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标题: 对martini力场中beta-strand骨架粒子类型定义的一点疑问 [打印本页]

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Author: xiaoruoqiu 时间: 2016-7-1 16:45
标题: 对martini力场中beta-strand骨架粒子类型定义的一点疑问
Marrink大神在将Martini力场应用到蛋白质时，规定肽链骨架粒子类型要根据其二级结构来决定，如表1所示。我们不考虑Gly，Ala和Pro三个特殊情况，只看标黄部分，泛指其他氨基酸的helix和beta-strand。
Martini力场中N类型粒子分为四个子类Nda Nd Na 和N0，其中：d 代表氢键供体； a 代表氢键受体；da代表既是氢键供体又是氢键受体；0代表既不是氢键供体也不是氢键受体。

从表中我们可以看到helix骨架主体部分为N0，氮端为Nd，碳端为Na。我的理解是：骨架主体部分已经形成了氢键，不再具有形成氢键的能力，所以为N0；氮端有裸露的NH，所以是Nd；碳端有裸露的C=O，所以是Na。

但是按照上述思路理解beta-strand时候，存在这样一个问题：图1中标号为1的残基具有裸露的NH和C=O，其骨架粒子定义为Nda没有问题，但是标号为2的残基，其骨架粒子已经形成了氢键，那么此时还可以定义为Nda类型吗，不是应该定义为N0类型吗？

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