计算化学公社

标题: 在产物未知的情况下如何在materials studio中做反应路径的研究 [打印本页]

作者
Author: 科研好难 时间: 2023-4-13 11:13
标题: 在产物未知的情况下如何在materials studio中做反应路径的研究
各位老师好，我想咨询一下在产物未知的情况下如何在materials studio中做反应路径的研究，比如说可以通过猜过渡态的结构来进行模拟吗？

作者
Author: wzkchem5 时间: 2023-4-13 15:38
只要你所用的模块支持单点法或者dimer法优化，就可以。但是过渡态收敛以后需要用IRC等手段确认产物结构

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-13 18:11
应当说清楚用的什么模块

如果是Dmol3，强烈不建议使用，看
为什么我非常不建议购买和使用D摩3量子化学程序
http://sobereva.com/508

作者
Author: 科研好难 时间: 2023-4-14 11:20

wzkchem5 发表于 2023-4-13 15:38
只要你所用的模块支持单点法或者dimer法优化，就可以。但是过渡态收敛以后需要用IRC等手段确认产物结构

我用的是DMol3模块，你说的IRC是不是就等同于该模块下的TS Confimation？你说的大概流程是不是初猜过渡态结构，然后优化过渡态结构，最后通过IRC之类的手段确定产物结构？

作者
Author: 科研好难 时间: 2023-4-14 11:23

sobereva 发表于 2023-4-13 18:11
应当说清楚用的什么模块

如果是Dmol3，强烈不建议使用，看

sob老师，我用的就是DMol3模块，我先看看您的这篇文章，如果不使用DMol3模块的话是不是可以使用Castep模块？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-15 00:29

科研好难发表于 2023-4-14 11:23
sob老师，我用的就是DMol3模块，我先看看您的这篇文章，如果不使用DMol3模块的话是不是可以使用Castep模 ...

我不知道你算的什么体系。如果是分子体系，用Gaussian算这类问题强百倍。如果是周期性体系，推荐用CP2K

作者
Author: 科研好难 时间: 2023-4-17 15:14

sobereva 发表于 2023-4-15 00:29
我不知道你算的什么体系。如果是分子体系，用Gaussian算这类问题强百倍。如果是周期性体系，推荐用CP2K

老师您好，我算的是分子体系，我一开始是用的Gaussian算的，不过由于我的反应物是木质素大分子，导致选取的催化剂团簇模型也比较大，整个体系有点大，试了几次Gaussian都算不了，所以才换到DMol3算的，所以我这种情况DMol3怎么继续模拟反应路径？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 00:13

科研好难发表于 2023-4-17 15:14
老师您好，我算的是分子体系，我一开始是用的Gaussian算的，不过由于我的反应物是木质素大分子，导致选取 ...

如果用簇模型嫌Gaussian慢就用ORCA，速度显著快于Dmol3（尤其是杂化泛函），功能还强大得多，还不要钱，用户比Dmol3多近乎一个数量级。Dmol3是毫无前景的程序，看下文了解什么程序才是主流
2021年计算化学公社论坛“你最常用的计算化学程序和DFT泛函”投票结果统计
http://sobereva.com/599（http://bbs.keinsci.com/thread-23482-1-1.html）

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