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标题: 关于使用VMD的Hydorgen Bonds插件计算平均氢键数目问题 [打印本页]

作者
Author: 秋心 时间: 2023-4-11 19:52
标题: 关于使用VMD的Hydorgen Bonds插件计算平均氢键数目问题
各位老师晚上好，最近在学习使用VMD计算分子周围的平均氢键数目，截取了轨迹中的一帧，如图一，现在遇到一个比较奇怪的问题，我想计算-OH基团的氢键数目，那么就应该先计算羟基基团上H原子（图1 中突出显示了，原子序号是serial 297）和O原子（图1 中突出显示了，原子序号是serial 296）的氢键数目，然后将两者加和就是-OH基团的氢键数目，所以我分别把section 1 设置为serial 297（H原子）、serial 296（O原子），section 2 都是 serial 1 to 288（该部分表示水团簇），然后按照图二的设置，section 1 设置为serial 297（H原子）时改为Donor，奇怪的是最后得到的结果竟然是0，可是我用Graphics-Representations-Drawing Method-HBonds显示方式，设置一样的氢键判断条件，去观察轨迹很明显看到羟基上的氢与周围的水有很明显的氢键作用（如图一），请问为什么我用Hydorgen Bonds插件去计算的时候得到的确实0？是我哪里设置的问题吗？不胜感激！

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 12:46
记得给体重原子和H同时选上才能被视为氢键给体

作者
Author: 秋心 时间: 2023-4-12 16:26

sobereva 发表于 2023-4-12 12:46
记得给体重原子和H同时选上才能被视为氢键给体

好的，谢谢卢老师

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