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标题: 使用GROMACS的MetaD对蛋白配体复合物做采样时，遇到segment default应该如何解决？ [打印本页]

作者
Author: Huschein 时间: 2023-4-14 11:07
标题: 使用GROMACS的MetaD对蛋白配体复合物做采样时，遇到segment default应该如何解决？
  我使用的是gromacs2023，用plumed2.10的补丁，使用的是metad的模块，我的目的是对一个键角和一个原子间距离两个CV进行采样（在压缩文件的metad.dat中体现）。首先我先对我的体系正常em，nvt，npt，md之后得到平衡的md.gro文件，然后以此为基础，打包成一个新的metad.tpr用于做metad。但是出现segment default的报错，在我尝试修改过metad.dat的控制文件和md. mdp的控制文件后，依旧出现这样的报错。
  然后我尝试用sob老师之前提过的思路：
1.可能是内存不足？我清理了内存依旧如此。
2.可能是结构不合理？但是这是我MD 50ns平衡的结果，且预平衡还用了10ns，查看了md输出的RMSD等相关数据，基本都证明了处在平衡体系。

用于metad的相关文件都在压缩包当中，本人已经测试过，关于MD部分不存在问题，所以与MD相关的部分没有放在压缩包中。然后这个体系是我用来预先测试的，所以只有10ns，测试通过之后才会放到超算上去采样。

gmx mdrun -ntmpi 1 -ntomp 48 -v -nsteps 5000 -s metad.tpr -plumed metad.dat -pin on
            :-) GROMACS - gmx mdrun, 2023-plumed_2.10.0_dev (-:

Executable: /home/data/vip13t32/gromacs/gromacs-2023/bin/gmx
Data prefix:  /home/data/vip13t32/gromacs/gromacs-2023
Working dir:  /home/data/vip13t32/docs/ncs/0412/metad
Command line:
  gmx mdrun -ntmpi 1 -ntomp 48 -v -nsteps 5000 -s metad.tpr -plumed metad.dat -pin on

Back Off! I just backed up md.log to ./#md.log.1#
Reading file metad.tpr, VERSION 2023-plumed_2.10.0_dev (single precision)
Overriding nsteps with value passed on the command line: 5000 steps, 10 ps
Changing nstlist from 10 to 50, rlist from 1 to 1.106

Update groups can not be used for this system because atoms that are (in)directly constrained together are interdispersed with other atoms

comm-mode angular will give incorrect results when the comm group partially crosses a periodic boundary
Using 1 MPI thread
Using 48 OpenMP threads

Back Off! I just backed up traj_comp.xtc to ./#traj_comp.xtc.1#

Back Off! I just backed up ener.edr to ./#ener.edr.1#
starting mdrun 'complex in water'
5000 steps,    10.0 ps.
Segmentation fault (core dumped)

作者
Author: Huschein 时间: 2023-4-21 14:31
已经解决，这和metad.dat文件设置可能有点关联，但是关联更大的应该是-ntmpi和-ntomp，我后来改成mpirun -np XX gmx mdrun XX -ntomp X就可以了

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