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标题: 求助：用gmx_mpi select的-of选项输出文件的值代表什么？ [打印本页]

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-4-12 11:38
标题: 求助：用gmx_mpi select的-of选项输出文件的值代表什么？
各位老师好！

我想用gmx_mpi select指令计算一个通道蛋白8号残基5埃内出现的钠离子数量随时间变化，以及每一个钠离子在此位置的持续时间。

指令是gmx_mpi select -s ../../full.tpr -f ../../full_fit.xtc -of 50-1-R8-NA-of.xvg -on 50-1-R8-NA.ndx -oi 50-1-R8-NA.dat -os 50-1-R8-NA.xvg -b 0 -e 2000000 -select 'name NA and within 0.5 of residue 8'

请问-of 50-1-R8-NA-of.xvg文本中的第2列值代表的是每一个钠离子的持续时间吗？如果不是，请问用什么指令可以计算每一个钠离子在此位置的持续时间？

50-1-R8-NA-of.xvg文件内容如下：
# Working dir:  /public/home/lly/hz/C8A-50mMagain/50-1/ions-number/100ps
# Command line:
# gmx_mpi select -s ../../full.tpr -f ../../full_fit.xtc -of 50-1-R8-NA-of.xvg -on 50-1-R8-NA.ndx -oi 50-1-R8-NA.dat -os 50-1-R8-NA.xvg -b 0 -e 2000000 -select 'name NA and within 0.5 of residue 8'
# gmx select is part of G R O M A C S:
#
# Giant Rising Ordinary Mutants for A Clerical Setup
#
@ title "Fraction of time selection matches"
@ xaxis  label "Selected position"
@ yaxis  label "Occupied fraction"
@TYPE xy
@ view 0.15, 0.15, 0.75, 0.85
@ legend on
@ legend box on
@ legend loctype view
@ legend 0.78, 0.8
@ legend length 2
@ s0 legend "name NA and within 0.5 of residue 8"
   1.000 0.000
   2.000 0.000
   3.000 0.000
   4.000 0.000
   5.000 0.000
   6.000 0.000
   7.000 0.000
   8.000 0.000
   9.000 0.000
   10.000 0.000

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-12 14:07
你用的是动态选区，那是各个静态选区里的原子满足动态选择条件的帧数占总帧数的比例
持续时间得自己写脚本计算

作者
Author: 灵芝5 时间: 2023-4-12 19:40
请问卢老师这个50-1-R8-NA-of.xvg文件的内容第一列是指整个轨迹中，8号残基5埃周围出现了10个NA离子吗？
但是这10个离子都没有在计算帧数出现，所以第二列值都是0？

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