计算化学公社

标题: 怎么给溶剂分子聚类 [打印本页]

作者
Author: compume 时间: 2016-7-1 09:20
标题: 怎么给溶剂分子聚类
我想要把邻近的溶剂分子进行聚类，
比如三个五个溶剂分子组成一个cluster那种，
大量分子数，大量聚类数，
请问该用什么方法？求指导

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-1 12:16
你指的是对于单一结构（只考虑一帧），把每最邻近的三五个溶剂分子归成一个簇？

作者
Author: compume 时间: 2016-7-1 12:37

sobereva 发表于 2016-7-1 12:16
你指的是对于单一结构（只考虑一帧），把每最邻近的三五个溶剂分子归成一个簇？

我要做的是给整个轨迹，把最邻近的三五个分子归成一簇……不过只考虑一帧的也想了解，至少可以提供思路

作者
Author: sobereva 时间: 2016-7-2 00:51
可能有现成的程序，可以搜搜，自己写的话，可以这样：
设立一个距离矩阵，i,j矩阵元就是i与j分子间最近的原子间的距离
然后反复扫描整个分子列表。每次把第一个扫描到的没有被挑出来的分子和与它距离最近（同时也要小于一定阈值，比如4埃）的三个分子挑出来作为一个簇，然后再次循环分子列表，再次找第一个没被挑出来的分子，挑出最邻近且不太远的三个，反复如此。最后可能还剩一些零零散散的分子没能被归簇，把这些再归入与之距离最近的簇。

作者
Author: compume 时间: 2016-7-4 10:14

sobereva 发表于 2016-7-2 00:51
可能有现成的程序，可以搜搜，自己写的话，可以这样：
设立一个距离矩阵，i,j矩阵元就是i与j分子间最近的 ...

多谢Sob老师！现在正在尝试用kmeans这种老办法，想试试看

欢迎光临计算化学公社 (http://bbs.keinsci.com/)