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标题: 求助，关于GPU加速命令的使用 [打印本页]

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-4-17 10:55
标题: 求助，关于GPU加速命令的使用
本帖最后由非好汉于 2023-4-18 16:08 编辑

各位大佬，我想请问一下，1.这三个gpu加速指令-update gpu(四点水模型不能使用)、-nb gpu、-bonded gpu都在什么情况下使用。（不好意思，mdrun没有-cuda这个命令，给大家造成不便，还请谅解）
2.我装了sob老师编译好的win下的2020.6GPU版gromacs，直接gmx mdrun -v -deffnm md计算速度较慢，然后使用gmx mdrun -v -deffnm md -nb gpu速度就起来了，这会对我的结果造成影响吗？
3.使用GPU加速是否会引起某些结果计算错误，比如能量。
4.如果会引起错误的话，是使用GPU加速版本就有错误，还是加了这几个指令的其中几个会产生错误。

作者
Author: Entropy.S.I 时间: 2023-4-17 11:40
为什么要用Windows版？http://bbs.keinsci.com/thread-36544-1-1.html

GPU加速的技术细节应该看GMX手册，那里面写得比哪里都详细。

我去年发的网络文章聊了一些性能相关的问题http://bbs.keinsci.com/thread-33296-1-1.html

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 01:01
mdrun根本就没有叫-cuda的选项好不好？别告诉我是看了某贴里面的某坑爹AI的回答然后你以为有这么个选项的

作者
Author: 非好汉 时间: 2023-4-18 16:09

sobereva 发表于 2023-4-18 01:01
mdrun根本就没有叫-cuda的选项好不好？别告诉我是看了某贴里面的某坑爹AI的回答然后你以为有这么个选项的

不好意思，老师，已修改

作者
Author: miao123 时间: 2024-7-26 20:36
你好老师，我想请教一下什么是四点水模型，为什么update gpu不能用于四点水模型。

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