我想用gmx_mpi select指令计算E6和R8氨基酸5埃范围内的钠和氯离子的个数或滞留时间；之前计算了单个6号氨基酸周围5埃范围的CL离子，用的指令如下：
gmx_mpi select -s ../../full.tpr -f ../../full_fit.xtc -of 300-2-E6-CL-of.xvg -on 300-2-E6-CL.ndx -oi 300-2-E6-CL.dat -os 300-2-E6-CL.xvg -b 0 -e 2000000 -select 'name CL and within 0.5 of residue 6'
现在想计算2个氨基酸E6和R8周围5埃范围的NA和CL。请问-selecth后面的 'name CL and within 0.5 of residue 6'选择范围应该怎么改写？ 作者Author: sobereva 时间: 2023-4-13 19:11
我更习惯用VMD
比如运行[atomselect top "ion within 5 of resid 6 8"] num就返回给你残基6、8附近5埃距离内的离子中原子的数目