计算化学公社

标题: 请教一下伞形采样窗口覆盖不全问题 [打印本页]

作者
Author: liuxdhs 时间: 2023-4-15 22:20
标题: 请教一下伞形采样窗口覆盖不全问题
我使用gmx模拟两条互锁的分子链沿着y轴拉伸过程，并想进行伞形采样计算其PMF。

两条分子链被拉伸分别为上部与底部的碳原子。互锁分子在拉伸过程明显可以看出来构象发生明显的变化，如图是smd的mdp与伞形采样过程中md的mdp。

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但是计算完后使用wham进行统计的途中，发现窗口并不能完整覆盖。使用的是0.2nm的窗口。如图。

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也有想着减少窗口的计算距离，但是从histo.xvg中可以发现窗口底部的形貌有点奇怪。之气看相关教程都呈现一个伞形，而我计算出来的histo.xvg比较直，如图。

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请问一下这种情况需要怎么解决呢？

非常感谢。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-4-15 22:35
减小k

作者
Author: liuxdhs 时间: 2023-4-16 21:06

Entropy.S.I 发表于 2023-4-15 22:35
减小k

您好，我将k从1500减小到100甚至是10，还是出现这种情况？请问这是什么问题呢？
同时，将k减少要将跑的时间延长才可以拉伸到当k为1500时的距离。如下图。

作者
Author: liuxdhs 时间: 2023-4-16 21:07
还是出现同样的问题，下端取样区域太小了。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-4-16 21:42

liuxdhs 发表于 2023-4-16 21:06
您好，我将k从1500减小到100甚至是10，还是出现这种情况？请问这是什么问题呢？
同时，将k减少要将跑的 ...

你该不会给要计算PMF的分子加限制势（define = -DPOSRES）了吧？？

作者
Author: liuxdhs 时间: 2023-4-16 21:51

Entropy.S.I 发表于 2023-4-16 21:42
你该不会给要计算PMF的分子加限制势（define = -DPOSRES）了吧？？

我没有加入这个条件。我是使用smd产生的轨迹做PMF
后续做了一个500ps的eq，将top跟btm两组拉伸的原子固定，rate设置为0。再做了一个3nm的采样md。这两个md都在nvt下计算。

同时，我查看了不同frame计算出来的pullf.xvg，都是定值，不知道这个会不会影响呢？(不同frame是定值，但不相同)

作者
Author: liuxdhs 时间: 2023-4-16 22:07

Entropy.S.I 发表于 2023-4-16 21:42
你该不会给要计算PMF的分子加限制势（define = -DPOSRES）了吧？？

您好，我可能知道什么原因了。我freeze错对象了，我重新跑一次试一下。非常感谢。

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