的时候选的是吡唑环上的两个N(N1，N2)和N间位的那个C(C3)。可是做出的图上总是显示不出来吡唑环，老师我把log传上来，您能不能帮我看看是不是我哪项参数选择错了？谢谢老师，辛苦您了！

作者
Author: wbn 时间: 2016-7-7 07:39

浅原问问发表于 2016-7-6 08:31

程序会输出一个 .xyz 文件，是给你的reference 分子。把它同时也 load 进 vmd 就可以了

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-7-7 08:37

wbn 发表于 2016-7-7 07:39
程序会输出一个 .xyz 文件，是给你的reference 分子。把它同时也 load 进 vmd 就可以了

太感谢您了老师！现在已经做出来了，谢谢！

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-12 16:14
你好，我想问问你的空间分布函数选组的时候，中心分子组是只选一个分子呢，还是把所有研究对象作为一个中心分子组？

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-12 16:17
我按照网上做sdf的步骤，总是在第三步出错，就是下面移除中心分子转动和平动的一步。
3. 按中心分子对轨迹进行叠合, 移除中心分子的转动和平动
gmx_mpi trjconv -s md0.tpr -f md0_cnt.xtc -n sdf.ndx -o md0_cnt_fit.xtc -fit rot+trans
Select group for least squares fit时选择中心分子组, Select group for output时选择System组

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-10-14 09:47

田小甜发表于 2016-10-12 16:17
我按照网上做sdf的步骤，总是在第三步出错，就是下面移除中心分子转动和平动的一步。
3. 按中心分子对轨迹 ...

我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-14 10:55

浅原问问发表于 2016-10-14 09:47
我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

对呀，用gromacs分析的时候，选择中心分子组都不知道怎么选

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-14 10:57

浅原问问发表于 2016-10-14 09:47
我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

还有，还有，你分析的时候是不是先用gromacs输出的cube文件，再用travis软件作图的

作者
Author: 浅原问问 时间: 2016-10-14 11:12

田小甜发表于 2016-10-14 10:57
还有，还有，你分析的时候是不是先用gromacs输出的cube文件，再用travis软件作图的

我是用amber跑完动力学得到轨迹文件后，用travis直接分析的轨迹文件。通过travis得到 .xyz, .plt, .cube,这三个文件，然后又用gopenmol软件加载.xyz和.plt文件，就得到成图了。

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-14 11:16

浅原问问发表于 2016-10-14 11:12
我是用amber跑完动力学得到轨迹文件后，用travis直接分析的轨迹文件。通过travis得到 .xyz, .plt, .cube, ...

哦哦，我也是用amber跑完动力学后，不知道怎么弄了，那我也试试用这个软件作图。
方便的话，加一下扣扣496138916.

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-14 19:52

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

你好，请问你有这个软件的安装指南吗？可以发一份给我吗？

作者
Author: wbn 时间: 2016-10-14 22:06

田小甜发表于 2016-10-14 19:52
你好，请问你有这个软件的安装指南吗？可以发一份给我吗？

时间有点久我有点忘了怎么安装的了。你直接看主页上的quick start guide 就行，好像非常简单的。Linux下只需要一个c++编译器，make一下就可以了。Windows 下好像直接有可执行文件下载，不需要安装。

作者
Author: 田小甜 时间: 2016-10-17 08:48

wbn 发表于 2016-10-14 22:06
时间有点久我有点忘了怎么安装的了。你直接看主页上的quick start guide 就行，好像非常简单的。Linux下 ...

嗯嗯，我已经装上了，谢谢啦

作者
Author: XYwinne 时间: 2017-4-23 22:06

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

不好意思，请教为什么要选三个原子？动力学过程怎么保证有刚性存在，用freeze吗？

作者
Author: wbn 时间: 2017-4-24 01:32

XYwinne 发表于 2017-4-23 22:06
不好意思，请教为什么要选三个原子？动力学过程怎么保证有刚性存在，用freeze吗？

因为三个点确定一个坐标系。选取你分子中本身有刚性的一部分，比如说一个aromatic 环上的三个原子。你也可以选柔性部分的原子，但是那样分析出来的sdf没有意义。

作者
Author: anoak 时间: 2017-12-2 11:56
楼主有试着用vmd做出这个图吗？我用vmd也是做得很垃圾

作者
Author: madhatter 时间: 2022-2-17 21:50

浅原问问发表于 2016-10-14 09:47
我是用travis这个软件做的哎，我也不清楚你这是怎么回事，你是用gromacs分析的吗？

You have to choose three reference atoms from the reference molecule Zn:
The first reference atom will be put into the center.
The 2nd reference atom will be put onto the positive X axis.
The 3rd reference atom will be put into the X-Y plane with positive Y values.

Please enter three comma-separated reference atoms (e.g. "C1,H2,O1"):

请问一下，体系中我想将一个锌原子作为参考原子，去讨论这个原子与其他分子的空间分布函数，用了你推荐的软件，但是在输入中需要输入参考分子的三个原子，单原子可以输入吗？输入了几种都不行，想问一下怎么输入，谢谢大佬

作者
Author: Jotaro 时间: 2022-3-1 16:42

madhatter 发表于 2022-2-17 21:50
You have to choose three reference atoms from the reference molecule Zn:
The first reference ...

travis的分析是三原子确定坐标系，目前还没见到设置单原子中心。单原子作参考原子的时候建议使用sob老师提到的gmx spatial

作者
Author: 一枚研究生 时间: 2024-2-23 19:43

wbn 发表于 2016-7-1 22:47
没问题。用这个软件 http://www.travis-analyzer.de/
首先得把你的xtc 文件转化成 pdb, 帧数多一点效 ...

请问一下，xtc 文件转化成 pdb应该怎么操作呢

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