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标题: 求助：如何把分子构型分块 [打印本页]

作者
Author: sj12138 时间: 2023-4-17 15:47
标题: 求助：如何把分子构型分块
如题。求教各位大佬，gromacs可以做到把一个gro文件或者pdb文件沿着某个轴，平分成多少份吗？如果可以是哪个命令呢？如果不可以应该如何实现那？感谢各位大佬指点。

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-18 00:50
如果你是指平分后每个部分单独保存一个结构文件，gromacs没有这种功能。自己写个VMD tcl脚本实现那是很容易的事

作者
Author: sj12138 时间: 2023-4-18 20:41

sobereva 发表于 2023-4-18 00:50
如果你是指平分后每个部分单独保存一个结构文件，gromacs没有这种功能。自己写个VMD tcl脚本实现那是很容易 ...

sob老师，我读了您的帖子http://sobereva.com/504
我想我理解的是否正确
1.可以通过
set sel [atomselect top z<10 and z>0 ]
$sel writepdb 1.gro
将z方向0-10埃区域内的一层原子输出成一个gro文件。
2.如果我的gro文件有100埃，我是否可以设置变量i,j然后将z后的数字改成变量的形式，类似于shell脚本批量处理数据的形式将其一次性输出10个那？还是tcl脚本有更便捷的平分命令那？
谢谢老师

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-19 04:30

sj12138 发表于 2023-4-18 20:41
sob老师，我读了您的帖子http://sobereva.com/504
我想我理解的是否正确
1.可以通过

1 writepdb保存的是pdb格式

2 套个循环就完了

作者
Author: sj12138 时间: 2023-4-19 13:06

sobereva 发表于 2023-4-19 04:30
1 writepdb保存的是pdb格式

2 套个循环就完了

明白了，谢谢老师

作者
Author: sj12138 时间: 2023-4-19 21:06

sobereva 发表于 2023-4-19 04:30
1 writepdb保存的是pdb格式

2 套个循环就完了

sob老师，我写了一个tcl脚本，想把一个pdb文件每3埃单独保存一个，脚本如下

for {set a 0} {$a <= 135} {incr a 3} {
set A [expr $a+1.88]
set sel [ atomselect top z>$A and z<[expr $A+3] ]
$sel writepdb a.pdb
}

然后source之后在主界面选择了File>Log Tcl Commands to Console

之后出现了如图的问题，但是并没有在VMD文件夹下正常输出，第一次用vmd的这个功能，这是什么问题那？是我脚本有问题吗？谢谢老师 (, 下载次数 Times of downloads: 17)

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-20 04:28

sj12138 发表于 2023-4-19 21:06
sob老师，我写了一个tcl脚本，想把一个pdb文件每3埃单独保存一个，脚本如下

for {set a 0} {$a $A and ...

atomselect接的选择语句里如果有空格必须把选择语句用双引号括起来

作者
Author: sj12138 时间: 2023-4-20 19:12
本帖最后由 sj12138 于 2023-4-20 19:13 编辑

sobereva 发表于 2023-4-20 04:28
atomselect接的选择语句里如果有空格必须把选择语句用双引号括起来

sob老师，我按照您的指点，vmd命令行上提示是成功了的，但是在我tcl所在的目录上为什么没有对应的$a.pdb文件那？是因为vmd在C盘的这个位置，需要管理员权限吗？
如果是的话应该怎么解决那？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-21 03:02

sj12138 发表于 2023-4-20 19:12
sob老师，我按照您的指点，vmd命令行上提示是成功了的，但是在我tcl所在的目录上为什么没有对应的$a.pdb ...

让脚本把文件输出到其它目录下，确保不会因为操作系统权限或安全设置问题导致不能创建文件

另外，强烈不建议把VMD装到默认目录下

作者
Author: sj12138 时间: 2023-4-21 15:47

sobereva 发表于 2023-4-21 03:02
让脚本把文件输出到其它目录下，确保不会因为操作系统权限或安全设置问题导致不能创建文件

另外，强烈 ...

好的，谢谢老师，那这种情况的话，可以把VMD卸载掉然后重新安装吗？还是只要把VMD文件夹打包复制到其他盘然后把C盘的删掉就可以吗？

作者
Author: sobereva 时间: 2023-4-22 03:21

sj12138 发表于 2023-4-21 15:47
好的，谢谢老师，那这种情况的话，可以把VMD卸载掉然后重新安装吗？还是只要把VMD文件夹打包复制到其他盘 ...

删了重装

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