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标题: 阳离子之间非键相互作用能库伦项为负值 [打印本页]
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Author: wangyueda    时间: 2023-4-11 22:02
标题: 阳离子之间非键相互作用能库伦项为负值
本帖最后由 wangyueda 于 2023-4-11 22:03 编辑

有个小问题请教下各位老师，使用gmx energy计算非键相互作用能时，发现体系中的Na离子之间的非键相互作用能库伦项竟然为负值（相互吸引），为啥会出现这种情况？附上我的mdp文件与edr文件
  1. define =
  2. integrator = md
  3. dt         = 0.001   ; ps
  4. nsteps     = 20000000 ; 20ns
  5. comm-grps  = system
  6. energygrps = NA FSI DME
  7. ;
  8. nstxout = 0
  9. nstvout = 0
  10. nstfout = 0
  11. nstlog  = 1000
  12. nstenergy = 1000
  13. nstxout-compressed = 1000
  14. compressed-x-grps  = system
  15. ;
  16. pbc = xyz
  17. cutoff-scheme = Verlet
  18. coulombtype   = cut-off
  19. rcoulomb      = 1.0
  20. vdwtype       = cut-off
  21. rvdw          = 1.0
  22. DispCorr      = EnerPres
  23. ;
  24. Tcoupl  = V-rescale
  25. tau_t   = 0.2
  26. tc_grps = system
  27. ref_t   = 298
  28. ;
  29. ;
  30. gen_vel  = no
  31. gen_temp = 298
  32. gen_seed = -1
  33. ;
  34. freezegrps  =
  35. freezedim   =
  36. constraints = none
复制代码


作者
Author: sobereva    时间: 2023-4-12 12:49
改成cutoff-scheme = group
作者
Author: wangyueda    时间: 2023-4-12 14:20
sobereva 发表于 2023-4-12 12:49
改成cutoff-scheme = group

报错了，老师
  1. Fatal error:
  2. OpenMP threads have been requested with cut-off scheme Group, but these are
  3. only supported with cut-off scheme Verlet
复制代码
作者
Author: 喵星大佬    时间: 2023-4-12 14:26
wangyueda 发表于 2023-4-12 14:20
报错了，老师

-ntopm 1
作者
Author: wangyueda    时间: 2023-4-12 14:32
喵星大佬 发表于 2023-4-12 14:26
-ntopm 1


还是报同样的错。我的这个任务是rerun前面的轨迹，是不是之前轨迹是在cutoff-scheme = Verlet下跑的，重新rerun之后就不能设置cutoff-scheme = group了？
作者
Author: sobereva    时间: 2023-4-12 15:00
wangyueda 发表于 2023-4-12 14:32
还是报同样的错。我的这个任务是rerun前面的轨迹，是不是之前轨迹是在cutoff-scheme = Verlet下跑的， ...

-ntomp 1来禁用OpenMP并行。若还有问题贴具体提示

rerun用的和跑MD的可以不同
作者
Author: wangyueda    时间: 2023-4-12 15:25
sobereva 发表于 2023-4-12 15:00
-ntomp 1来禁用OpenMP并行。若还有问题贴具体提示

rerun用的和跑MD的可以不同
  1. Command line:
  2.   gmx mdrun -v -deffnm 1.0-FE-253-rerun -rerun 1.0-FE-253-prod.xtc -ntomp 1

  4. Reading file 1.0-FE-253-rerun.tpr, VERSION 2018.8 (single precision)

  6. -------------------------------------------------------
  7. Program:     gmx mdrun, version 2018.8
  8. Source file: src/gromacs/mdlib/gmx_omp_nthreads.cpp (line 199)

  10. Fatal error:
  11. Environment variable OMP_NUM_THREADS (13) and the number of threads requested
  12. on the command line (1) have different values. Either omit one, or set them
  13. both to the same value.
复制代码
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Author: 喵星大佬    时间: 2023-4-12 15:53
wangyueda 发表于 2023-4-12 15:25

你的环境变量有问题，设置一下
  1. export OMP_NUM_THREADS=1
复制代码





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