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标题: gromacs运行时如何将默认的溶剂水替换为其它溶剂？ [打印本页]

作者
Author: khu910 时间: 2023-4-17 10:52
标题: gromacs运行时如何将默认的溶剂水替换为其它溶剂？
求问一下，gromacs运行时如何将默认的溶剂水替换为其它溶剂，如类苯类或者THF等极性或者非极性溶剂。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 01:15
如置顶的新社员必读贴、论坛首页的公告栏、版头的红色大字非常明确所示，求助帖必须在帖子标题明确体现出此帖内容是求助或提问，并清楚、准确反映出帖子具体内容，避免有任何歧义和含糊性，仔细看http://bbs.keinsci.com/thread-9348-1-1.html。我已把你的不恰当标题 “溶剂水替换为其它溶剂” 改了，以后务必注意

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 01:17
这不是运行阶段的事，而是建模阶段的事

没有简单办法替换，分子尺寸都不同，小的溶剂分子替换成大的的时候也肯定造成严重的位阻

通常都是建模阶段（利用gmx solvate、gmx insert-molecules、packmol等）选择不同的溶剂

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