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标题: 求助：表活剂液膜体系束缚水、体相水MSD分析方法 [打印本页]

作者
Author: Haruka_0509 时间: 2023-4-13 20:26
标题: 求助：表活剂液膜体系束缚水、体相水MSD分析方法
在Zhang等人的这项工作(https://doi.org/10.1016/j.molliq.2022.120096)中提到了表面活性剂—水膜的多相体系模拟中水分子的分类：bound water, trapped water, bulk water (, 下载次数 Times of downloads: 2)
而后，他们针对不同的水分子计算了MSD，并绘制了图像。
现在我想针对自己的体系做类似的计算，想请教一下如何计算这三种不同水分子的MSD。
目前的想法是可以将水分子分组，使用gmx msd方法计算，或是编写脚本，将距离表面活性剂亲水头基在一定范围内的水分子标记为bound water而后计算。
想知道是否有更加直接的方法可以实现这个分析？

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-4-13 21:09
本帖最后由 Entropy.S.I 于 2023-4-13 21:12 编辑

这个文献本身就有大问题，从原理上说MSD就是没法这么算的，完全忽略了水分子离开了指定区域的问题，毫无严谨性。不知道这文章怎么过的同行评议

现在很多计算文章都这样，跑一大堆外行不太懂的数据，实则没有什么实际意义，甚至是瞎算，属于计算领域特有的灌水方式。

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