计算化学公社

标题: 基于Multiwfn的分子机器学习助手：MultiwfnMLhelper [打印本页]

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-4-11 19:46
标题: 基于Multiwfn的分子机器学习助手：MultiwfnMLhelper
本帖最后由 yumingsuxmu 于 2023-4-11 19:46 编辑

近期，自己的工作里面需要快速提取Multiwfn分子描述符进行机器学习分析，我编写了一个名为“基于Multiwfn的分子机器学习助手”的Python脚本工具MultiwfnMLhelper。它的使用非常简便，给大家分享一下

【原料】任意能产生高斯fchk文件的任务即可，产生后将所有数据集中fchk文件放在某文件夹即可

【使用方法】
自己安装相应python包并运行MultiwfnMLhelper.py.建议将文件清单中中的内容全部复制到包含高斯输出的多个.fchk文件的文件夹中，运行MultiwfnMLhelper.py，选择当前文件夹的路径，然后点击确定，程序就会自动一键生成Multiwfn分子描述符,保存到一个名为 "Multwfn_analysis_feature_matrix3.csv" 的 CSV 文件中。

【文件清单】
(1) Multiwfn_helper.py：主要的Python脚本，用于提取Multiwfn描述符
(2) batchspec.bat：用于运行Multiwfn分析的批处理文件
(3) Step_1.txt1：Multiwfn分析时需要的参数文件
(4) settings.ini：务必isilent= 1(5) Multiwfn ：记得把最新的Multiwfn加到文件夹里

【参考】
http://sobereva.com/601
http://sobereva.com/612

【如果有什么建议或者感受，请告诉我】
（本来生成了一个exe文件，但受限于文件太大32M，没法上传了，有需要的可以私聊我）

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 09:37
若方便的话，建议加入说明能自动计算提取哪些描述符

论坛目前文件上传上限是10MB，超过的可以考虑发网盘链接

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-4-12 10:11
多谢社长提醒，windows可直接运行程序.exe链接如下：
链接：https://pan.baidu.com/s/12mduHZQPwGR4-cq--QNG5Q
提取码：w8r1

【核心特点】只需将压缩包中的内容全部复制到包含多个.fchk文件的文件夹中，双击.exe文件，选择当前文件夹的路径，然后点击确定，程序就会自动一键生成Multiwfn分子描述符。

【描述符内容】
SampleName: Sample Name
Orbitals ODIODI_HOMO_1: Orbital Delocalization Index HOMO-1ODI_HOMO: Orbital Delocalization Index HOMOODI_LUMO: Orbital Delocalization Index LUMOODI_LUMO_Add1: Orbital Delocalization Index LUMO+1ODI_Mean: Orbital Delocalization Index MeanODI_Std: Orbital Delocalization Index Standard Deviation
sizeAtomNum: Number of AtomsWeight: Molecular Weight
Frontier_orbitalsHOMO: Highest Occupied Molecular OrbitalHOMO_number: HOMO NumberLUMO: Lowest Unoccupied Molecular OrbitalHOMO_LUMO_Gap: HOMO-LUMO Gap
ShapeFarthest_Distance: Farthest Distance between AtomsMol_Radius: Molecular RadiusMol_Size_Short: Shortest Molecular SizeMol_Size_2: Medium Molecular SizeMol_Size_L: Longest Molecular SizeLength_Ratio: Length RatioLen_Div_Diameter: Length Divided by DiameterMPP: Maximum Positive PotentialSDP: Surface-Derived Polarization
Dipole_momentDipole_Moment: Dipole MomentQuadrupole_Moment: Quadrupole MomentOctopole_Moment: Octopole Moment
Quantitative analysis of molecular surfaceVolume: Molecular VolumeDensity: Molecular DensityESPmin: Minimum Electrostatic PotentialESPmax: Maximum Electrostatic PotentialOverall_Surface_Area: Overall Surface AreaPos_Surface_Area: Positive Surface AreaNeg_Surface_Area: Negative Surface AreaOverall_Average: Overall AveragePos_Average: Positive AverageNeg_Average: Negative AverageOverall_Variance: Overall VarianceNu: Electrophilicity IndexPi: Nucleophilicity IndexMPI: Molecular Polarizability IndexNonpolar_Area: Nonpolar AreaPolar_Area: Polar AreaALIEmin: Minimum ALIE (Average Localized-Ionization-Energy)ALIEmax: Maximum ALIEALIE_Ave: ALIE AverageALIE_Var: ALIE VarianceLEAmin: Minimum LEA (Local Electron Affinity)LEAmax: Maximum LEALEA_Ave: LEA AverageLEA_Var: LEA Variance

作者
Author: liyuanhe211 时间: 2023-4-12 11:41
本帖最后由 liyuanhe211 于 2023-4-12 11:42 编辑

帮楼主列一下脚本能提取出哪些描述符：

ODI_HOMO_1
ODI_HOMO
ODI_LUMO
ODI_LUMO_Add1
ODI_Mean
ODI_Std
AtomNum
Weight
HOMO
HOMO_number
LUMO
HOMO_LUMO_Gap
Farthest_Distance
Mol_Radius
Mol_Size_Short
Mol_Size_2
Mol_Size_L
Length_Ratio
Len_Div_Diameter
MPP
SDP
Dipole_Moment
Quadrupole_Moment
Octopole_Moment
Volume
Density
ESPmin
ESPmax
Overall_Surface_Area
Pos_Surface_Area
Neg_Surface_Area
Overall_Average
Pos_Average
Neg_Average
Overall_Variance
Nu
Pi
MPI
Nonpolar_Area
Polar_Area
ALIEmin
ALIEmax
ALIE_Ave
ALIE_Var
LEAmin
LEAmax
LEA_Ave
LEA_Var

复制代码

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 11:42
我已把此文链接加入此帖了
Multiwfn可以计算的分子描述符一览
http://sobereva.com/601（http://bbs.keinsci.com/thread-23729-1-1.html）

作者
Author: 张晓婷 时间: 2023-4-17 21:12
本帖最后由张晓婷于 2023-4-17 21:15 编辑

yumingsuxmu 发表于 2023-4-12 10:11
多谢社长提醒，windows可直接运行程序.exe链接如下：
链接：https://pan.baidu.com/s/12mduHZQPwGR4-cq--Q ...

你好，我下载了网盘链接文件，里面含有的和一楼发的文件清单是不一样的里面有两个exe，我运行了第二个exe，选择了有fchk文件的文件夹之后，生成txt文件，但是里面是空的
请问这是什么问题呢？非常感谢

作者
Author: 张晓婷 时间: 2023-4-17 21:50
本帖最后由张晓婷于 2023-4-17 21:52 编辑

yumingsuxmu 发表于 2023-4-12 10:11
多谢社长提醒，windows可直接运行程序.exe链接如下：
链接：https://pan.baidu.com/s/12mduHZQPwGR4-cq--Q ...

你好，我”将压缩包中的内容全部复制到包含多个.fchk文件的文件夹中，双击.exe文件，选择当前文件夹的路径，然后点击确定“之后，并没有产生文件
当我直接打开exe文件之后，选择包含有fchk文件的文件夹之后，这个exe是好用的，并且产生了csv文件，但是里面也是空的。是不是不用将压缩包内容复制到要提取描述符的文件夹里，直接用直接选择文件夹就好了
我是少安装插件了吗？谢谢指导

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-4-19 09:31

张晓婷发表于 2023-4-17 21:12
你好，我下载了网盘链接文件，里面含有的和一楼发的文件清单是不一样的里面有两个exe，我运行了第二个exe ...

可以看出读取fchk文件生成了空的txt，说明Multiwfn读取你的fchk失败了，你可以试试把你的b3lyp.fchk拖到Multiwfn.exe里面看看有没有成功读取，如果没有，是不是fchk文件有问题呢？比如说没有算完？

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-4-19 09:36

张晓婷发表于 2023-4-17 21:50
你好，我”将压缩包中的内容全部复制到包含多个.fchk文件的文件夹中，双击.exe文件，选择当前文件夹的路 ...

您好，我听的描述，你好像没有“将压缩包中的内容全部复制到包含多个.fchk文件的文件夹中”,意思是你的fchk在哪你把所有fchk复制到解压后的“MultiwfnMLhelper_Win”文件夹中，或者将“MultiwfnMLhelper_Win”中所有复制到fchk那个文件夹里。你的描述是“我直接打开exe文件之后，选择包含有fchk文件的文件夹”，看似不符合，请检查一下

作者
Author: 冰释之川 时间: 2023-4-30 12:44
本帖最后由冰释之川于 2023-5-9 13:46 编辑

我对楼主写的脚本进行了适当的修改，从而适用于Linux平台。
主要修改与增补的内容为：
(1) 将‘batchspec.bat’与‘Step_1.txt1’文件合并入py脚本中
(2) 增加Multiwfn处理的进度条
(3) 对所有求得的描述符增加描述信息

(, 下载次数 Times of downloads: 296)

另外，我看到楼主对描述符的解释当中，有
Nu: Electrophilicity Index + Pi: Nucleophilicity Index

但从原始输出来看，这两个指标应该是：
+ Nu: Balance of charges + Pi: Internal charge separation

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-5-1 09:20

冰释之川发表于 2023-4-30 12:44
我对楼主写的脚本进行了适当的修改，从而适用于Linux平台。
主要修改与增补的内容为：
(1) 将‘batchspec ...

多谢指正和补充！

作者
Author: adong 时间: 2023-5-8 15:42

冰释之川发表于 2023-4-30 12:44
我对楼主写的脚本进行了适当的修改，从而适用于Linux平台。
主要修改与增补的内容为：
(1) 将‘batchspec ...

老师，这个脚本运行时出了基态的fchk文件还需要别的吗？报错如下，请您帮忙看看：
Traceback (most recent call last): File "/home/adong/helper/MultiwfnMLhelper-linux-SingleVersion.py", line 295, in <module> data_extraction(result_file_list) File "/home/adong/helper/MultiwfnMLhelper-linux-SingleVersion.py", line 56, in data_extraction odi_homo_1, odi_homo, odi_lumo, odi_lumoadd1 = odi_values[:4] ValueError: not enough values to unpack (expected 4, got 0)

作者
Author: 冰释之川 时间: 2023-5-9 08:39

adong 发表于 2023-5-8 15:42
老师，这个脚本运行时出了基态的fchk文件还需要别的吗？报错如下，请您帮忙看看：
Traceback (most rece ...

只需要fchk文件，需要安装Multiwfn，设置环境变量使之可以直接通过Multiwfn命令调用。另外，Multiwfn配置文件里的isilent必须设置为1

作者
Author: adong 时间: 2023-5-9 12:08

冰释之川发表于 2023-5-9 08:39
只需要fchk文件，需要安装Multiwfn，设置环境变量使之可以直接通过Multiwfn命令调用。另外，Multiwfn配置 ...

收到，谢谢老师

作者
Author: luchen 时间: 2023-6-10 22:01
请问这个脚本是否可以更改使之对molden文件进行计算

作者
Author: luchen 时间: 2023-6-10 22:14

luchen 发表于 2023-6-10 22:01
请问这个脚本是否可以更改使之对molden文件进行计算

已解决

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-6-12 09:56

luchen 发表于 2023-6-10 22:01
请问这个脚本是否可以更改使之对molden文件进行计算

当然可以

作者
Author: flyingchow 时间: 2023-7-13 08:52
如果有一天，Multiwfn有一个完整的python api接口就好了。直接导出各种描述符到numpy array，便于各种炼丹操作。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-7-13 09:37

flyingchow 发表于 2023-7-13 08:52
如果有一天，Multiwfn有一个完整的python api接口就好了。直接导出各种描述符到numpy array，便于各种炼丹 ...

不会有
用命令行运行然后提取数据一点也不费事
详谈Multiwfn的命令行方式运行和批量运行的方法
http://sobereva.com/612（http://bbs.keinsci.com/thread-24929-1-1.html）

作者
Author: EdenWuu 时间: 2023-7-16 15:35
补充一下描述符的解释：
1. MPP：Maximum Positive Potential --> Molecular planarity parameter 分子平面性参数;
2. SDP：Surface-Derived Polarization --> Span of deviation from plane 偏离平面跨度。
参考：sobereva.com/601

作者
Author: dingweilu 时间: 2023-8-17 10:03
最近使用MultiwfnMLhelper.py批量提取描述符，我的体系是离子，自旋多重度不为1，在提取"HOMO-LUMO gap"的时候报错显示"Error: local variable 'homo_lumo_gap' referenced before assignment"。我换了一个自旋多重度为1的分子进行测试，发现脚本可以顺利执行。对比Multiwfn做surface analysis的输出，发现对于自旋多重度为1的体系，"HOMO-LUMO gap"仅有一行内容（如下图1所示），而对于自旋多重度不为1的体系，"HOMO-LUMO gap"存在"HOMO-LUMO gap of alpha orbitals"和"HOMO-LUMO gap of beta orbitals"，所以按照原MultiwfnMLhelper.py中"re.search"的匹配方式查找不到，因此报错。所以大家需要根据个人实际体系，对re.search的匹配的方式稍作修改即可正常运行此代码。本人就简单粗暴的改为elif 'HOMO-LUMO gap of alpha orbitals:' in line: homo_lumo_gap = float(line.split()[5])，代码就可以顺利执行。大家可以根据自己的方式进行修改。同时感谢大家写的这个描述符提取代码，十分好用！

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2023-9-5 05:45

luchen 发表于 2023-6-10 22:14
已解决

老师，请问修改什么地方，可以对molden文件进行计算？

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-10-3 15:36

不会扣篮的后卫发表于 2023-9-5 05:45
老师，请问修改什么地方，可以对molden文件进行计算？

batchspec.bat文件里，你先用notebook打开，第一行for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do (里面的fchk四个字母改成molden，保存再运行即可

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2023-10-5 01:26

yumingsuxmu 发表于 2023-10-3 15:36
batchspec.bat文件里，你先用notebook打开，第一行for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do (里面的fchk四个 ...

谢谢老师，我再去研究一下。

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2023-10-21 11:24

yumingsuxmu 发表于 2023-10-3 15:36
batchspec.bat文件里，你先用notebook打开，第一行for /f %%i in ('dir *.fchk /b') do (里面的fchk四个 ...

老师，您好。
我按照您的建议，使用MultiwfnMLhelper成功读取molden文件，跑出文本文件。但是没有产生了csv文件。请问老师可以分析一下没有产生csv文件的原因吗？（附上C60的输入molden和输出文本文件）

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2023-11-3 02:22

luchen 发表于 2023-6-10 22:14
已解决

老师，您好。
请问您可以指导如何使用molden文件，结合MultiwfnMLhelper，生成csv文件吗？

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-11-6 19:45

不会扣篮的后卫发表于 2023-11-3 02:22
老师，您好。
请问您可以指导如何使用molden文件，结合MultiwfnMLhelper，生成csv文件吗？

我看了你的文件，我发现你这个分子想必是太大了，导致有些位置的数值读取格式发生了变化，代码无法识别。一处是txt里面，我手动改了quadrupole_moment之后加了一个空格（懒得改源码了），另一处是代码93行new_str = line.split(' Minimal value: ')[1]里面的value:后的空格删了一个。然后就可以生成csv了

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2023-11-6 21:38
本帖最后由不会扣篮的后卫于 2023-11-6 21:40 编辑

yumingsuxmu 发表于 2023-11-6 19:45
我看了你的文件，我发现你这个分子想必是太大了，导致有些位置的数值读取格式发生了变化，代码无法识别。 ...

老师，不好意思。我太菜了，没有找到您说的txt和代码文件位置。请问您可以再详细说说修改哪个txt和代码文件吗？
(, 下载次数 Times of downloads: 208)

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2023-11-7 20:09
最后结果是这样：

作者
Author: 不会扣篮的后卫 时间: 2023-11-7 22:27
本帖最后由不会扣篮的后卫于 2023-11-7 22:50 编辑

yumingsuxmu 发表于 2023-11-7 20:09
最后结果是这样：

感谢老师提供的输出文件。学生想请教您再讲解这两个问题。问题1.您手动在txt文件里面改了quadrupole_moment之后加了一个空格，请问是哪一个txt文件？问题2.“代码93行new_str = line.split(' Minimal value: ')[1]里面的value:后的空格删了一个”，请问这个操作是在哪个程序或者代码文件里完成的？

作者
Author: luchen 时间: 2023-11-11 11:01
请问老师这种由于数值过大导致的星号是没有.csv文件的原因吗应该怎么解决呢

作者
Author: lemon2223 时间: 2024-1-2 15:48
老师您好，我解压缩之后文件夹内的multiwfn不能运行，提示缺少libiomp5md.dll ，我在multiwfn的文件夹里找到了这个文件，复制到MLhelper的文件夹里，终于可以正常运行了，然而我放了两个molden文件，按照步骤操作之后生成了一个orbana_1_3.txt文件，打开之后只有一个molden文件的分析结果，请问是什么原因呢？

作者
Author: lemon2223 时间: 2024-1-2 23:13

lemon2223 发表于 2024-1-2 15:48
老师您好，我解压缩之后文件夹内的multiwfn不能运行，提示缺少libiomp5md.dll ，我在multiwfn的文件夹里找 ...

已解决是我自己的问题

作者
Author: chuan437 时间: 2024-1-3 15:49
本帖最后由 chuan437 于 2024-1-3 15:51 编辑

在计算HOMO_LUMO_Gap这个描述符时报错，在脚本中把这个描述符删除后则能够正常运行。

报错内容：NameError: name 'homo_lumo_gap' is not defined

作者
Author: wei 时间: 2024-2-3 10:45

冰释之川发表于 2023-4-30 12:44
我对楼主写的脚本进行了适当的修改，从而适用于Linux平台。
主要修改与增补的内容为：
(1) 将‘batchspec ...

(, 下载次数 Times of downloads: 210) 请问：1.你这个用于linux的代码可以用于win平台吗？我将multiwfn和其他文件都放在同一目录下，这样multiwfn就可以直接运行了。2.运行python xxx.py后出现了图中错误，fchk文件应该是没错的，已经测试过。

作者
Author: 冰释之川 时间: 2024-2-6 17:04

wei 发表于 2024-2-3 10:45
请问：1.你这个用于linux的代码可以用于win平台吗？我将multiwfn和其他文件都放在同一目录下，这样multiw ...

Linux下的代码不可以运用于win平台

作者
Author: wei 时间: 2024-2-14 10:16

冰释之川发表于 2024-2-6 17:04
Linux下的代码不可以运用于win平台

谢谢！您这个代码在linux下挺好用的。可否麻烦在代码中增加一个计算分子球形度（sphericity）的描述符？http://bbs.keinsci.com/thread-35930-1-1.html

作者
Author: Roderick07 时间: 2024-4-13 14:24

冰释之川发表于 2023-4-30 12:44
我对楼主写的脚本进行了适当的修改，从而适用于Linux平台。
主要修改与增补的内容为：
(1) 将‘batchspec ...

老师您好，我用您的这个代码在linux上运行时。遇到了以下报错，似乎是提取ODI相关描述符时遇到了问题，我手动检查了multiwfn的输出的txt文件，ODI相关描述符是正常输出的，不知道哪里出现了问题，向老师请教一下。
Error: not enough values to unpack (expected 4, got 0)

作者
Author: Roderick07 时间: 2024-4-15 11:16

Roderick07 发表于 2024-4-13 14:24
老师您好，我用您的这个代码在linux上运行时。遇到了以下报错，似乎是提取ODI相关描述符时遇到了问题，我 ...

问题已解决，我自己没有设置好相关参数

作者
Author: JiaNing1122 时间: 2024-4-19 20:22
想请教各位大佬，这个fchk文件，是在高斯里经过结构优化之后生成的文件吗？

作者
Author: MaJie 时间: 2024-7-8 19:48

adong 发表于 2023-5-8 15:42
老师，这个脚本运行时出了基态的fchk文件还需要别的吗？报错如下，请您帮忙看看：
Traceback (most rece ...

请问以上问题是怎么解决的？谢谢！

作者
Author: hamigung 时间: 2024-7-9 09:53
你好，关于解压后里面的Multiwfn.exe，可以看到它的版本是Version 3.8(dev), release date: 2022-Jan-16，但是现在是最新的是Development version: 3.8(dev)　　Last update: 2024-Jul-1 请问版本更新对于计算这些描述符会有影响么？

作者
Author: adong 时间: 2024-7-10 12:49

MaJie 发表于 2024-7-8 19:48
请问以上问题是怎么解决的？谢谢！

我用的10#冰老师的Linux单文件的脚本，保证13#说的“只需要fchk文件，需要安装Multiwfn，设置环境变量使之可以直接通过Multiwfn命令调用。另外，Multiwfn配置文件里的isilent必须设置为1”就可以了

作者
Author: MaJie 时间: 2024-7-29 20:15

adong 发表于 2024-7-10 12:49
我用的10#冰老师的Linux单文件的脚本，保证13#说的“只需要fchk文件，需要安装Multiwfn，设置环境变量使 ...

谢谢指教，已经解决了！

作者
Author: EdenWuu 时间: 2024-8-22 17:31
您好，请问计算完成之后在文件夹中生成了每个fchk对应的txt文件，但是没有自动生成汇总的csv文件是怎么回事嘞？谢谢

作者
Author: 不务正业化学人 时间: 2024-8-23 22:07
本帖最后由不务正业化学人于 2024-8-23 22:19 编辑

老师您好，我将压缩包中的内容全部复制到包含多个.fchk文件的文件夹中，双击.exe文件后有如下报错，同时生成了一个空的csv文件，我的Multiwfn可以正常导入fchk文件，请问我如何解决~

作者
Author: 天天121 时间: 2024-10-16 17:30
老师您好，我再计算的时候发现有的分子会报错，有的会正常生成csv文件，请问这种情况怎么处理呢？
   ***  The 'Multiwfn_noGUIMLhelper' script (Linux) started at 2024-10-12 22:10:38  ***

Total 2 '*.input' files were found.
Using Multiwfn_noGUI to calculate various descriptors...

[#########################-------------------------] 50.00% (    1 /    2)
[##################################################] 100.00% (    2 /    2)

Error: not enough values to unpack (expected 4, got 2)
Note that: (1) The "isilent= 1" MUST be set in the settings.ini of Multiwfn_noGUI.
         (2) Multiwfn_noGUI can be DIRECTLY called by using the "Multiwfn_noGUI" command.

   ***  The 'Multiwfn_noGUIMLhelper' script (Linux) terminated at 2024-10-12 22:39:34  ***

>> Elapsed time:  0 day(s)  0 hour(s) 28 minute(s) 55.96 second(s) <<

作者
Author: 天天121 时间: 2024-10-16 17:36

Roderick07 发表于 2024-4-15 11:16
问题已解决，我自己没有设置好相关参数

同学请问您这个问题是如何解决的我也遇到这个问题了

Total 2 '*.input' files were found.
Using Multiwfn_noGUI to calculate various descriptors...

[#########################-------------------------] 50.00% ( 1 / 2)
[##################################################] 100.00% ( 2 / 2)

Error: not enough values to unpack (expected 4, got 2)

作者
Author: liu1216081301 时间: 2024-10-17 08:53
向各位大神学习，不断进步

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2024-10-17 08:53
看报错应该是在这里设置，具体应该查查Multiwfn手册了解一下，很快会有新的程序出来

作者
Author: 天天121 时间: 2024-10-25 00:24

yumingsuxmu 发表于 2024-10-17 08:53
看报错应该是在这里设置，具体应该查查Multiwfn手册了解一下，很快会有新的程序出来

十分感谢你的回复，我把Multiwfn重新装了一下不知道能不能行，期待您的新程序！

作者
Author: QiuQian 时间: 2024-11-18 11:24
老师您好，这个一个fchk文件运行的时间大概是多少合适，感觉等了好久

作者
Author: yumingsuxmu 时间: 2024-11-19 21:53
不应该超过一个小时，加入一个小分子在正常电脑的话

作者
Author: 非洲黑炭 时间: 2025-5-17 14:17
你好！想请问下计算后只有txt输出文件，没有描述符信息汇总是为啥

作者
Author: sjkcn 时间: 2025-6-9 10:19

liyuanhe211 发表于 2023-4-12 11:41
帮楼主列一下脚本能提取出哪些描述符：

老师，我想问下。Ionization energy, electron affinity, hardness, electronegativity, electrophilicity 这些对应您代码的哪个参数

作者
Author: Whitedwarf 时间: 2025-7-3 13:52
整理了一下提取的描述符的单位，不知道是否匹配
基本分子信息
1. 原子数量 (atom_num) 无单位
2. 分子量 (weight) Da
3. HOMO能量和轨道编号 (homo, homo_number) energy: a.u.
4. LUMO能量 (lumo) energy: a.u.
5. HOMO-LUMO能隙 (homo_lumo_gap) a.u.
轨道离域化指数 (ODI)
6-9. ODI值 (odi_homo_1, odi_homo, odi_lumo, odi_lumoadd1) 无单位
分子形状参数
10. 最远距离 (farthest_distance) Angstrom
11. 分子半径 (mol_radius) Angstrom
12. 分子三边长度 (mol_size) Angstrom
13. 分子平面度参数 (mpp) Angstrom
14. 平面偏差跨度 (sdp) Angstrom
15. 偶极矩 (dipole_moment) Debye
16. 四极矩 (quadrupole_moment) e·a₀²
17. 八极矩 (octopole_moment) e·a₀3
18. 体积 (volume) Bohr^3
19. 密度 (density) g/cm^3
20. ESP最小值和最大值 (espmin, espmax) kcal/mol
21. 整体表面积 (overall_surf_area) Bohr^2
22. 正表面积 (pos_surf_area) Bohr^2
23. 负表面积 (neg_surf_area) Bohr^2
24. 整体平均值 (overall_ave) a.u.
25. 正平均值 (pos_ave) a.u.
26. 负平均值 (neg_ave) a.u.
27. 整体方差 (Over_var) a.u.^2
28. 电荷平衡 (nu) 无单位
29. 内部电荷分离 (Pi) a.u.
30. 分子极性指数 (MPI) eV
31. 非极性表面积比例 (nonpolar_area) %
32. 极性表面积比例 (polar_area) %
33. ALIE最小值和最大值 (aliemin, aliemax) eV
34. ALIE平均值 (alie_ave) a.u.
35. ALIE方差 (alie_var) a.u.^2
36. LEA最小值和最大值 (leamin, leamax) eV
37. LEA平均值 (lea_ave) a.u.
38. LEA方差 (lea_var) a.u.^2

作者
Author: facia 时间: 2025-7-8 22:35
你好，请问这个exe文件是不是没有办法直接生成CSV表格呀？我使用exe文件只生成了txt文件

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)