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标题: pdb2gmx_mpi_d将pdb文件转换为gro文件报错 [打印本页]

作者
Author: khu910 时间: 2023-4-11 16:43
标题: pdb2gmx_mpi_d将pdb文件转换为gro文件报错
利用命令pdb2gmx_mpi_d将四氢呋喃（醚类）转换为相应的gro文件并生成相应的ndx文件等，报错：Residue '2SX2' not found in residue topology database。

将其对应的rtp信息放入aminoacids.rtp 文件，同时也将ffnonbonded.itp文件修改，在 residuetypes.dat中加入了残基名称2SX2，他并不属于蛋白质、DNA、RNA、水和离子，类型就写的Ethers（醚类）。

请问一下是如果模拟残基是只能包括蛋白质、DNA、RNA、水和离子这四类吗？如果其他类也可以，那么应当如何进行添加，谢谢

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-11 17:30
加入rtp就完了。

不用管那提示
四氢呋喃之类分子体系根本没必要用pdb2gmx。直接用sobtop（http://sobereva.com/soft/Sobtop）产生拓扑文件，然后include到体系的top里就完了

作者
Author: khu910 时间: 2023-4-17 10:49

sobereva 发表于 2023-4-11 17:30
加入rtp就完了。

不用管那提示

好的，谢谢

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